More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_4177 on replicon NC_009430
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009430  Rsph17025_4177  hypothetical protein  100 
 
 		 344 aa  698    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.878015 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0966  diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 334 aa  259  6e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.54 
 
 		 326 aa  258  1e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  45.54 
 
 		 325 aa  258  1e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1974  diguanylate cyclase  42.72 
 
 		 336 aa  238  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.588528 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0329  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.72 
 
 		 336 aa  238  1e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.832493  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  40 
 
 		 343 aa  228  9e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 417 aa  225  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  39.12 
 
 		 417 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.43 
 
 		 348 aa  207  3e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.43 
 
 		 348 aa  207  3e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.44 
 
 		 367 aa  205  7e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.62 
 
 		 319 aa  204  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  34.91 
 
 		 323 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.03 
 
 		 323 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 323 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.71 
 
 		 323 aa  197  3e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 323 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2826  hypothetical protein  34.6 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.7 
 
 		 321 aa  194  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.35 
 
 		 323 aa  193  4e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.48 
 
 		 327 aa  193  4e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 321 aa  192  6e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.02 
 
 		 318 aa  192  7e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  34.74 
 
 		 323 aa  191  2e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  37.13 
 
 		 327 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.06 
 
 		 322 aa  189  5e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.15 
 
 		 326 aa  189  8e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3759  GGDEF domain-containing protein  33.66 
 
 		 324 aa  188  1e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  33.64 
 
 		 320 aa  188  1e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.58 
 
 		 323 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  33.76 
 
 		 316 aa  183  4.0000000000000006e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.12 
 
 		 325 aa  176  4e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1229  diguanylate cyclase  35.63 
 
 		 356 aa  175  8e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586021  normal  0.0822929 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3776  hypothetical protein  33.54 
 
 		 347 aa  172  5e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00306006 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  34.04 
 
 		 341 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.45 
 
 		 737 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 345 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  34.55 
 
 		 345 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.42 
 
 		 345 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3096  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  48.05 
 
 		 595 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0665544  normal  0.285122 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2011  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.15 
 
 		 321 aa  154  2.9999999999999998e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0323841  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2985  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  45.28 
 
 		 321 aa  154  2.9999999999999998e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.35 
 
 		 1550 aa  149  5e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2149  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.4 
 
 		 680 aa  149  6e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2220  diguanylate cyclase  33.55 
 
 		 362 aa  146  5e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  42.94 
 
 		 732 aa  142  7e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.47 
 
 		 722 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4113  diguanylate cyclase  33.67 
 
 		 349 aa  140  3e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0357706 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3672  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.39 
 
 		 681 aa  139  8.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497248  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2109  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.61 
 
 		 599 aa  138  2e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.161845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  41.83 
 
 		 401 aa  138  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2118  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.1 
 
 		 1125 aa  137  2e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.187673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3925  GAF sensor hybrid histidine kinase  44.08 
 
 		 662 aa  135  7.000000000000001e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.150145  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1877  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.81 
 
 		 722 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3728  diguanylate cyclase  32.72 
 
 		 341 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.183496 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1538  hypothetical protein  31.52 
 
 		 431 aa  134  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15351  GAF domain-containing protein  36.26 
 
 		 238 aa  134  3e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.581628  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0792  hypothetical protein  42.21 
 
 		 240 aa  134  3e-30  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.327217  normal  0.0268431 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.72 
 
 		 1965 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1782  PAS sensor protein  43.79 
 
 		 1125 aa  133  5e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.522243 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0621  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.88 
 
 		 1309 aa  133  6e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.288255 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1446  hypothetical protein  32.06 
 
 		 441 aa  131  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  45.95 
 
 		 514 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4134  transcriptional regulator, XRE family  43.87 
 
 		 267 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3825  GAF domain-containing protein  43.87 
 
 		 276 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0507581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0522  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.44 
 
 		 1114 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2479  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.11 
 
 		 531 aa  130  2.0000000000000002e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.838154  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.39 
 
 		 550 aa  131  2.0000000000000002e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4345  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  38.61 
 
 		 890 aa  130  3e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1466  GAF domain-containing protein  38.56 
 
 		 249 aa  130  3e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.105134  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2169  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.16 
 
 		 722 aa  130  3e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0648584  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  30.42 
 
 		 374 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0063  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.62 
 
 		 837 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5586  signal transduction histidine kinase  35.94 
 
 		 390 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1559  hypothetical protein  38.96 
 
 		 245 aa  129  5.0000000000000004e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0066  GGDEF domain-containing protein  44.81 
 
 		 743 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928161  normal  0.0154172 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2310  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  38.46 
 
 		 400 aa  130  5.0000000000000004e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.40578 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5599  signal transduction histidine kinase  36.45 
 
 		 389 aa  129  6e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15721  GAF domain-containing protein  38.31 
 
 		 249 aa  129  7.000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15571  GAF domain-containing protein  38.31 
 
 		 249 aa  129  8.000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0414818  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1643  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.13 
 
 		 506 aa  129  8.000000000000001e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.65001 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2059  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.68 
 
 		 718 aa  129  8.000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0475762  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2664  cyclic diguanylate phosphodiesterase/diguanylate cyclase  36.44 
 
 		 600 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0428  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.07 
 
 		 943 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.94781  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  40 
 
 		 542 aa  129  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2139  diguanylate cyclase  31.63 
 
 		 343 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4251  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.05 
 
 		 603 aa  126  5e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.51 
 
 		 743 aa  126  6e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.98 
 
 		 353 aa  125  8.000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  42 
 
 		 781 aa  125  9e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.86 
 
 		 728 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0535292  normal  0.500981 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7959  signal transduction histidine kinase  39.51 
 
 		 416 aa  125  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02131  GGDEF domain-containing PAS signal transduction protein  33.04 
 
 		 794 aa  125  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.17 
 
 		 740 aa  124  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3828  putative GAF sensor protein  41.29 
 
 		 226 aa  124  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.673739 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3195  sensor histidine kinase  41.38 
 
 		 438 aa  124  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.211172  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17911  GAF domain-containing protein  39.35 
 
 		 253 aa  122  6e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.305194  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4543  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain protein  31.6 
 
 		 607 aa  122  7e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.38768  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0934  hypothetical protein  39.35 
 
 		 253 aa  122  7e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>