More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_0288 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 514 aa  1039    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5219  signal transduction histidine kinase  33.13 
 
 		 512 aa  243  7.999999999999999e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.673975 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1267  signal transduction histidine kinase  32.99 
 
 		 500 aa  228  3e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1117  PAS sensor protein  32.99 
 
 		 500 aa  227  4e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2344  signal transduction histidine kinase  30.88 
 
 		 500 aa  202  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00211814  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0118  HWE histidine kinase  32.34 
 
 		 538 aa  182  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5198  putative PAS/PAC sensor protein  35.33 
 
 		 694 aa  169  1e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  58.7 
 
 		 878 aa  164  5.0000000000000005e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3672  multi-sensor signal transduction histidine kinase  51.2 
 
 		 681 aa  163  9e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497248  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3897  PAS sensor protein  36.81 
 
 		 930 aa  161  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240133 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4265  signal transduction histidine kinase  36.46 
 
 		 930 aa  161  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.588648  normal  0.462436 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  51.88 
 
 		 319 aa  161  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2149  multi-sensor hybrid histidine kinase  51.61 
 
 		 680 aa  162  2e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.66 
 
 		 722 aa  159  8e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  48.7 
 
 		 401 aa  159  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1118  GAF sensor signal transduction histidine kinase  42.67 
 
 		 437 aa  159  1e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  49.08 
 
 		 316 aa  159  2e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2169  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.35 
 
 		 722 aa  157  4e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0648584  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.16 
 
 		 321 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.21 
 
 		 740 aa  157  6e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0079  signal transduction histidine kinase  29.9 
 
 		 639 aa  155  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.464916 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  53.95 
 
 		 326 aa  155  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  53.69 
 
 		 323 aa  155  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  47.34 
 
 		 343 aa  154  2.9999999999999998e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.5 
 
 		 728 aa  154  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0535292  normal  0.500981 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  52.7 
 
 		 348 aa  153  5.9999999999999996e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  52.7 
 
 		 348 aa  153  5.9999999999999996e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  49.67 
 
 		 323 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  48.9 
 
 		 327 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  49.67 
 
 		 323 aa  153  8e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  49.67 
 
 		 323 aa  153  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  54.36 
 
 		 327 aa  152  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  52.74 
 
 		 321 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15351  GAF domain-containing protein  45.57 
 
 		 238 aa  151  2e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.581628  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  32.65 
 
 		 497 aa  152  2e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2985  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  45.51 
 
 		 321 aa  151  3e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  49.67 
 
 		 323 aa  151  3e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  48.05 
 
 		 318 aa  151  3e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1130  signal transduction histidine kinase  34.6 
 
 		 1002 aa  150  4e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3096  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  49.38 
 
 		 595 aa  150  4e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0665544  normal  0.285122 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1466  GAF domain-containing protein  52.27 
 
 		 249 aa  150  5e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.105134  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  37.88 
 
 		 732 aa  150  7e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.36 
 
 		 1550 aa  150  7e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1643  diguanylate cyclase with GAF sensor  49.68 
 
 		 506 aa  150  7e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.65001 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4932  signal transduction histidine kinase  31.03 
 
 		 907 aa  150  7e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.752686 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  48.72 
 
 		 542 aa  150  7e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  50.99 
 
 		 323 aa  149  9e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3759  GGDEF domain-containing protein  49.01 
 
 		 324 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1877  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.68 
 
 		 722 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15721  GAF domain-containing protein  44.65 
 
 		 249 aa  149  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15571  GAF domain-containing protein  44.65 
 
 		 249 aa  149  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0414818  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0965  signal transduction histidine kinase  32.27 
 
 		 850 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  49.67 
 
 		 323 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.06 
 
 		 1965 aa  147  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  51.35 
 
 		 624 aa  147  4.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.533876  normal  0.201744 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4368  signal transduction histidine kinase  39.04 
 
 		 934 aa  145  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.523014 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  48.34 
 
 		 323 aa  146  1e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2479  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.41 
 
 		 531 aa  145  2e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.838154  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5599  signal transduction histidine kinase  44.97 
 
 		 389 aa  145  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.73 
 
 		 1224 aa  144  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.15 
 
 		 640 aa  144  4e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1559  hypothetical protein  41.27 
 
 		 245 aa  143  9e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  48.34 
 
 		 322 aa  143  9e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.45 
 
 		 326 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0792  hypothetical protein  46.1 
 
 		 240 aa  142  9.999999999999999e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.327217  normal  0.0268431 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2059  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.04 
 
 		 718 aa  142  9.999999999999999e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0475762  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  44.71 
 
 		 341 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0932  signal transduction histidine kinase  30.7 
 
 		 759 aa  142  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0621  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.65 
 
 		 1309 aa  142  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.288255 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1881  PAS sensor protein  32.48 
 
 		 872 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  45.81 
 
 		 325 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4177  hypothetical protein  46.2 
 
 		 344 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.878015 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  47.65 
 
 		 320 aa  141  3e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0554  sensory box protein  28.91 
 
 		 463 aa  140  7e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0094  signal transduction histidine kinase  43.98 
 
 		 929 aa  140  7e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0588  sensory box protein  28.91 
 
 		 463 aa  140  7.999999999999999e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1677  signal transduction histidine kinase  32.56 
 
 		 840 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7959  signal transduction histidine kinase  44.05 
 
 		 416 aa  140  7.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3048  signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 1001 aa  139  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.143163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3825  GAF domain-containing protein  45.06 
 
 		 276 aa  139  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0507581  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5586  signal transduction histidine kinase  42.05 
 
 		 390 aa  138  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4134  transcriptional regulator, XRE family  45.06 
 
 		 267 aa  138  2e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6901  signal transduction histidine kinase  31.74 
 
 		 465 aa  138  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.82 
 
 		 345 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5584  signal transduction histidine kinase  31.85 
 
 		 586 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1538  hypothetical protein  39.01 
 
 		 431 aa  137  5e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4345  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  39.16 
 
 		 890 aa  137  5e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5316  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.45 
 
 		 1069 aa  137  5e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.72275  normal  0.481403 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1190  PAS sensor protein  32.51 
 
 		 1041 aa  137  5e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0314947 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3060  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  45.68 
 
 		 442 aa  137  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1350  signal transduction histidine kinase  32.82 
 
 		 1016 aa  136  7.000000000000001e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.597121 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3195  sensor histidine kinase  44.77 
 
 		 438 aa  136  8e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.211172  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0961  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.7 
 
 		 465 aa  136  8e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.31 
 
 		 743 aa  136  9e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4543  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain protein  41.51 
 
 		 607 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.38768  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1446  hypothetical protein  39.01 
 
 		 441 aa  135  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4396  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  40 
 
 		 594 aa  136  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.898588 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1213  signal transduction histidine kinase  34.05 
 
 		 603 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4317  sensor histidine kinase  30.77 
 
 		 499 aa  136  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3652  signal transduction histidine kinase  28.99 
 
 		 491 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>