More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3853 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3853  diguanylate cyclase  100 
 
 		 482 aa  961    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0518051 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0006  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 		 557 aa  124  4e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  32.76 
 
 		 321 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0689  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.67 
 
 		 356 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0241  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 450 aa  115  3e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  33.63 
 
 		 316 aa  113  9e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  32.89 
 
 		 413 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3263  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.95 
 
 		 368 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2858  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.95 
 
 		 368 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0640037  hitchhiker  0.00351788 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.02 
 
 		 323 aa  110  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.33 
 
 		 321 aa  108  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  36.81 
 
 		 320 aa  107  4e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1396  diguanylate cyclase  45.06 
 
 		 356 aa  106  7e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.75781 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  30.6 
 
 		 323 aa  105  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0487  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 363 aa  105  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.468611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.91 
 
 		 319 aa  104  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.25 
 
 		 323 aa  103  6e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 323 aa  103  7e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.91 
 
 		 323 aa  103  7e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 323 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2826  hypothetical protein  30.67 
 
 		 314 aa  102  1e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  36.6 
 
 		 323 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.82 
 
 		 326 aa  102  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1520  GGDEF domain-containing protein  37.04 
 
 		 323 aa  101  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.36 
 
 		 323 aa  101  3e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2332  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  36.57 
 
 		 960 aa  101  3e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0983  GGDEF family protein  37.65 
 
 		 443 aa  100  6e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.16 
 
 		 322 aa  100  6e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  32.12 
 
 		 1037 aa  99.8  9e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1583  GGDEF domain-containing protein  37.08 
 
 		 472 aa  99  2e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5305  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.54 
 
 		 814 aa  98.2  3e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0689  putative PAS/PAC sensor protein  36.65 
 
 		 836 aa  98.2  3e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000235898 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0417  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.79 
 
 		 853 aa  97.8  4e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0011  putative PAS/PAC sensor protein  37.11 
 
 		 526 aa  97.8  4e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.140902  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  33.96 
 
 		 364 aa  97.4  5e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  28.97 
 
 		 637 aa  97.1  6e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1202  GGDEF domain-containing protein  32.82 
 
 		 324 aa  96.7  7e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.952705 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3759  GGDEF domain-containing protein  36.63 
 
 		 324 aa  96.7  8e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3953  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  37.43 
 
 		 474 aa  96.7  9e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000778513 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2820  hypothetical protein  32.53 
 
 		 332 aa  96.3  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1170  hypothetical protein  34.16 
 
 		 768 aa  95.5  2e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  34.16 
 
 		 768 aa  95.5  2e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0392  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.14 
 
 		 888 aa  95.5  2e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.301142  normal  0.0507788 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  33.54 
 
 		 327 aa  95.1  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4247  diguanylate cyclase  35.11 
 
 		 395 aa  95.1  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.897549 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.33 
 
 		 327 aa  94.4  5e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5028  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.35 
 
 		 637 aa  94  6e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00518109  normal  0.939284 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4153  diguanylate cyclase  35 
 
 		 305 aa  93.6  6e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2835  diguanylate cyclase  34.01 
 
 		 231 aa  93.6  7e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0884  diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 285 aa  93.6  7e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.576242  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3131  diguanylate cyclase  36.2 
 
 		 328 aa  93.6  7e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388366 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  31.55 
 
 		 377 aa  93.2  9e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0021  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.55 
 
 		 1225 aa  93.2  9e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363406  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3664  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.73 
 
 		 759 aa  92.8  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3237  diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 286 aa  93.2  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  34.16 
 
 		 431 aa  92.4  1e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 614 aa  92.8  1e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1552  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.3 
 
 		 971 aa  92.8  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0003  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.2 
 
 		 669 aa  93.2  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  30.3 
 
 		 477 aa  92.8  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2342  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.37 
 
 		 754 aa  92  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3744  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.12 
 
 		 832 aa  92  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.726032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4515  diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 363 aa  92.4  2e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4735  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.32 
 
 		 689 aa  92  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0595206  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4127  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 305 aa  92.4  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0339065  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1481  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.29 
 
 		 949 aa  91.7  2e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3341  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.33 
 
 		 326 aa  92  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.326656 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.18 
 
 		 769 aa  91.7  3e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  31.28 
 
 		 548 aa  91.7  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2183  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.74 
 
 		 336 aa  91.7  3e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00645275 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.66 
 
 		 689 aa  91.7  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1445  putative diguanylate cyclase  32.62 
 
 		 381 aa  91.7  3e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0717377  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0413  diguanylate cyclase  36.18 
 
 		 328 aa  91.7  3e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.679867 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0355  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.56 
 
 		 464 aa  91.3  4e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3266  diguanylate cyclase  30.28 
 
 		 355 aa  91.3  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5255  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.14 
 
 		 707 aa  91.3  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.864356  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0556  diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 314 aa  91.3  4e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303867 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4011  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 305 aa  91.3  4e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.156035  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1137  diguanylate cyclase  32.31 
 
 		 721 aa  91.3  4e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0306516  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3234  diguanylate cyclase  34.23 
 
 		 295 aa  90.9  5e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.9 
 
 		 715 aa  90.5  6e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2213  GGDEF domain-containing protein  38.51 
 
 		 641 aa  90.5  6e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.658691  normal  0.864608 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  31.9 
 
 		 381 aa  90.1  7e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3624  diguanylate cyclase  30.74 
 
 		 341 aa  90.1  7e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.112804  normal  0.505096 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  32.1 
 
 		 569 aa  90.1  7e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03836  diguanylate cyclase  35.43 
 
 		 354 aa  90.1  7e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0823  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.57 
 
 		 755 aa  90.5  7e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5313  diguanylate cyclase  34.36 
 
 		 361 aa  90.1  7e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0294  diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 504 aa  90.1  7e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166805  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2790  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.6 
 
 		 296 aa  90.1  8e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.301061  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2451  diguanylate cyclase  29.63 
 
 		 287 aa  90.1  8e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.357432  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2222  diguanylate cyclase  37.01 
 
 		 847 aa  90.1  8e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.162543  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4490  diguanylate cyclase  33.68 
 
 		 305 aa  89.7  9e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.404195  normal  0.94079 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1646  GGDEF family protein  33.53 
 
 		 296 aa  89.4  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  32.3 
 
 		 426 aa  89.7  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0757  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 489 aa  89.7  1e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.371772  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1899  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.65 
 
 		 616 aa  89.7  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.764058  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.01 
 
 		 689 aa  89.4  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  32.5 
 
 		 390 aa  89.4  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0374  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 323 aa  89.4  1e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.462449 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>