More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2479 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2479  putative GAF sensor protein  100 
 
 		 363 aa  732    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.301075  normal  0.376583 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2985  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  50.31 
 
 		 321 aa  170  4e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.95 
 
 		 1550 aa  169  6e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  48.78 
 
 		 542 aa  167  2.9999999999999998e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0621  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.39 
 
 		 1309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.288255 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  47.65 
 
 		 401 aa  159  9e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2310  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  44.57 
 
 		 400 aa  155  1e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.40578 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 343 aa  153  5e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  48.34 
 
 		 321 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.75 
 
 		 319 aa  147  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.34 
 
 		 367 aa  147  3e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  44.59 
 
 		 327 aa  143  5e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  48.45 
 
 		 640 aa  142  8e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1643  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.38 
 
 		 506 aa  142  9e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.65001 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3672  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.74 
 
 		 681 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497248  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04155  Putative signal protein with GAF,PAS(PAC) and GGDEF domains  40.46 
 
 		 874 aa  141  1.9999999999999998e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.581833  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  43.67 
 
 		 320 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1229  diguanylate cyclase  48.28 
 
 		 356 aa  140  4.999999999999999e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586021  normal  0.0822929 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3096  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  47.83 
 
 		 595 aa  140  4.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0665544  normal  0.285122 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.72 
 
 		 1965 aa  139  7e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3263  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  45.45 
 
 		 669 aa  139  8.999999999999999e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  46.67 
 
 		 781 aa  138  1e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.42 
 
 		 323 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  41.18 
 
 		 316 aa  138  2e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 323 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.21 
 
 		 327 aa  137  4e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 323 aa  137  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.01 
 
 		 348 aa  136  5e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.88 
 
 		 318 aa  136  5e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.01 
 
 		 348 aa  136  5e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.51 
 
 		 326 aa  136  5e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3925  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.2 
 
 		 662 aa  136  6.0000000000000005e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.150145  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  47.45 
 
 		 497 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2479  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.72 
 
 		 531 aa  135  9.999999999999999e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.838154  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3825  GAF domain-containing protein  43.4 
 
 		 276 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0507581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.88 
 
 		 323 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.18 
 
 		 323 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.76 
 
 		 878 aa  134  3e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  40 
 
 		 323 aa  134  3e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1538  hypothetical protein  37.08 
 
 		 431 aa  134  3.9999999999999996e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3060  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  43.6 
 
 		 442 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3759  GGDEF domain-containing protein  42.67 
 
 		 324 aa  133  5e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2109  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.14 
 
 		 599 aa  133  5e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.161845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4134  transcriptional regulator, XRE family  43.04 
 
 		 267 aa  133  6e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08061  hypothetical protein  39.2 
 
 		 406 aa  132  6.999999999999999e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 323 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1446  hypothetical protein  37.08 
 
 		 441 aa  132  7.999999999999999e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2826  hypothetical protein  38.96 
 
 		 314 aa  132  7.999999999999999e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.44 
 
 		 743 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3195  sensor histidine kinase  43.6 
 
 		 438 aa  132  9e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.211172  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4251  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 		 603 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4543  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain protein  39.35 
 
 		 607 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.38768  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2209  GAF sensor signal transduction histidine kinase  47.55 
 
 		 399 aa  131  1.0000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4345  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  41.29 
 
 		 890 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4396  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  39.07 
 
 		 594 aa  130  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.898588 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02127  sensor histidine kinase  43.83 
 
 		 398 aa  130  4.0000000000000003e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.147572  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.91 
 
 		 323 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 		 624 aa  130  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.533876  normal  0.201744 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2149  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.55 
 
 		 680 aa  130  4.0000000000000003e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5220  putative GAF sensor protein  40.34 
 
 		 182 aa  129  6e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.583285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02131  GGDEF domain-containing PAS signal transduction protein  38.98 
 
 		 794 aa  129  9.000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0066  GGDEF domain-containing protein  39.89 
 
 		 743 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928161  normal  0.0154172 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  40 
 
 		 732 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1559  hypothetical protein  41.03 
 
 		 245 aa  129  1.0000000000000001e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  40.52 
 
 		 321 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.24 
 
 		 322 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15351  GAF domain-containing protein  37.57 
 
 		 238 aa  128  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.581628  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 1428 aa  127  3e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.34 
 
 		 1224 aa  127  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  37.64 
 
 		 341 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 325 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.18 
 
 		 326 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0522  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.04 
 
 		 1114 aa  124  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0961  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.88 
 
 		 465 aa  124  2e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2879  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.06 
 
 		 819 aa  124  2e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000152143 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.09 
 
 		 737 aa  124  2e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4812  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.39 
 
 		 1423 aa  124  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0318  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  41.06 
 
 		 601 aa  123  5e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.899318  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1267  signal transduction histidine kinase  42.58 
 
 		 500 aa  123  6e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  44.68 
 
 		 514 aa  122  7e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0792  hypothetical protein  40.25 
 
 		 240 aa  122  8e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.327217  normal  0.0268431 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1117  PAS sensor protein  42.58 
 
 		 500 aa  122  8e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6181  signal transduction histidine kinase  42.24 
 
 		 1191 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.299797 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.67 
 
 		 740 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.5 
 
 		 722 aa  122  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0428  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.13 
 
 		 943 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.94781  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3048  signal transduction histidine kinase  41.62 
 
 		 1001 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.143163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5539  signal transduction histidine kinase  40.69 
 
 		 677 aa  121  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 345 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1118  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.57 
 
 		 437 aa  120  3e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4221  EAL:GAF  37.42 
 
 		 607 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.236568 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4535  putative GAF sensor protein  39.13 
 
 		 251 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1130  signal transduction histidine kinase  42.68 
 
 		 1002 aa  119  6e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15721  GAF domain-containing protein  38.82 
 
 		 249 aa  119  7e-26  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1190  PAS sensor protein  42.68 
 
 		 1041 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0314947 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4368  signal transduction histidine kinase  42.21 
 
 		 934 aa  119  9e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.523014 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.71 
 
 		 345 aa  119  9e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1350  signal transduction histidine kinase  42.68 
 
 		 1016 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.597121 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0934  hypothetical protein  39.49 
 
 		 253 aa  118  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17911  GAF domain-containing protein  39.49 
 
 		 253 aa  118  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.305194  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>