More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3897 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_3897  PAS sensor protein  100 
 
 		 930 aa  1831    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240133 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4368  signal transduction histidine kinase  84.36 
 
 		 934 aa  1508    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.523014 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4265  signal transduction histidine kinase  99.03 
 
 		 930 aa  1814    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.588648  normal  0.462436 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1130  signal transduction histidine kinase  56.29 
 
 		 1002 aa  295  2e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1190  PAS sensor protein  56.87 
 
 		 1041 aa  294  6e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0314947 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1350  signal transduction histidine kinase  57.92 
 
 		 1016 aa  293  9e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.597121 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0172  signal transduction histidine kinase  53.82 
 
 		 897 aa  284  6.000000000000001e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5539  signal transduction histidine kinase  43.48 
 
 		 677 aa  280  8e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3048  signal transduction histidine kinase  54.18 
 
 		 1001 aa  274  5.000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.143163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1881  PAS sensor protein  52 
 
 		 872 aa  273  1e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5219  signal transduction histidine kinase  47.94 
 
 		 512 aa  267  8e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.673975 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1117  PAS sensor protein  44.34 
 
 		 500 aa  224  7e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0094  signal transduction histidine kinase  54.88 
 
 		 929 aa  222  3e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1267  signal transduction histidine kinase  44.01 
 
 		 500 aa  220  8.999999999999998e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.45 
 
 		 1224 aa  218  5e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0315  signal transduction histidine kinase  33.89 
 
 		 901 aa  213  9e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0118  HWE histidine kinase  36.81 
 
 		 538 aa  211  6e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2072  signal transduction histidine kinase  67.72 
 
 		 829 aa  210  1e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5220  putative GAF sensor protein  64.88 
 
 		 182 aa  204  7e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.583285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4345  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  31.42 
 
 		 890 aa  204  8e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6181  signal transduction histidine kinase  63.12 
 
 		 1191 aa  196  2e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.299797 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.91 
 
 		 864 aa  192  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4536  signal transduction histidine kinase  36.5 
 
 		 430 aa  189  3e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0932  signal transduction histidine kinase  44.74 
 
 		 759 aa  184  8.000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2563  signal transduction histidine kinase  43.57 
 
 		 409 aa  183  1e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1984  signal transduction histidine kinase  44.8 
 
 		 713 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.22 
 
 		 1057 aa  176  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2090  signal transduction histidine kinase  44.81 
 
 		 372 aa  174  7.999999999999999e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3416  signal transduction histidine kinase  47.39 
 
 		 413 aa  172  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.813211  normal  0.0120926 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0620  signal transduction histidine kinase  29.68 
 
 		 725 aa  173  2e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.01 
 
 		 1076 aa  172  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.715458 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4535  putative GAF sensor protein  49.51 
 
 		 251 aa  170  9e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  48.84 
 
 		 542 aa  170  1e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4812  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.54 
 
 		 1423 aa  168  4e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0965  signal transduction histidine kinase  42.56 
 
 		 850 aa  168  4e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.54 
 
 		 1785 aa  167  6.9999999999999995e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2022  PAS sensor protein  43.89 
 
 		 717 aa  166  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.620506 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2299  signal transduction histidine kinase  43.89 
 
 		 713 aa  166  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.924903  normal  0.101705 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4331  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.6 
 
 		 921 aa  166  2.0000000000000002e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.153837  normal  0.0586924 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4387  multi-sensor hybrid histidine kinase  55.29 
 
 		 946 aa  166  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02127  sensor histidine kinase  53.29 
 
 		 398 aa  166  3e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.147572  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.53 
 
 		 998 aa  164  7e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2007  putative PAS/PAC sensor protein  29.45 
 
 		 692 aa  164  7e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.259838  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5560  signal transduction histidine kinase  44.34 
 
 		 341 aa  164  7e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256684  normal  0.0162393 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2985  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  52.23 
 
 		 321 aa  164  9e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.73 
 
 		 1550 aa  163  1e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7959  signal transduction histidine kinase  48.31 
 
 		 416 aa  164  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1643  diguanylate cyclase with GAF sensor  49.68 
 
 		 506 aa  162  3e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.65001 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5599  signal transduction histidine kinase  48.88 
 
 		 389 aa  162  3e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  36.81 
 
 		 514 aa  161  4e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3974  signal transduction histidine kinase  38.7 
 
 		 635 aa  162  4e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0272817 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  36.25 
 
 		 497 aa  161  5e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5586  signal transduction histidine kinase  48.31 
 
 		 390 aa  160  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4311  signal transduction histidine kinase  40.32 
 
 		 365 aa  159  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.801495  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  36.98 
 
 		 827 aa  159  3e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  36.3 
 
 		 956 aa  159  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0621  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.86 
 
 		 1309 aa  158  4e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.288255 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1700  signal transduction histidine kinase  37.96 
 
 		 339 aa  157  7e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.193151  normal  0.0718068 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1241  signal transduction histidine kinase  31.5 
 
 		 631 aa  157  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0246477 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  50.97 
 
 		 401 aa  155  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6933  signal transduction histidine kinase  43.6 
 
 		 488 aa  156  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0223762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4215  signal transduction histidine kinase  30.19 
 
 		 582 aa  156  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0433147 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1677  signal transduction histidine kinase  41.59 
 
 		 840 aa  154  5e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5290  signal transduction histidine kinase  40.97 
 
 		 662 aa  154  7e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.249657 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0801  signal transduction histidine kinase  40.48 
 
 		 488 aa  153  1e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.185769  normal  0.110715 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3072  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.84 
 
 		 689 aa  153  1e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0145505 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5905  signal transduction histidine kinase  40.09 
 
 		 601 aa  153  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.584764  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4495  signal transduction histidine kinase  39.65 
 
 		 571 aa  152  3e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5262  signal transduction histidine kinase  38.52 
 
 		 338 aa  152  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.86 
 
 		 1965 aa  152  3e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0063  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.31 
 
 		 837 aa  152  4e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5584  signal transduction histidine kinase  40.47 
 
 		 586 aa  152  4e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1395  signal transduction histidine kinase  42.45 
 
 		 304 aa  151  5e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.695001  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5316  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.14 
 
 		 1069 aa  151  5e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.72275  normal  0.481403 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  31.15 
 
 		 1428 aa  151  6e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0615  signal transduction histidine kinase  40.29 
 
 		 258 aa  151  6e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3126  signal transduction histidine kinase  37.61 
 
 		 352 aa  150  7e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5922  signal transduction histidine kinase  38.57 
 
 		 346 aa  150  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3331  signal transduction histidine kinase  40 
 
 		 503 aa  150  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0934  hypothetical protein  50.97 
 
 		 253 aa  149  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17911  GAF domain-containing protein  50.97 
 
 		 253 aa  149  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.305194  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  46.02 
 
 		 343 aa  149  3e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0875  PAS sensor protein  38.57 
 
 		 488 aa  149  3e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.111744 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0835  signal transduction histidine kinase  38.57 
 
 		 488 aa  149  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2833  signal transduction histidine kinase  44.17 
 
 		 738 aa  148  5e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0471  signal transduction histidine kinase  45.67 
 
 		 349 aa  148  5e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1390  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.62 
 
 		 1977 aa  147  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1074  signal transduction histidine kinase  38.04 
 
 		 481 aa  147  9e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.255381  normal  0.984755 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0588  sensory box protein  36.82 
 
 		 463 aa  147  1e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0554  sensory box protein  36.82 
 
 		 463 aa  147  1e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0180  signal transduction histidine kinase  36.9 
 
 		 380 aa  147  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.012775  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0428  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.77 
 
 		 943 aa  146  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.94781  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.67 
 
 		 722 aa  146  2e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.9 
 
 		 367 aa  145  2e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3652  signal transduction histidine kinase  39.52 
 
 		 491 aa  146  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2814  putative sensor histidine kinase  39.55 
 
 		 505 aa  145  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.467962  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  31.51 
 
 		 1561 aa  145  3e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0364  PAS sensor protein  31.73 
 
 		 501 aa  144  7e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.140778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2344  signal transduction histidine kinase  40.93 
 
 		 500 aa  144  9e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00211814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3500  signal transduction histidine kinase  38.33 
 
 		 583 aa  144  9e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.319784  normal  0.0807687 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>