More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hneap_0175 on replicon NC_013422
Organism: Halothiobacillus neapolitanus c2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013422  Hneap_0175  diguanylate cyclase with GAF sensor  100 
 
 
352 aa  720    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.14726  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0071  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.13 
 
 
336 aa  296  5e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1659  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.9 
 
 
342 aa  274  2.0000000000000002e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1599  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.04 
 
 
343 aa  267  2e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2518  GAF domain/diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  39.46 
 
 
384 aa  257  3e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1849  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.16 
 
 
341 aa  256  4e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1839  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.16 
 
 
341 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.730013  normal  0.326474 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2018  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  39.16 
 
 
384 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000229251  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1880  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  39.16 
 
 
384 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01763  predicted diguanylate cyclase  38.86 
 
 
341 aa  253  3e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.623306  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1397  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  38.86 
 
 
341 aa  253  3e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.210623  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01751  hypothetical protein  38.86 
 
 
341 aa  253  3e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.479957  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3840  putative diguanylate cyclase  42.09 
 
 
338 aa  245  8e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.93592  normal  0.905889 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1350  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.84 
 
 
348 aa  244  9.999999999999999e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3511  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.29 
 
 
781 aa  120  3e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3468  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.75 
 
 
745 aa  119  4.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0436703 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2716  diguanylate cyclase/phophodiesterase  41.71 
 
 
778 aa  119  7e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3580  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.71 
 
 
873 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6880  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.82 
 
 
777 aa  117  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.296113  decreased coverage  0.00757929 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.31 
 
 
1238 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1707  sensory box-containing diguanylate cyclase, putative  30.29 
 
 
1057 aa  117  3.9999999999999997e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1312  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.37 
 
 
776 aa  116  6e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  44.24 
 
 
530 aa  116  6.9999999999999995e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  38.83 
 
 
601 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4750  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.37 
 
 
778 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.05 
 
 
737 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0574  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.25 
 
 
772 aa  114  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122166  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4146  GGDEF domain-containing protein  37.1 
 
 
777 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1227  diguanylate cyclase  43.5 
 
 
554 aa  114  3e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.594022  normal  0.072002 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.01 
 
 
872 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2820  hypothetical protein  28.83 
 
 
332 aa  113  5e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1166  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.71 
 
 
780 aa  113  6e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1775  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44 
 
 
468 aa  113  6e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.410369  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1526  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.09 
 
 
504 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1983  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.56 
 
 
1353 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.103002  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1985  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.29 
 
 
639 aa  112  9e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.267533  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4812  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.34 
 
 
1423 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330918  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  33.45 
 
 
343 aa  112  1.0000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.32 
 
 
826 aa  110  3e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3306  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.01 
 
 
883 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.660449  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0060  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.84 
 
 
815 aa  110  3e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02131  GGDEF domain-containing PAS signal transduction protein  33.06 
 
 
794 aa  110  4.0000000000000004e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1813  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.92 
 
 
777 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.223015  normal  0.437082 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.74 
 
 
1107 aa  110  4.0000000000000004e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.269581  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0530  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.15 
 
 
784 aa  110  5e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  40.51 
 
 
634 aa  109  6e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2305  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38 
 
 
935 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0882428  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  38.8 
 
 
1428 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1139  GGDEF/GAF/EAL domain-containing protein  31.76 
 
 
781 aa  108  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0850133  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1931  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.43 
 
 
1289 aa  108  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0959119  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  40 
 
 
753 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  34.45 
 
 
781 aa  108  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001391  GGDEF domain protein  28.02 
 
 
327 aa  108  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00410317  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3344  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.74 
 
 
828 aa  107  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.174312  normal  0.520145 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1227  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.98 
 
 
434 aa  108  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.44 
 
 
568 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.179735  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2332  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with FHA and GAF sensor  33.61 
 
 
884 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0689  putative diguanylate cyclase  44.85 
 
 
306 aa  108  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0336  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.1 
 
 
319 aa  107  2e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.208046  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.95 
 
 
768 aa  107  3e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3923  sensory box protein  36.61 
 
 
297 aa  107  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1222  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.46 
 
 
815 aa  107  3e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  39.77 
 
 
464 aa  107  3e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.54 
 
 
519 aa  107  4e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1827  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.33 
 
 
569 aa  107  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.161362  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.63 
 
 
632 aa  106  5e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.62 
 
 
892 aa  106  6e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.577778 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0796  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.41 
 
 
765 aa  106  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.341606 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  41.92 
 
 
721 aa  106  7e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.46 
 
 
1212 aa  106  7e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0841  GGDEF family protein  33.97 
 
 
372 aa  106  7e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000214515  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.67 
 
 
693 aa  105  9e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.166514  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.41 
 
 
781 aa  105  9e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.015368  normal  0.142992 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2111  diguanylate cyclase  37.35 
 
 
290 aa  105  1e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.672445  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  41.27 
 
 
1004 aa  105  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3390  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.77 
 
 
867 aa  105  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.81451  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3217  signal transduction protein  35.33 
 
 
951 aa  104  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00711667  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1499  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  38.22 
 
 
854 aa  105  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0164548  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2006  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.46 
 
 
724 aa  104  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.332381  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.58 
 
 
721 aa  105  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4412  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.21 
 
 
574 aa  105  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0317543  normal  0.165306 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.77 
 
 
935 aa  104  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  37.82 
 
 
234 aa  105  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0015  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.77 
 
 
847 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2043  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.41 
 
 
442 aa  104  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0787924  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.76 
 
 
1120 aa  105  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.56 
 
 
1251 aa  104  2e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.256644  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5313  diguanylate cyclase  33.78 
 
 
361 aa  105  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.88 
 
 
574 aa  104  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.221149 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2355  hypothetical protein  33.02 
 
 
293 aa  104  3e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.14 
 
 
642 aa  104  3e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3175  sensory box protein  33.48 
 
 
627 aa  104  3e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  39.58 
 
 
721 aa  104  3e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3959  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.83 
 
 
855 aa  103  3e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0658  diguanylate cyclase  42.59 
 
 
547 aa  103  4e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  38.79 
 
 
696 aa  103  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.2 
 
 
947 aa  103  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.059115  hitchhiker  0.000153402 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.78 
 
 
689 aa  103  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  37.13 
 
 
477 aa  103  5e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.18 
 
 
797 aa  103  5e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>