89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_0778 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_0778  diguanylate cyclase  100 
 
 		 315 aa  652    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.471594  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0865  diguanylate cyclase  50 
 
 		 314 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0746  diguanylate cyclase  48.11 
 
 		 314 aa  289  4e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0868  putative diguanylate cyclase  46.86 
 
 		 319 aa  287  2e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3359  GGDEF domain-containing protein  33.88 
 
 		 337 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2765  hypothetical protein  35.76 
 
 		 304 aa  178  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0747  GGDEF domain-containing protein  31.91 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0869  diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 330 aa  177  3e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0767  GGDEF domain-containing protein  33.23 
 
 		 337 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3256  GGDEF domain-containing protein  32.9 
 
 		 337 aa  172  5e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0866  GGDEF domain-containing protein  32.04 
 
 		 336 aa  171  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3546  putative diguanylate cyclase  32.81 
 
 		 338 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3477  putative diguanylate cyclase  32.81 
 
 		 338 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0771  GGDEF domain-containing protein  32.81 
 
 		 326 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3668  putative diguanylate cyclase  32.81 
 
 		 338 aa  169  4e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.151579 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0925  GGDEF domain-containing protein  31.94 
 
 		 335 aa  169  6e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2764  GGDEF domain-containing protein  31.01 
 
 		 325 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4068  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.34 
 
 		 324 aa  103  4e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3341  diguanylate cyclase with GAF sensor  22.84 
 
 		 326 aa  95.5  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.326656 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2820  hypothetical protein  22.8 
 
 		 332 aa  87.4  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1520  GGDEF domain-containing protein  22.58 
 
 		 323 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1202  GGDEF domain-containing protein  23.01 
 
 		 324 aa  82  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.952705 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3131  diguanylate cyclase  22.49 
 
 		 328 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388366 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0006  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.9 
 
 		 557 aa  60.5  0.00000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3531  diguanylate cyclase  27.07 
 
 		 385 aa  56.2  0.0000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0241  diguanylate cyclase  24.84 
 
 		 450 aa  52  0.00001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  24.58 
 
 		 327 aa  52  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2858  diguanylate cyclase with GAF sensor  24.48 
 
 		 368 aa  51.2  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0640037  hitchhiker  0.00351788 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3263  diguanylate cyclase with GAF sensor  24.48 
 
 		 368 aa  51.2  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3597  diguanylate cyclase  25.58 
 
 		 385 aa  51.6  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.16 
 
 		 797 aa  50.4  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  24.44 
 
 		 323 aa  50.4  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  22.13 
 
 		 758 aa  50.4  0.00004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  19.02 
 
 		 323 aa  50.1  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.45 
 
 		 792 aa  50.1  0.00005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0689  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.37 
 
 		 356 aa  50.1  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  25 
 
 		 323 aa  50.1  0.00005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  24.44 
 
 		 323 aa  49.3  0.00008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1690  diguanylate cyclase  22.46 
 
 		 331 aa  49.3  0.00009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.95 
 
 		 713 aa  49.3  0.00009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.430006  normal  0.473788 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  24.44 
 
 		 323 aa  49.3  0.00009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  32.23 
 
 		 548 aa  49.3  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3406  diguanylate cyclase  29.91 
 
 		 388 aa  47.4  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0185  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.88 
 
 		 713 aa  47.8  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00871841 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4141  diguanylate cyclase  22.65 
 
 		 312 aa  46.6  0.0006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274749 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2262  diguanylate cyclase  30.39 
 
 		 430 aa  46.2  0.0006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0392628  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.62 
 
 		 301 aa  46.6  0.0006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.09 
 
 		 610 aa  46.2  0.0007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1227  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  24.43 
 
 		 434 aa  45.8  0.0008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4247  diguanylate cyclase  25.41 
 
 		 395 aa  45.8  0.0008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.897549 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  20.3 
 
 		 320 aa  46.2  0.0008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.68 
 
 		 323 aa  46.2  0.0008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.65 
 
 		 550 aa  45.8  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  29.57 
 
 		 949 aa  45.4  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0701  diguanylate cyclase  28.28 
 
 		 650 aa  45.4  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.291224  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.77 
 
 		 512 aa  45.4  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  23.96 
 
 		 650 aa  45.8  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  28.32 
 
 		 324 aa  45.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  22.75 
 
 		 443 aa  45.8  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0793  diguanylate cyclase  23.77 
 
 		 305 aa  45.8  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  22.78 
 
 		 319 aa  44.7  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5747  diguanylate cyclase  22.58 
 
 		 261 aa  45.1  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0280  diguanylate cyclase with GAF sensor  21.79 
 
 		 314 aa  44.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0265413 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1014  diguanylate cyclase  28.07 
 
 		 552 aa  45.1  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.737518 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  27.43 
 
 		 328 aa  44.7  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  25.62 
 
 		 539 aa  44.7  0.002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  23.33 
 
 		 374 aa  45.1  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  20 
 
 		 321 aa  44.7  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  25.22 
 
 		 640 aa  44.7  0.002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2153  membrane associated GGDEF protein  26.45 
 
 		 490 aa  43.9  0.003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  31.43 
 
 		 348 aa  44.3  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  23.97 
 
 		 521 aa  44.3  0.003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  25.74 
 
 		 323 aa  44.3  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  18.99 
 
 		 353 aa  44.3  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  27.43 
 
 		 328 aa  43.5  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  27.43 
 
 		 328 aa  43.9  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  27.43 
 
 		 328 aa  43.9  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  22.93 
 
 		 901 aa  43.5  0.005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  25.62 
 
 		 477 aa  43.5  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  24.03 
 
 		 659 aa  43.5  0.005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0593  diguanylate cyclase  26.06 
 
 		 316 aa  43.1  0.006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  25 
 
 		 298 aa  43.1  0.007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3161  response regulator  30.11 
 
 		 576 aa  43.1  0.007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2011  diguanylate cyclase with GAF sensor  24.16 
 
 		 321 aa  42.7  0.007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0323841  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5213  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.69 
 
 		 813 aa  42.7  0.007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000504339  normal  0.176333 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3441  hypothetical protein  23.78 
 
 		 401 aa  42.7  0.007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  23.42 
 
 		 414 aa  42.7  0.008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2969  sensory box/GGDEF family protein  25.9 
 
 		 315 aa  42.7  0.008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  26.09 
 
 		 568 aa  42.4  0.01  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>