54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0866 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0866  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 336 aa  699    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0869  diguanylate cyclase  75.15 
 
 		 330 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0747  GGDEF domain-containing protein  68.51 
 
 		 318 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3359  GGDEF domain-containing protein  61.76 
 
 		 337 aa  386  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0767  GGDEF domain-containing protein  61.11 
 
 		 337 aa  383  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3256  GGDEF domain-containing protein  61.44 
 
 		 337 aa  384  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3477  putative diguanylate cyclase  59.03 
 
 		 338 aa  378  1e-103  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3546  putative diguanylate cyclase  58.71 
 
 		 338 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0771  GGDEF domain-containing protein  58.71 
 
 		 326 aa  375  1e-103  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2764  GGDEF domain-containing protein  58.31 
 
 		 325 aa  377  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3668  putative diguanylate cyclase  58.39 
 
 		 338 aa  373  1e-102  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.151579 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0925  GGDEF domain-containing protein  58.5 
 
 		 335 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0865  diguanylate cyclase  34.6 
 
 		 314 aa  178  9e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0778  diguanylate cyclase  32.04 
 
 		 315 aa  171  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.471594  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0746  diguanylate cyclase  31.97 
 
 		 314 aa  157  3e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0868  putative diguanylate cyclase  30.96 
 
 		 319 aa  156  6e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2765  hypothetical protein  31.11 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4068  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.32 
 
 		 324 aa  100  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2820  hypothetical protein  23.51 
 
 		 332 aa  96.3  7e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3341  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.51 
 
 		 326 aa  87.4  3e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.326656 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1520  GGDEF domain-containing protein  23.2 
 
 		 323 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1202  GGDEF domain-containing protein  21.83 
 
 		 324 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.952705 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  24.88 
 
 		 327 aa  60.5  0.00000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.54 
 
 		 323 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3131  diguanylate cyclase  23.76 
 
 		 328 aa  56.2  0.0000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388366 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.95 
 
 		 869 aa  53.5  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1708  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.33 
 
 		 869 aa  52.8  0.000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  29.41 
 
 		 521 aa  51.2  0.00003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3231  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.21 
 
 		 313 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.458607 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0006  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.9 
 
 		 557 aa  50.4  0.00004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.58 
 
 		 326 aa  49.7  0.00007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  23.11 
 
 		 325 aa  48.9  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.08 
 
 		 321 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0492  diguanylate cyclase  28.26 
 
 		 351 aa  47.8  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.874932  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.94 
 
 		 318 aa  47.8  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  24.6 
 
 		 385 aa  47  0.0005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  27.21 
 
 		 323 aa  46.6  0.0007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0355  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.93 
 
 		 464 aa  46.2  0.0008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1806  diguanylate cyclase  24.08 
 
 		 291 aa  46.2  0.0008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.851232  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  23.08 
 
 		 316 aa  45.8  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  25.52 
 
 		 316 aa  45.4  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.45 
 
 		 797 aa  45.8  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1225  GGDEF domain-containing protein  24.6 
 
 		 517 aa  45.8  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.489016  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  24.2 
 
 		 628 aa  45.8  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  20.2 
 
 		 319 aa  45.1  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  26.32 
 
 		 446 aa  44.7  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0241  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 450 aa  44.7  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  22.02 
 
 		 320 aa  44.3  0.003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  23.27 
 
 		 582 aa  43.9  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  22.82 
 
 		 326 aa  43.9  0.004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  24.48 
 
 		 443 aa  43.5  0.006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.2 
 
 		 901 aa  42.7  0.008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2249  response regulator/GGDEF domain-containing protein  25.71 
 
 		 400 aa  42.4  0.01  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3597  diguanylate cyclase  23.98 
 
 		 385 aa  42.7  0.01  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>