50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0925 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0925  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 335 aa  696    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3256  GGDEF domain-containing protein  82.2 
 
 		 337 aa  574  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3359  GGDEF domain-containing protein  81.31 
 
 		 337 aa  571  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0767  GGDEF domain-containing protein  81.9 
 
 		 337 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3546  putative diguanylate cyclase  72.57 
 
 		 338 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3477  putative diguanylate cyclase  72.19 
 
 		 338 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3668  putative diguanylate cyclase  72.27 
 
 		 338 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.151579 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0771  GGDEF domain-containing protein  71.13 
 
 		 326 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2764  GGDEF domain-containing protein  61.44 
 
 		 325 aa  379  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0747  GGDEF domain-containing protein  61.89 
 
 		 318 aa  378  1e-104  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0869  diguanylate cyclase  56.63 
 
 		 330 aa  365  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0866  GGDEF domain-containing protein  58.5 
 
 		 336 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0865  diguanylate cyclase  33.88 
 
 		 314 aa  181  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0778  diguanylate cyclase  31.94 
 
 		 315 aa  169  6e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.471594  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0868  putative diguanylate cyclase  32.43 
 
 		 319 aa  165  9e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0746  diguanylate cyclase  30.82 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2765  hypothetical protein  35.65 
 
 		 304 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4068  diguanylate cyclase with GAF sensor  22.71 
 
 		 324 aa  90.1  4e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1520  GGDEF domain-containing protein  23.84 
 
 		 323 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3341  diguanylate cyclase with GAF sensor  22.22 
 
 		 326 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.326656 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2820  hypothetical protein  21.83 
 
 		 332 aa  77  0.0000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.56 
 
 		 323 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3131  diguanylate cyclase  21.9 
 
 		 328 aa  69.3  0.00000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388366 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1202  GGDEF domain-containing protein  23.33 
 
 		 324 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.952705 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  24.74 
 
 		 327 aa  58.9  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.33 
 
 		 869 aa  56.6  0.0000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1708  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.58 
 
 		 869 aa  56.2  0.0000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0241  diguanylate cyclase  27.59 
 
 		 450 aa  55.5  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0006  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  23.28 
 
 		 557 aa  55.1  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  23.18 
 
 		 320 aa  53.5  0.000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  21.08 
 
 		 319 aa  50.8  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  24.59 
 
 		 321 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.51 
 
 		 323 aa  47.8  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  23.66 
 
 		 323 aa  47.4  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  21.43 
 
 		 325 aa  47  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.22 
 
 		 322 aa  47  0.0005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.96 
 
 		 326 aa  47  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  24.46 
 
 		 316 aa  46.6  0.0007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  24.11 
 
 		 323 aa  46.6  0.0007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  25.4 
 
 		 521 aa  46.2  0.0008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.79 
 
 		 323 aa  45.8  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  23.79 
 
 		 323 aa  45.4  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3759  GGDEF domain-containing protein  29.05 
 
 		 324 aa  45.1  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  22.93 
 
 		 323 aa  45.1  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  23.56 
 
 		 323 aa  44.7  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  20.88 
 
 		 326 aa  45.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  26.09 
 
 		 446 aa  44.3  0.003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  21.05 
 
 		 321 aa  43.1  0.007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.73 
 
 		 353 aa  42.7  0.008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  22.95 
 
 		 320 aa  42.7  0.009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>