More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1520 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1520  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 323 aa  672    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3131  diguanylate cyclase  56.91 
 
 		 328 aa  373  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388366 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1202  GGDEF domain-containing protein  53.48 
 
 		 324 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.952705 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3341  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.38 
 
 		 326 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.326656 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4068  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.31 
 
 		 324 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2820  hypothetical protein  31.07 
 
 		 332 aa  160  3e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.19 
 
 		 323 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  32.35 
 
 		 316 aa  146  4.0000000000000006e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 323 aa  143  4e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3759  GGDEF domain-containing protein  34.41 
 
 		 324 aa  142  6e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 323 aa  142  6e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.14 
 
 		 319 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.73 
 
 		 323 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 323 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 323 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.84 
 
 		 323 aa  139  6e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.16 
 
 		 321 aa  139  6e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.03 
 
 		 323 aa  139  7e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  33.6 
 
 		 321 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.82 
 
 		 737 aa  137  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.01 
 
 		 327 aa  136  5e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.58 
 
 		 322 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2826  hypothetical protein  30.41 
 
 		 314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.36 
 
 		 318 aa  132  7.999999999999999e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.33 
 
 		 326 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0006  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.32 
 
 		 557 aa  127  3e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3329  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  28.78 
 
 		 643 aa  125  9e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  30.8 
 
 		 320 aa  125  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  29.84 
 
 		 327 aa  124  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  30 
 
 		 348 aa  122  6e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  30 
 
 		 348 aa  122  6e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  27.99 
 
 		 644 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.793092  normal  0.542598 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  27.99 
 
 		 644 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0290676 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0241  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 450 aa  118  9.999999999999999e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  29.76 
 
 		 417 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  26.76 
 
 		 650 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0703  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  27.15 
 
 		 646 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.879487 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  27.34 
 
 		 646 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0693  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  26.76 
 
 		 646 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  30.22 
 
 		 341 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3284  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.24 
 
 		 645 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000411961 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0659  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  26.98 
 
 		 646 aa  116  5e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.172911 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2011  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.25 
 
 		 321 aa  116  6e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0323841  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.8 
 
 		 367 aa  115  7.999999999999999e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3098  GGDEF family protein  27.4 
 
 		 638 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0791415 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  28.97 
 
 		 417 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.77 
 
 		 345 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3263  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.26 
 
 		 368 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.88 
 
 		 772 aa  110  2.0000000000000002e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2858  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.26 
 
 		 368 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0640037  hitchhiker  0.00351788 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0966  diguanylate cyclase  32.64 
 
 		 334 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0525  diguanylate cyclase  36.09 
 
 		 585 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000170  GGDEF family protein  26.67 
 
 		 636 aa  108  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.580711  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0329  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.25 
 
 		 336 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.832493  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1586  diguanylate cyclase  34.59 
 
 		 491 aa  107  2e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1974  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 336 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.588528 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.73 
 
 		 326 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  30.73 
 
 		 325 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0280  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.46 
 
 		 314 aa  106  5e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0265413 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1652  diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 490 aa  106  6e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.749875  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7668  GAF sensor hybrid histidine kinase  41.46 
 
 		 571 aa  105  7e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.836623 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4177  hypothetical protein  25 
 
 		 344 aa  105  8e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.878015 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2297  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  30.45 
 
 		 1025 aa  105  9e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.93563  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0294  putative signaling protein  32.9 
 
 		 630 aa  105  9e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.106919  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 378 aa  105  1e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  28.96 
 
 		 345 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  29.34 
 
 		 345 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0530  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.94 
 
 		 961 aa  104  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.639569  normal  0.653911 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  30.23 
 
 		 1073 aa  104  2e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1599  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.4 
 
 		 343 aa  104  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  28.96 
 
 		 343 aa  104  2e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0538  diguanylate cyclase  34.91 
 
 		 585 aa  105  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.96 
 
 		 325 aa  104  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1569  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.14 
 
 		 643 aa  103  3e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0689  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.65 
 
 		 356 aa  103  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.02 
 
 		 975 aa  103  3e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1635  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.14 
 
 		 643 aa  103  3e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.33 
 
 		 947 aa  103  4e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3018  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.2 
 
 		 475 aa  103  4e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05804  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.59 
 
 		 636 aa  102  7e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3089  sensory box protein  39.88 
 
 		 858 aa  101  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.168178  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1055  sensory box protein  33.19 
 
 		 462 aa  102  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3412  hypothetical protein  30.21 
 
 		 423 aa  102  1e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0269335  normal  0.473348 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.89 
 
 		 1078 aa  102  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.87 
 
 		 610 aa  102  1e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3236  hypothetical protein  30.21 
 
 		 423 aa  102  1e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0104131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4673  hypothetical protein  31.33 
 
 		 651 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3853  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 482 aa  101  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0518051 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3492  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 474 aa  101  1e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1849  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.38 
 
 		 341 aa  100  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  32.93 
 
 		 432 aa  101  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2518  GAF domain/diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  30.38 
 
 		 384 aa  101  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1839  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.38 
 
 		 341 aa  101  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.730013  normal  0.326474 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 733 aa  100  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 432 aa  101  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53310  hypothetical protein  32.39 
 
 		 681 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.615657 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  35.76 
 
 		 574 aa  100  3e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2018  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  30.38 
 
 		 384 aa  100  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000229251  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1397  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  30.38 
 
 		 341 aa  100  3e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.210623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1880  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  30.38 
 
 		 384 aa  100  3e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>