More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4068 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4068  diguanylate cyclase with GAF sensor  100 
 
 		 324 aa  666    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3341  diguanylate cyclase with GAF sensor  60.06 
 
 		 326 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.326656 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2820  hypothetical protein  39.31 
 
 		 332 aa  223  4.9999999999999996e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1520  GGDEF domain-containing protein  39.31 
 
 		 323 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1202  GGDEF domain-containing protein  36.54 
 
 		 324 aa  207  2e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.952705 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3131  diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 328 aa  168  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388366 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.25 
 
 		 644 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.793092  normal  0.542598 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.25 
 
 		 644 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0290676 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3329  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  28.52 
 
 		 643 aa  125  9e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0659  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.64 
 
 		 646 aa  123  4e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.172911 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0693  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.08 
 
 		 646 aa  123  4e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  24.75 
 
 		 646 aa  123  4e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.08 
 
 		 650 aa  123  4e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05804  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.3 
 
 		 636 aa  122  8e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0703  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  24.75 
 
 		 646 aa  122  9e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.879487 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  31.28 
 
 		 320 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000170  GGDEF family protein  27.83 
 
 		 636 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.580711  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.51 
 
 		 326 aa  120  3e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 325 aa  120  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3284  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  26.02 
 
 		 645 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000411961 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0294  putative signaling protein  26.91 
 
 		 630 aa  119  7e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.106919  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.07 
 
 		 319 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1397  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  31.49 
 
 		 341 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.210623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.94 
 
 		 321 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2518  GAF domain/diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  31.49 
 
 		 384 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  28.04 
 
 		 321 aa  116  5e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2018  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  31.49 
 
 		 384 aa  116  5e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000229251  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0006  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.07 
 
 		 557 aa  116  5e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1849  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.49 
 
 		 341 aa  116  6e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1880  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  31.49 
 
 		 384 aa  116  6e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1839  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.49 
 
 		 341 aa  116  6e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.730013  normal  0.326474 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  31.98 
 
 		 323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01763  predicted diguanylate cyclase  31.06 
 
 		 341 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.623306  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.22 
 
 		 323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01751  hypothetical protein  31.06 
 
 		 341 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.479957  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.4 
 
 		 318 aa  113  4.0000000000000004e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35 
 
 		 737 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0747  GGDEF domain-containing protein  24.19 
 
 		 318 aa  113  5e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  32.51 
 
 		 323 aa  113  6e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  32.69 
 
 		 341 aa  113  6e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0689  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.74 
 
 		 356 aa  112  7.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  28.16 
 
 		 417 aa  112  9e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  32.51 
 
 		 323 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.1 
 
 		 323 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.33 
 
 		 345 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3759  GGDEF domain-containing protein  32.92 
 
 		 324 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  32.1 
 
 		 323 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.37 
 
 		 326 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0865  diguanylate cyclase  24.82 
 
 		 314 aa  107  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  31.25 
 
 		 345 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3098  GGDEF family protein  25.36 
 
 		 638 aa  107  4e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0791415 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 345 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.8 
 
 		 325 aa  106  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1333  diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 259 aa  106  6e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00918762  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  30.4 
 
 		 417 aa  105  9e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 461 aa  105  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.33 
 
 		 323 aa  104  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0241  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 450 aa  103  3e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  33.92 
 
 		 1774 aa  103  3e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.45 
 
 		 323 aa  103  3e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0778  diguanylate cyclase  23.34 
 
 		 315 aa  103  4e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.471594  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7668  GAF sensor hybrid histidine kinase  31.68 
 
 		 571 aa  103  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.836623 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0175  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.46 
 
 		 352 aa  102  7e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.14726  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0869  diguanylate cyclase  21.82 
 
 		 330 aa  102  8e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0746  diguanylate cyclase  23.64 
 
 		 314 aa  102  9e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2826  hypothetical protein  31.22 
 
 		 314 aa  102  1e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.63 
 
 		 578 aa  101  1e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0440  hypothetical protein  35.4 
 
 		 356 aa  100  2e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.27 
 
 		 322 aa  101  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0329  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.61 
 
 		 336 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.832493  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  42.45 
 
 		 381 aa  101  2e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1974  diguanylate cyclase  32.61 
 
 		 336 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.588528 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0866  GGDEF domain-containing protein  23.32 
 
 		 336 aa  100  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0767  GGDEF domain-containing protein  25.09 
 
 		 337 aa  100  3e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2842  diguanylate cyclase  29.04 
 
 		 785 aa  100  3e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1659  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.05 
 
 		 342 aa  100  4e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4177  hypothetical protein  29.51 
 
 		 344 aa  100  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.878015 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 758 aa  100  4e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  26.43 
 
 		 316 aa  100  5e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3256  GGDEF domain-containing protein  25.09 
 
 		 337 aa  100  5e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3976  GAF domain-containing protein  28.73 
 
 		 259 aa  99.4  7e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0416  hypothetical protein  34.78 
 
 		 356 aa  99.4  8e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.39 
 
 		 797 aa  99.4  8e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  29.75 
 
 		 342 aa  99  9e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0868  putative diguanylate cyclase  24.91 
 
 		 319 aa  98.6  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  31.67 
 
 		 1073 aa  98.2  1e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.99 
 
 		 348 aa  98.6  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2011  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.96 
 
 		 321 aa  99  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0323841  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 477 aa  98.6  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.99 
 
 		 348 aa  98.6  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.15 
 
 		 327 aa  99  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  35.85 
 
 		 424 aa  98.2  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 470 aa  98.2  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  29.49 
 
 		 327 aa  98.2  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0966  diguanylate cyclase  31.89 
 
 		 334 aa  98.2  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2858  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.58 
 
 		 368 aa  97.4  3e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0640037  hitchhiker  0.00351788 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3791  diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 572 aa  97.4  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3359  GGDEF domain-containing protein  22.86 
 
 		 337 aa  97.1  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3607  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  31.97 
 
 		 620 aa  97.4  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.22 
 
 		 675 aa  97.4  3e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>