78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0865 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0865  diguanylate cyclase  100 
 
 		 314 aa  653    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0868  putative diguanylate cyclase  65.81 
 
 		 319 aa  422  1e-117  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0746  diguanylate cyclase  51.13 
 
 		 314 aa  332  4e-90  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0778  diguanylate cyclase  50 
 
 		 315 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.471594  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0747  GGDEF domain-containing protein  34.85 
 
 		 318 aa  195  9e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2765  hypothetical protein  36.86 
 
 		 304 aa  185  9e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2764  GGDEF domain-containing protein  34.2 
 
 		 325 aa  182  6e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0925  GGDEF domain-containing protein  33.88 
 
 		 335 aa  181  1e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3359  GGDEF domain-containing protein  32.57 
 
 		 337 aa  180  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0869  diguanylate cyclase  34.09 
 
 		 330 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0866  GGDEF domain-containing protein  34.6 
 
 		 336 aa  178  8e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3256  GGDEF domain-containing protein  31.55 
 
 		 337 aa  175  8e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3668  putative diguanylate cyclase  33.01 
 
 		 338 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.151579 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0771  GGDEF domain-containing protein  33.01 
 
 		 326 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3546  putative diguanylate cyclase  33.01 
 
 		 338 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3477  putative diguanylate cyclase  33.01 
 
 		 338 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0767  GGDEF domain-containing protein  30.82 
 
 		 337 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4068  diguanylate cyclase with GAF sensor  24.82 
 
 		 324 aa  107  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1520  GGDEF domain-containing protein  21.38 
 
 		 323 aa  88.6  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3341  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.3 
 
 		 326 aa  87.8  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.326656 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2820  hypothetical protein  21.54 
 
 		 332 aa  81.6  0.00000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3131  diguanylate cyclase  20.88 
 
 		 328 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388366 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1202  GGDEF domain-containing protein  19.17 
 
 		 324 aa  64.3  0.000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.952705 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  25.62 
 
 		 323 aa  56.2  0.0000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.62 
 
 		 323 aa  56.2  0.0000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  25.62 
 
 		 323 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  25.12 
 
 		 323 aa  54.7  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0011  putative PAS/PAC sensor protein  25.52 
 
 		 526 aa  53.5  0.000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.140902  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  22.75 
 
 		 323 aa  52.8  0.000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3531  diguanylate cyclase  27.16 
 
 		 385 aa  52.4  0.000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  25 
 
 		 323 aa  52  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  24.24 
 
 		 374 aa  52  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2858  diguanylate cyclase with GAF sensor  22.89 
 
 		 368 aa  51.2  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0640037  hitchhiker  0.00351788 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  24.14 
 
 		 323 aa  51.6  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3263  diguanylate cyclase with GAF sensor  22.89 
 
 		 368 aa  51.2  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3597  diguanylate cyclase  27.71 
 
 		 385 aa  51.2  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0241  diguanylate cyclase  26.62 
 
 		 450 aa  50.8  0.00003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0006  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  24.5 
 
 		 557 aa  50.4  0.00004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.97 
 
 		 792 aa  49.7  0.00006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0689  diguanylate cyclase with GAF sensor  28 
 
 		 356 aa  49.7  0.00006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  24.08 
 
 		 797 aa  48.1  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3759  GGDEF domain-containing protein  23.41 
 
 		 324 aa  47.8  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4216  diguanylate cyclase  23.08 
 
 		 717 aa  47  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  24.69 
 
 		 414 aa  46.6  0.0006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  26.11 
 
 		 568 aa  45.4  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1690  diguanylate cyclase  24.46 
 
 		 331 aa  45.4  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  22.38 
 
 		 319 aa  45.4  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  24.55 
 
 		 322 aa  45.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  24.31 
 
 		 323 aa  45.4  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3441  hypothetical protein  23.73 
 
 		 401 aa  44.3  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0280  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.15 
 
 		 314 aa  44.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0265413 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  22.81 
 
 		 1078 aa  45.1  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2153  membrane associated GGDEF protein  27.12 
 
 		 490 aa  44.7  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  27.13 
 
 		 381 aa  43.9  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  26.25 
 
 		 375 aa  44.3  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0530  diguanylate cyclase  25.3 
 
 		 558 aa  44.3  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000155935  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3976  GAF domain-containing protein  24.84 
 
 		 259 aa  43.9  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2866  diguanylate cyclase with GAF sensor  22 
 
 		 448 aa  43.9  0.004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0488494  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7668  GAF sensor hybrid histidine kinase  30.14 
 
 		 571 aa  43.5  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.836623 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3328  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28 
 
 		 573 aa  43.5  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  21.63 
 
 		 321 aa  43.1  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.1 
 
 		 869 aa  43.1  0.006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02934  hypothetical protein  25 
 
 		 486 aa  43.1  0.006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  26.61 
 
 		 477 aa  43.1  0.006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1682  diguanylate cyclase  28.85 
 
 		 560 aa  43.1  0.006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24 
 
 		 1212 aa  42.7  0.007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2982  diguanylate cyclase  27.49 
 
 		 342 aa  42.7  0.008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  21.38 
 
 		 353 aa  42.7  0.008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.32 
 
 		 550 aa  42.7  0.008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3764  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.71 
 
 		 577 aa  42.7  0.009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  22.93 
 
 		 659 aa  42.7  0.009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  23.48 
 
 		 901 aa  42.4  0.009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0504  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.71 
 
 		 577 aa  42.7  0.009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3946  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.71 
 
 		 577 aa  42.7  0.009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3820  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.71 
 
 		 577 aa  42.7  0.009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  18.81 
 
 		 327 aa  42.4  0.01  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  26.72 
 
 		 345 aa  42.4  0.01  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2826  hypothetical protein  24.54 
 
 		 314 aa  42.4  0.01  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>