More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_0364 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_0364  PAS sensor protein  100 
 
 
501 aa  1036    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.140778  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0990  putative PAS/PAC sensor protein  46.86 
 
 
758 aa  315  1.9999999999999998e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.91831  normal  0.661776 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4841  putative PAS/PAC sensor protein  38.21 
 
 
470 aa  233  8.000000000000001e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00593007  hitchhiker  0.000311175 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3911  PAS sensor protein  48.17 
 
 
206 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.504208 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2995  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.93 
 
 
1002 aa  190  4e-47  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.175208  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3258  sensory box protein  35.33 
 
 
1206 aa  177  3e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1130  signal transduction histidine kinase  35.98 
 
 
1002 aa  164  3e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039296  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0172  signal transduction histidine kinase  28.71 
 
 
897 aa  162  1e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1350  signal transduction histidine kinase  34.59 
 
 
1016 aa  160  4e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.597121 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1190  PAS sensor protein  34.21 
 
 
1041 aa  159  1e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0314947 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3048  signal transduction histidine kinase  34.59 
 
 
1001 aa  157  4e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.143163  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1881  PAS sensor protein  32.39 
 
 
872 aa  155  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1400  PAS sensor signal transduction histidine kinase  27.56 
 
 
938 aa  152  1e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.16 
 
 
569 aa  150  5e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6181  signal transduction histidine kinase  30.21 
 
 
1191 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.299797 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3447  hypothetical protein  31.07 
 
 
1210 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00320271  normal  0.0786508 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2759  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.71 
 
 
785 aa  147  6e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3897  PAS sensor protein  31.73 
 
 
930 aa  145  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.240133 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4265  signal transduction histidine kinase  31.73 
 
 
930 aa  145  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.588648  normal  0.462436 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0097  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.9 
 
 
1224 aa  141  3e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.105547 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4368  signal transduction histidine kinase  26.74 
 
 
934 aa  139  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.523014 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2552  sensory transduction histidine kinase  28.38 
 
 
819 aa  137  5e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.348232  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.49 
 
 
1354 aa  136  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0094  signal transduction histidine kinase  25 
 
 
929 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4812  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.33 
 
 
1423 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330918  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2434  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.85 
 
 
662 aa  134  5e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  28.33 
 
 
1561 aa  133  6e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.61 
 
 
1785 aa  133  7.999999999999999e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2811  PAS  30.95 
 
 
1023 aa  127  5e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0211559  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  31.94 
 
 
1428 aa  126  7e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1983  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.83 
 
 
1353 aa  125  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.103002  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1357  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.8 
 
 
1807 aa  124  6e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.869779  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2815  sensory box histidine kinase  27.74 
 
 
749 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1740  GGDEF domain-containing protein  35.07 
 
 
763 aa  121  3e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0039101  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3236  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.43 
 
 
725 aa  120  6e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.142395 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1005  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  26.25 
 
 
646 aa  117  3e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.442988  decreased coverage  0.0000217029 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.04 
 
 
998 aa  118  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.2 
 
 
799 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.190357  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2389  hypothetical protein  29.92 
 
 
741 aa  117  6e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  29.07 
 
 
2693 aa  116  8.999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0942  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.6 
 
 
1009 aa  116  1.0000000000000001e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.808539  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.44 
 
 
1273 aa  116  1.0000000000000001e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2359  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.14 
 
 
767 aa  116  1.0000000000000001e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1417  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.9 
 
 
1055 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0587691  normal  0.569805 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1913  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.67 
 
 
1118 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1237  chemotaxis response regulator (methyltransferase)  27.44 
 
 
1618 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3072  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.25 
 
 
689 aa  115  2.0000000000000002e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0145505 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.97 
 
 
1238 aa  114  3e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1424  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.44 
 
 
1050 aa  114  5e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.4662  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2296  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.41 
 
 
749 aa  114  6e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00930711  normal  0.870348 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2284  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.41 
 
 
749 aa  113  6e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4570  hypothetical protein  41.41 
 
 
749 aa  113  6e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0064  Signal transduction histidine kinase  27.65 
 
 
1714 aa  113  7.000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.274411 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2042  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.41 
 
 
749 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.51 
 
 
892 aa  113  8.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.577778 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1798  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.65 
 
 
1501 aa  113  9e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.79 
 
 
752 aa  113  9e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.245361  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2213  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.93 
 
 
742 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0024682 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0198  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.62 
 
 
1344 aa  113  1.0000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.592297 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0015  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.8 
 
 
847 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2089  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.62 
 
 
749 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0495  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.46 
 
 
907 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.128556 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0508  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.46 
 
 
917 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0729931 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3335  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.07 
 
 
942 aa  111  3e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2130  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.27 
 
 
752 aa  111  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0061806  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1792  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.84 
 
 
751 aa  111  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.016271  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0235  GAF/GGDEF domain-containing protein  33.13 
 
 
391 aa  110  6e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0328746  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0215  GAF/GGDEF domain-containing protein  33.13 
 
 
391 aa  110  6e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  34.76 
 
 
956 aa  109  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1419  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.55 
 
 
831 aa  109  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1791  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.1 
 
 
757 aa  109  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0171198  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3319  sensory box protein  25.57 
 
 
733 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0669106 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2003  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.11 
 
 
1109 aa  108  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4138  signal transduction histidine kinase  33.5 
 
 
1051 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.35585 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.85 
 
 
749 aa  108  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2206  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.19 
 
 
752 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0281501  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  26.8 
 
 
3706 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.37 
 
 
947 aa  108  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.059115  hitchhiker  0.000153402 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3445  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.47 
 
 
1094 aa  108  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0187  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.29 
 
 
469 aa  108  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02131  GGDEF domain-containing PAS signal transduction protein  38.1 
 
 
794 aa  108  3e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4654  sensory box protein  33.75 
 
 
762 aa  107  4e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.787491  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1700  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  37.04 
 
 
767 aa  107  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2292  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.29 
 
 
793 aa  107  6e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2246  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.06 
 
 
1084 aa  107  6e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.692403 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0796  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.75 
 
 
765 aa  106  9e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.341606 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2216  sensory box protein  37.16 
 
 
752 aa  106  9e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4325  Signal transduction histidine kinase  26.84 
 
 
1654 aa  106  9e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2023  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.75 
 
 
1021 aa  106  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0168563  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1295  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.4 
 
 
1223 aa  105  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0981526  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0052  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.05 
 
 
1054 aa  105  3e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6273  GGDEF family protein  32.51 
 
 
629 aa  104  3e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5381  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  28.79 
 
 
604 aa  104  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.788293 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0386  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.38 
 
 
1342 aa  103  7e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0238  multi-component transcriptional regulator  25.9 
 
 
1629 aa  103  7e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25 
 
 
1221 aa  103  7e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1795  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.09 
 
 
1330 aa  103  7e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.173382  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.29 
 
 
1148 aa  103  8e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3913  PAS sensor protein  26.77 
 
 
1337 aa  103  8e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.290527  normal  0.28306 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  39.34 
 
 
827 aa  103  9e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>