More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4535 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4535  putative GAF sensor protein  100 
 
 		 251 aa  509  1e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5219  signal transduction histidine kinase  69.01 
 
 		 512 aa  244  9.999999999999999e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.673975 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4387  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.67 
 
 		 946 aa  194  2e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0428  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.92 
 
 		 943 aa  192  6e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.94781  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7959  signal transduction histidine kinase  46.76 
 
 		 416 aa  189  5e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5599  signal transduction histidine kinase  47.06 
 
 		 389 aa  188  7e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4368  signal transduction histidine kinase  51.94 
 
 		 934 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.523014 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02127  sensor histidine kinase  58.18 
 
 		 398 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.147572  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5586  signal transduction histidine kinase  45.21 
 
 		 390 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1117  PAS sensor protein  47.24 
 
 		 500 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1267  signal transduction histidine kinase  46.73 
 
 		 500 aa  176  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  52.25 
 
 		 1224 aa  177  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3048  signal transduction histidine kinase  54.02 
 
 		 1001 aa  175  5e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.143163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1130  signal transduction histidine kinase  55.62 
 
 		 1002 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0094  signal transduction histidine kinase  48.77 
 
 		 929 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0172  signal transduction histidine kinase  54.29 
 
 		 897 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5539  signal transduction histidine kinase  50.28 
 
 		 677 aa  171  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  52.94 
 
 		 864 aa  170  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1190  PAS sensor protein  56.89 
 
 		 1041 aa  170  2e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0314947 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1350  signal transduction histidine kinase  55.69 
 
 		 1016 aa  167  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.597121 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2081  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.98 
 
 		 899 aa  165  5e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00980702 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3974  signal transduction histidine kinase  45.26 
 
 		 635 aa  165  8e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0272817 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4265  signal transduction histidine kinase  48.98 
 
 		 930 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.588648  normal  0.462436 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3897  PAS sensor protein  48.98 
 
 		 930 aa  162  7e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.240133 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2072  signal transduction histidine kinase  49.7 
 
 		 829 aa  156  3e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.18 
 
 		 743 aa  155  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0066  GGDEF domain-containing protein  42.51 
 
 		 743 aa  155  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928161  normal  0.0154172 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0118  HWE histidine kinase  39.83 
 
 		 538 aa  155  7e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1643  diguanylate cyclase with GAF sensor  50 
 
 		 506 aa  154  1e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.65001 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.3 
 
 		 722 aa  152  4e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  48.47 
 
 		 401 aa  152  5e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.08 
 
 		 1550 aa  152  7e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6181  signal transduction histidine kinase  47.93 
 
 		 1191 aa  151  8.999999999999999e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.299797 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4345  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  41.31 
 
 		 890 aa  150  2e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5220  putative GAF sensor protein  48.04 
 
 		 182 aa  150  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.583285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0063  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.8 
 
 		 837 aa  149  4e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3263  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  46.47 
 
 		 669 aa  148  8e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  44.33 
 
 		 343 aa  148  1.0000000000000001e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  50 
 
 		 728 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0535292  normal  0.500981 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.4 
 
 		 1965 aa  146  3e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  44.23 
 
 		 542 aa  145  9e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3672  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.71 
 
 		 681 aa  143  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497248  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2169  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.05 
 
 		 722 aa  142  5e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0648584  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1877  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.05 
 
 		 722 aa  142  5e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3060  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  47.46 
 
 		 442 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0934  hypothetical protein  41 
 
 		 253 aa  140  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17911  GAF domain-containing protein  41 
 
 		 253 aa  140  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.305194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0665  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.09 
 
 		 727 aa  139  3e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.545647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.44 
 
 		 878 aa  140  3e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0192  serine/threonine protein kinase  47.09 
 
 		 471 aa  139  4.999999999999999e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2985  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  46.15 
 
 		 321 aa  139  6e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1466  GAF domain-containing protein  40.12 
 
 		 249 aa  137  1e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.105134  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15351  GAF domain-containing protein  40.62 
 
 		 238 aa  137  2e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.581628  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08061  hypothetical protein  42.46 
 
 		 406 aa  136  3.0000000000000003e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  50.97 
 
 		 740 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.84 
 
 		 326 aa  135  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 325 aa  136  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.79 
 
 		 326 aa  135  5e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4251  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.29 
 
 		 603 aa  135  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  46.85 
 
 		 320 aa  135  8e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  48.7 
 
 		 319 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3925  GAF sensor hybrid histidine kinase  41.36 
 
 		 662 aa  134  1.9999999999999998e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.150145  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10742  predicted protein  47.02 
 
 		 153 aa  134  1.9999999999999998e-30  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.182467  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.89 
 
 		 348 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.93 
 
 		 323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.89 
 
 		 348 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3195  sensor histidine kinase  42.42 
 
 		 438 aa  133  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.211172  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2479  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.72 
 
 		 531 aa  133  3e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.838154  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  42.94 
 
 		 316 aa  133  3e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15721  GAF domain-containing protein  38.37 
 
 		 249 aa  133  3e-30  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2059  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.74 
 
 		 718 aa  132  3.9999999999999996e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0475762  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15571  GAF domain-containing protein  38.37 
 
 		 249 aa  132  3.9999999999999996e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0414818  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0961  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.77 
 
 		 465 aa  131  9e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1559  hypothetical protein  42.31 
 
 		 245 aa  131  1.0000000000000001e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  43.83 
 
 		 327 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3004  Signal transduction histidine kinase  42.31 
 
 		 941 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04155  Putative signal protein with GAF,PAS(PAC) and GGDEF domains  45.68 
 
 		 874 aa  130  2.0000000000000002e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.581833  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.84 
 
 		 624 aa  129  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.533876  normal  0.201744 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 321 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2109  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.84 
 
 		 599 aa  129  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.161845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.86 
 
 		 367 aa  129  6e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  43.04 
 
 		 514 aa  129  6e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2149  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.1 
 
 		 680 aa  129  6e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  47.69 
 
 		 497 aa  129  6e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4543  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain protein  34.58 
 
 		 607 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.38768  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04157  histidine kinase-response regulator hybrid protein  45 
 
 		 306 aa  127  1.0000000000000001e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.851557  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1229  diguanylate cyclase  44.92 
 
 		 356 aa  127  1.0000000000000001e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586021  normal  0.0822929 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.41 
 
 		 321 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0792  hypothetical protein  39.55 
 
 		 240 aa  127  2.0000000000000002e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.327217  normal  0.0268431 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2310  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  40.76 
 
 		 400 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.40578 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1446  hypothetical protein  38.32 
 
 		 441 aa  126  3e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0522  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.87 
 
 		 1114 aa  127  3e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5198  putative PAS/PAC sensor protein  39.67 
 
 		 694 aa  126  4.0000000000000003e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  38.92 
 
 		 732 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0812  Stage II sporulation E family protein  41.61 
 
 		 422 aa  125  8.000000000000001e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.91 
 
 		 345 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.08 
 
 		 327 aa  124  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3825  GAF domain-containing protein  39.77 
 
 		 276 aa  124  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0507581  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3828  putative GAF sensor protein  42.31 
 
 		 226 aa  122  4e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.673739 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1538  hypothetical protein  37.65 
 
 		 431 aa  122  5e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>