More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1202 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1202  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 324 aa  677    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.952705 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1520  GGDEF domain-containing protein  53.48 
 
 		 323 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3131  diguanylate cyclase  43.85 
 
 		 328 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388366 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3341  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.58 
 
 		 326 aa  225  8e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.326656 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4068  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.54 
 
 		 324 aa  207  2e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2820  hypothetical protein  31.21 
 
 		 332 aa  161  1e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.01 
 
 		 321 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.31 
 
 		 323 aa  143  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  31.37 
 
 		 316 aa  140  3.9999999999999997e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.26 
 
 		 327 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.23 
 
 		 319 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  34.41 
 
 		 323 aa  133  5e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2826  hypothetical protein  30.42 
 
 		 314 aa  132  9e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.01 
 
 		 323 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  34.01 
 
 		 323 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3329  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  30.25 
 
 		 643 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  33.6 
 
 		 323 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.33 
 
 		 326 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  33.6 
 
 		 321 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3759  GGDEF domain-containing protein  32.27 
 
 		 324 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.8 
 
 		 318 aa  124  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.26 
 
 		 323 aa  122  7e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.76 
 
 		 323 aa  122  7e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.33 
 
 		 322 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3098  GGDEF family protein  28.05 
 
 		 638 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0791415 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.15 
 
 		 644 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.793092  normal  0.542598 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.15 
 
 		 644 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0290676 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  33.61 
 
 		 323 aa  119  7e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.77 
 
 		 367 aa  117  3e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  28.92 
 
 		 320 aa  117  3e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0896  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.41 
 
 		 397 aa  116  6e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.225893  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3231  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.11 
 
 		 313 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.458607 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1378  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.41 
 
 		 397 aa  116  6e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.696057  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  28.71 
 
 		 327 aa  116  6e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0659  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  26.87 
 
 		 646 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.172911 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  26.78 
 
 		 646 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  27.76 
 
 		 650 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0006  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.84 
 
 		 557 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0693  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  27.76 
 
 		 646 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0703  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  27.76 
 
 		 646 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.879487 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1356  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.89 
 
 		 399 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.305567 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.74 
 
 		 345 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.62 
 
 		 348 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.62 
 
 		 348 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1200  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.59 
 
 		 619 aa  110  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.645678 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01763  predicted diguanylate cyclase  32.65 
 
 		 341 aa  110  3e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.623306  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01751  hypothetical protein  32.65 
 
 		 341 aa  110  3e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.479957  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  31.06 
 
 		 341 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.42 
 
 		 737 aa  110  5e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2518  GAF domain/diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  32.24 
 
 		 384 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3284  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  27.18 
 
 		 645 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000411961 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1849  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.24 
 
 		 341 aa  108  1e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2018  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  32.24 
 
 		 384 aa  108  1e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000229251  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0689  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.19 
 
 		 356 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1839  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.24 
 
 		 341 aa  108  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.730013  normal  0.326474 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  28.28 
 
 		 554 aa  108  1e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1880  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  32.24 
 
 		 384 aa  108  1e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1397  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  32.24 
 
 		 341 aa  108  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.210623  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  27.13 
 
 		 417 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2011  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.88 
 
 		 321 aa  107  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0323841  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1290  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.35 
 
 		 414 aa  107  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0190271 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1690  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 331 aa  106  5e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0241  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 450 aa  106  6e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4523  diguanylate cyclase  30.65 
 
 		 399 aa  105  9e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.114375  normal  0.753522 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000170  GGDEF family protein  32.47 
 
 		 636 aa  104  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.580711  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  30.22 
 
 		 343 aa  104  2e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.71 
 
 		 325 aa  103  3e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  33.89 
 
 		 443 aa  103  4e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0294  putative signaling protein  24.55 
 
 		 630 aa  103  4e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.106919  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0329  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.88 
 
 		 336 aa  102  6e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.832493  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1974  diguanylate cyclase  30.88 
 
 		 336 aa  102  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.588528 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  27.24 
 
 		 417 aa  103  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1962  diguanylate cyclase  32.81 
 
 		 429 aa  102  8e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00143037  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1365  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 276 aa  102  8e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.134313  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1156  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.64 
 
 		 626 aa  102  9e-21  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.207218  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0280  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.59 
 
 		 314 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0265413 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2188  diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 362 aa  102  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.95 
 
 		 326 aa  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.73 
 
 		 416 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7668  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 		 571 aa  100  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.836623 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4735  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.53 
 
 		 689 aa  100  4e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0595206  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1779  diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 215 aa  100  4e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000143574  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0355  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.09 
 
 		 464 aa  100  5e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3236  hypothetical protein  33.74 
 
 		 423 aa  99.8  5e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0104131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3263  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.71 
 
 		 368 aa  100  5e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2858  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.71 
 
 		 368 aa  100  5e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0640037  hitchhiker  0.00351788 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3412  hypothetical protein  33.74 
 
 		 423 aa  99.8  5e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0269335  normal  0.473348 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.84 
 
 		 772 aa  99.8  6e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0966  diguanylate cyclase  30.85 
 
 		 334 aa  99.8  6e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.13 
 
 		 416 aa  99.4  8e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1652  diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 490 aa  99.4  8e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.749875  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3508  diguanylate cyclase  31.65 
 
 		 358 aa  99  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00123099  normal  0.413 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2213  GGDEF domain-containing protein  39.88 
 
 		 641 aa  98.6  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.658691  normal  0.864608 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2173  hypothetical protein, GGDEF domain  35.76 
 
 		 377 aa  98.6  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1586  diguanylate cyclase  33.7 
 
 		 491 aa  98.2  1e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1659  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.8 
 
 		 342 aa  98.6  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  27.56 
 
 		 325 aa  99  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4490  diguanylate cyclase  32.99 
 
 		 305 aa  98.6  1e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.404195  normal  0.94079 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1602  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.18 
 
 		 418 aa  99  1e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0693  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 389 aa  97.4  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>