More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcE24377A_2018 on replicon NC_009801
Organism: Escherichia coli E24377A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01763  predicted diguanylate cyclase  99.41 
 
 
341 aa  704    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.623306  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1849  diguanylate cyclase with GAF sensor  99.41 
 
 
341 aa  703    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1397  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  99.41 
 
 
341 aa  704    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.210623  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1839  diguanylate cyclase with GAF sensor  99.71 
 
 
341 aa  705    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.730013  normal  0.326474 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2518  GAF domain/diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  98.7 
 
 
384 aa  789    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1880  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  99.48 
 
 
384 aa  795    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2018  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  100 
 
 
384 aa  801    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000229251  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01751  hypothetical protein  99.41 
 
 
341 aa  704    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.479957  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1659  diguanylate cyclase with GAF sensor  66.76 
 
 
342 aa  475  1e-133  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1350  diguanylate cyclase with GAF sensor  48.96 
 
 
348 aa  324  1e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0071  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.17 
 
 
336 aa  268  1e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1599  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.32 
 
 
343 aa  262  8.999999999999999e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0175  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.16 
 
 
352 aa  249  6e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.14726  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3840  putative diguanylate cyclase  41.27 
 
 
338 aa  246  6.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.93592  normal  0.905889 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4105  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.39 
 
 
882 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.39 
 
 
882 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4324  GGDEF domain-containing protein  35.53 
 
 
876 aa  125  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3989  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.39 
 
 
882 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3580  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.77 
 
 
873 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3598  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.96 
 
 
877 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  35.68 
 
 
876 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.02582  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0377  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  35.68 
 
 
876 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0140415  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0375  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  35.68 
 
 
876 aa  117  3e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.413916  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4068  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.49 
 
 
324 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0306  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  35.65 
 
 
882 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.212751  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3769  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.99 
 
 
732 aa  115  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2291  diguanylate cyclase  37.57 
 
 
651 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.140751 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2566  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.57 
 
 
649 aa  113  6e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0181477 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4742  RNase II stability modulator  34.81 
 
 
664 aa  112  9e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.632651  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  37.57 
 
 
429 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3265  GGDEF domain-containing protein  35.09 
 
 
862 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00136665  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with FHA and GAF sensor  33.63 
 
 
880 aa  110  3e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3959  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.47 
 
 
855 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2332  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with FHA and GAF sensor  33.48 
 
 
884 aa  110  6e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2220  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.77 
 
 
499 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.462189  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  28.75 
 
 
746 aa  109  7.000000000000001e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.895122  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6793  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.37 
 
 
935 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.400617  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2907  GGDEF domain/EAL domain protein  37.79 
 
 
656 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.41 
 
 
947 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.059115  hitchhiker  0.000153402 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2297  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  34.29 
 
 
1025 aa  108  1e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.93563  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1227  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.04 
 
 
434 aa  108  1e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.19 
 
 
693 aa  108  1e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.166514  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.13 
 
 
1030 aa  108  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1237  sensory box protein  38.73 
 
 
712 aa  108  2e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.267434  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4344  PAS:GGDEF  33.67 
 
 
707 aa  108  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1707  sensory box-containing diguanylate cyclase, putative  29.53 
 
 
1057 aa  108  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1202  GGDEF domain-containing protein  32.24 
 
 
324 aa  108  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.952705 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.26 
 
 
737 aa  108  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2181  RNase II stability modulator  33.9 
 
 
663 aa  107  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00276855 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1139  GGDEF/GAF/EAL domain-containing protein  31.08 
 
 
781 aa  107  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0850133  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1355  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.87 
 
 
929 aa  107  3e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.968718  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2253  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  32.88 
 
 
780 aa  107  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.65 
 
 
1144 aa  107  4e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.851066  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  35.42 
 
 
408 aa  106  5e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4550  diguanylate cyclase  31.76 
 
 
496 aa  106  7e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1027  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.27 
 
 
842 aa  106  7e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0664928  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0782  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.08 
 
 
736 aa  106  8e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00077  Intracellular signaling protein (GAF,GGDEF,EAL domains)  38.69 
 
 
866 aa  106  8e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.47 
 
 
965 aa  105  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.928447  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0530  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.18 
 
 
784 aa  105  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6413  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.83 
 
 
508 aa  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.905746 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1134  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.95 
 
 
819 aa  105  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0216119  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.04 
 
 
892 aa  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.577778 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2248  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.22 
 
 
664 aa  105  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.626967 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.63 
 
 
954 aa  104  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.993227  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0202  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.26 
 
 
1054 aa  105  2e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.59 
 
 
721 aa  105  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2469  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
747 aa  105  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2200  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.79 
 
 
637 aa  104  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0407  GGDEF domain-containing protein  37.25 
 
 
873 aa  104  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0669941  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  37.2 
 
 
721 aa  104  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2600  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  41.21 
 
 
977 aa  104  3e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.33 
 
 
872 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2678  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.94 
 
 
515 aa  104  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4114  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.95 
 
 
681 aa  104  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5279  RNase II stability modulator  38.2 
 
 
666 aa  103  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.164085  normal  0.0978812 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.68 
 
 
862 aa  103  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.525156  hitchhiker  0.0000167572 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1139  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.43 
 
 
883 aa  103  4e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.00209756  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.04 
 
 
954 aa  103  4e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.837397  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  27.82 
 
 
343 aa  103  4e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  33.62 
 
 
1079 aa  103  4e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2490  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.68 
 
 
962 aa  103  5e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.297128  normal  0.0871585 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  35.56 
 
 
557 aa  103  5e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  32.46 
 
 
875 aa  103  5e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00996719  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
742 aa  103  6e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0547  sensory box protein  34.04 
 
 
1214 aa  103  6e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.428302  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0545  response regulator  34.68 
 
 
575 aa  103  6e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0469  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.11 
 
 
874 aa  103  6e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.15 
 
 
891 aa  103  6e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.24 
 
 
742 aa  103  7e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.47145e-25 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0281  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.47 
 
 
836 aa  102  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0813035  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.38 
 
 
972 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2841  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.97 
 
 
714 aa  102  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0729826  normal  0.310526 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1499  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  35.5 
 
 
854 aa  102  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0164548  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.22 
 
 
1466 aa  102  1e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2797  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.2 
 
 
1020 aa  102  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3250  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  30.5 
 
 
1036 aa  102  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1326  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.61 
 
 
1015 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5305  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.72 
 
 
814 aa  102  1e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1311  hypothetical protein  34.39 
 
 
792 aa  101  2e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>