More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3037 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 320 aa  659    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  55.97 
 
 		 319 aa  367  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  54.37 
 
 		 321 aa  359  3e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  55.24 
 
 		 316 aa  357  9.999999999999999e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  51.58 
 
 		 323 aa  338  5e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  51.58 
 
 		 323 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  51.58 
 
 		 323 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  54.43 
 
 		 321 aa  336  3.9999999999999995e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  56.47 
 
 		 326 aa  335  7e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  50.32 
 
 		 323 aa  331  1e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  51.43 
 
 		 327 aa  329  3e-89  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3759  GGDEF domain-containing protein  52.24 
 
 		 324 aa  328  7e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  51.27 
 
 		 323 aa  325  5e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  49.05 
 
 		 323 aa  325  7e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  50.96 
 
 		 323 aa  323  2e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  53 
 
 		 327 aa  323  3e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  50 
 
 		 322 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2826  hypothetical protein  46.86 
 
 		 314 aa  306  3e-82  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  49.68 
 
 		 323 aa  305  6e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.55 
 
 		 318 aa  265  5.999999999999999e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.4 
 
 		 348 aa  257  2e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.4 
 
 		 348 aa  257  2e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2011  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.53 
 
 		 321 aa  238  9e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0323841  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  36.42 
 
 		 341 aa  212  7e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.13 
 
 		 345 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 417 aa  206  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.14 
 
 		 737 aa  204  1e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.39 
 
 		 326 aa  199  7e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  34.08 
 
 		 325 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  32.12 
 
 		 345 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  31.82 
 
 		 345 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  35.12 
 
 		 343 aa  192  5e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  35.23 
 
 		 417 aa  189  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4177  hypothetical protein  33.44 
 
 		 344 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.878015 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0966  diguanylate cyclase  34.49 
 
 		 334 aa  182  7e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.33 
 
 		 367 aa  179  5.999999999999999e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3672  multi-sensor signal transduction histidine kinase  53.05 
 
 		 681 aa  178  8e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497248  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  51.85 
 
 		 624 aa  178  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.533876  normal  0.201744 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1229  diguanylate cyclase  34.73 
 
 		 356 aa  175  8e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586021  normal  0.0822929 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0329  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.75 
 
 		 336 aa  172  9e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.832493  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1974  diguanylate cyclase  34.75 
 
 		 336 aa  172  9e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.588528 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5198  putative PAS/PAC sensor protein  46.88 
 
 		 694 aa  166  2.9999999999999998e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3096  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  49.71 
 
 		 595 aa  166  5e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0665544  normal  0.285122 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3263  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  52 
 
 		 669 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.32 
 
 		 1965 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  43.6 
 
 		 401 aa  164  2.0000000000000002e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2985  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  49.35 
 
 		 321 aa  164  2.0000000000000002e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.69 
 
 		 878 aa  163  3e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2209  GAF sensor signal transduction histidine kinase  46.07 
 
 		 399 aa  162  7e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  49.02 
 
 		 781 aa  159  7e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  52.35 
 
 		 542 aa  159  9e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.51 
 
 		 1550 aa  155  8e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4134  transcriptional regulator, XRE family  47.56 
 
 		 267 aa  154  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3825  GAF domain-containing protein  47.56 
 
 		 276 aa  154  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0507581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  52.03 
 
 		 640 aa  152  7e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1446  hypothetical protein  44.94 
 
 		 441 aa  151  1e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1559  hypothetical protein  42.11 
 
 		 245 aa  152  1e-35  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4396  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  39.88 
 
 		 594 aa  151  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.898588 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15351  GAF domain-containing protein  44.39 
 
 		 238 aa  150  3e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.581628  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2118  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.37 
 
 		 1125 aa  150  4e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.187673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2220  diguanylate cyclase  30.24 
 
 		 362 aa  149  6e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1538  hypothetical protein  44.3 
 
 		 431 aa  149  7e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0792  hypothetical protein  43.17 
 
 		 240 aa  149  8e-35  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.327217  normal  0.0268431 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1466  GAF domain-containing protein  43.96 
 
 		 249 aa  149  8e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.105134  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17911  GAF domain-containing protein  42.86 
 
 		 253 aa  148  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.305194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0934  hypothetical protein  42.86 
 
 		 253 aa  148  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1782  PAS sensor protein  47.37 
 
 		 1125 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.522243 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  47.48 
 
 		 497 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4543  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain protein  40.48 
 
 		 607 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.38768  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2310  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  45.45 
 
 		 400 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.40578 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02131  GGDEF domain-containing PAS signal transduction protein  42.33 
 
 		 794 aa  146  4.0000000000000006e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15721  GAF domain-containing protein  43.65 
 
 		 249 aa  146  4.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2253  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  43.31 
 
 		 780 aa  146  5e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0812  Stage II sporulation E family protein  43.75 
 
 		 422 aa  145  7.0000000000000006e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10742  predicted protein  51.01 
 
 		 153 aa  145  7.0000000000000006e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.182467  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2343  putative GAF sensor protein  47.06 
 
 		 165 aa  145  1e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15571  GAF domain-containing protein  43.65 
 
 		 249 aa  145  1e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0414818  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2149  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.41 
 
 		 680 aa  144  2e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0961  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.78 
 
 		 465 aa  144  3e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 1428 aa  143  4e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04155  Putative signal protein with GAF,PAS(PAC) and GGDEF domains  41.61 
 
 		 874 aa  143  5e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.581833  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4221  EAL:GAF  40.93 
 
 		 607 aa  142  6e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.236568 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1643  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.1 
 
 		 506 aa  141  9.999999999999999e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.65001 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0621  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.22 
 
 		 1309 aa  141  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.288255 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.17 
 
 		 728 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0535292  normal  0.500981 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3728  diguanylate cyclase  29.31 
 
 		 341 aa  141  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.183496 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3776  hypothetical protein  34.38 
 
 		 347 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00306006 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2479  putative GAF sensor protein  43.67 
 
 		 363 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.301075  normal  0.376583 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3828  putative GAF sensor protein  44.37 
 
 		 226 aa  140  3.9999999999999997e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.673739 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3060  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  40.57 
 
 		 442 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.51 
 
 		 743 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  43.98 
 
 		 732 aa  137  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  48.55 
 
 		 514 aa  135  9e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4812  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.4 
 
 		 1423 aa  135  9e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4535  putative GAF sensor protein  46.85 
 
 		 251 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.91 
 
 		 1224 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1367  putative phytochrome sensor protein  47.8 
 
 		 607 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.829477  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.33 
 
 		 864 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08061  hypothetical protein  42.24 
 
 		 406 aa  134  1.9999999999999998e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_6032  predicted protein  51.72 
 
 		 146 aa  133  3e-30  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.394026  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>