More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A0983 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009457  VC0395_A0983  GGDEF family protein  100 
 
 
443 aa  903    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0806  diguanylate cyclase  35.57 
 
 
442 aa  266  5.999999999999999e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3387  diguanylate cyclase  35.43 
 
 
442 aa  254  3e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3776  diguanylate cyclase  35.9 
 
 
427 aa  251  2e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2121  diguanylate cyclase  35.02 
 
 
452 aa  249  5e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3061  GGDEF domain-containing protein  36.88 
 
 
469 aa  247  3e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1891  GGDEF family protein  34.75 
 
 
435 aa  219  6e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0989332  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3337  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.74 
 
 
1020 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  46.37 
 
 
1515 aa  161  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.37 
 
 
1504 aa  160  3e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.37 
 
 
1504 aa  160  3e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.37 
 
 
1505 aa  160  4e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2778  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  49.35 
 
 
1010 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.81 
 
 
1511 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.48 
 
 
1508 aa  156  8e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.48 
 
 
1508 aa  156  8e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.48 
 
 
1508 aa  156  9e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.48 
 
 
1508 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3507  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.81 
 
 
1012 aa  155  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  43.17 
 
 
572 aa  154  4e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.6 
 
 
891 aa  152  1e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1253  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  48.05 
 
 
1018 aa  150  3e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.13 
 
 
1486 aa  150  5e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  44.51 
 
 
523 aa  150  6e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1336  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.4 
 
 
1015 aa  149  8e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3022  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.4 
 
 
1015 aa  149  8e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.4 
 
 
1015 aa  149  9e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.595031 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0638  diguanylate cyclase  43.5 
 
 
737 aa  149  1.0000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.75 
 
 
1009 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  42.01 
 
 
882 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1326  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.4 
 
 
1015 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2753  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.75 
 
 
1009 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3372  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.72 
 
 
659 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1806  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.58 
 
 
574 aa  148  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.55767  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1500  sensory box protein  46.1 
 
 
998 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2929  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.75 
 
 
1009 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.18 
 
 
1093 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  44.13 
 
 
1502 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3603  GGDEF domain-containing protein  39.42 
 
 
570 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5471  sensory box/GGDEF family protein  35.04 
 
 
814 aa  146  6e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00599956  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  42.78 
 
 
1494 aa  146  7.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  41.24 
 
 
1093 aa  146  8.000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.6 
 
 
737 aa  146  8.000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0581  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.3 
 
 
659 aa  146  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.77 
 
 
821 aa  146  9e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000585262  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1509  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.56 
 
 
571 aa  145  1e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.44121  normal  0.0349148 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5481  sensory box/GGDEF family protein  35.04 
 
 
735 aa  145  1e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0242915  hitchhiker  1.94028e-17 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2039  diguanylate cyclase  39.55 
 
 
432 aa  145  1e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000319282  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3626  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.01 
 
 
840 aa  144  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00808  hypothetical protein  42.86 
 
 
578 aa  144  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3006  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.81 
 
 
1064 aa  144  3e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1184  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.7 
 
 
738 aa  144  4e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.79 
 
 
898 aa  144  4e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4752  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.29 
 
 
652 aa  143  5e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.724915 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.29 
 
 
652 aa  143  5e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.864277  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0689  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.66 
 
 
723 aa  143  5e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.452404 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0128  diguanylate cyclase  41.38 
 
 
636 aa  143  6e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.308364  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1446  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.18 
 
 
698 aa  143  6e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0529  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.99 
 
 
575 aa  143  6e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  39.89 
 
 
557 aa  143  6e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5048  sensory box/GGDEF family protein  38.89 
 
 
892 aa  143  7e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2111  diguanylate cyclase  43.58 
 
 
290 aa  143  7e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.672445  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1077  sensory box/GGDEF family protein  41.94 
 
 
808 aa  142  8e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2448  sensory box protein  47.4 
 
 
1036 aa  142  9e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5197  sensory box/GGDEF family protein  38.38 
 
 
892 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.619616  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5032  hypothetical protein  38.38 
 
 
892 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5441  sensory box/GGDEF family protein  41.71 
 
 
735 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5593  sensory box/GGDEF family protein  38.38 
 
 
892 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.13 
 
 
1247 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2281  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 
450 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3694  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.95 
 
 
664 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.95 
 
 
664 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0693  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.95 
 
 
664 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53310  hypothetical protein  43.98 
 
 
681 aa  141  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.615657 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2656  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.01 
 
 
696 aa  141  3e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.95 
 
 
664 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3448  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.01 
 
 
696 aa  141  3e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1055  sensory box protein  43.6 
 
 
462 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40 
 
 
892 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0929  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.98 
 
 
464 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.240329 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.09 
 
 
648 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3543  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.45 
 
 
659 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  37.88 
 
 
892 aa  140  6e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4673  hypothetical protein  43.98 
 
 
651 aa  140  6e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0397  diguanylate cyclase  42.7 
 
 
555 aa  140  6e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2517  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.34 
 
 
614 aa  140  6e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.655073  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1829  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.44 
 
 
754 aa  140  6e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000110456  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.94 
 
 
449 aa  139  7e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4249  hypothetical protein  37.02 
 
 
434 aa  140  7e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1211  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  42.33 
 
 
504 aa  139  7.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.66 
 
 
1070 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  41.01 
 
 
1247 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1291  sensory box protein  41.76 
 
 
284 aa  139  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.01 
 
 
1247 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.71 
 
 
768 aa  139  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0894  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40.98 
 
 
482 aa  139  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.156047 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2314  sensory box/GGDEF family protein  34.87 
 
 
874 aa  139  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000124214  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2997  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.77 
 
 
876 aa  139  1e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.01 
 
 
1247 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.39 
 
 
1144 aa  139  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.851066  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>