More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_2420 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009832  Spro_2420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 
624 aa  1288    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.533876  normal  0.201744 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  33.92 
 
 
604 aa  355  1e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00702406  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2107  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.33 
 
 
617 aa  333  8e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00105125  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04155  Putative signal protein with GAF,PAS(PAC) and GGDEF domains  37.25 
 
 
874 aa  266  8.999999999999999e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.581833  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6905  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.43 
 
 
635 aa  234  4.0000000000000004e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2307  mase1 domain family  30.98 
 
 
998 aa  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2406  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.59 
 
 
1301 aa  188  3e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2114  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.31 
 
 
569 aa  187  4e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.955657 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02522  putative diguanylate cyclase/phosphodiesterase (GGDEF & EAL domains) with PAS/PAC sensor(s) and Response Regulator  30.52 
 
 
427 aa  187  6e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2351  mase1 domain family protein  30.77 
 
 
998 aa  187  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.659224  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2251  PAS domain protein  30.56 
 
 
998 aa  186  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2358  mase1 domain family  30.56 
 
 
998 aa  185  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.922212 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3905  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.5 
 
 
893 aa  182  1e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.801054  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3792  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.5 
 
 
893 aa  182  1e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.226695 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6160  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.13 
 
 
1007 aa  181  4e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  31.77 
 
 
1047 aa  181  4.999999999999999e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.152528  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2088  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  31.56 
 
 
1047 aa  180  5.999999999999999e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.603793  normal  0.591711 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4251  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.12 
 
 
603 aa  179  2e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  51.85 
 
 
320 aa  178  3e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3672  multi-sensor signal transduction histidine kinase  56.6 
 
 
681 aa  177  6e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497248  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  51.14 
 
 
321 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2409  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.66 
 
 
729 aa  174  3.9999999999999995e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.798311  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2109  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.19 
 
 
599 aa  174  5e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.161845  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5751  diguanylate cyclase  38.64 
 
 
662 aa  174  5e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0716  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.43 
 
 
801 aa  173  6.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.317239  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  51.85 
 
 
316 aa  173  1e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  52.47 
 
 
326 aa  172  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  51.23 
 
 
319 aa  171  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  50.93 
 
 
323 aa  171  5e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  50.93 
 
 
323 aa  170  6e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  50.93 
 
 
323 aa  170  6e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  52.53 
 
 
327 aa  170  6e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5521  PAS:GGDEF  36.1 
 
 
663 aa  170  7e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  50 
 
 
323 aa  170  8e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  34.38 
 
 
497 aa  169  1e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2149  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.97 
 
 
680 aa  169  1e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  36.6 
 
 
1428 aa  169  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.5 
 
 
318 aa  166  9e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01984  hypothetical protein  38.54 
 
 
898 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.931378  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4812  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.88 
 
 
1423 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330918  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  48.77 
 
 
321 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1967  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.29 
 
 
1026 aa  162  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4387  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.03 
 
 
946 aa  162  1e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  48.73 
 
 
323 aa  162  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.98 
 
 
878 aa  162  1e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2209  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.72 
 
 
844 aa  160  5e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  48.21 
 
 
348 aa  160  8e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  48.21 
 
 
348 aa  160  8e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3759  GGDEF domain-containing protein  47.83 
 
 
324 aa  159  1e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.1 
 
 
323 aa  158  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  51.92 
 
 
327 aa  159  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2227  diguanylate cyclase  33.81 
 
 
662 aa  159  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.327123  normal  0.115705 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2203  PAS:GGDEF  34.11 
 
 
673 aa  158  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.239318  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.73 
 
 
323 aa  155  1e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.34 
 
 
322 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1709  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.22 
 
 
1109 aa  154  4e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0904197  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3263  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  51.02 
 
 
669 aa  154  5.9999999999999996e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  46.34 
 
 
323 aa  154  5.9999999999999996e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1229  diguanylate cyclase  42.38 
 
 
356 aa  153  1e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586021  normal  0.0822929 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.45 
 
 
1550 aa  153  1e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  49.02 
 
 
542 aa  153  1e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.18 
 
 
769 aa  152  1e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2470  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.08 
 
 
719 aa  152  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000357603 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6017  PAS:GGDEF  33.33 
 
 
671 aa  151  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.75 
 
 
345 aa  150  5e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.57 
 
 
728 aa  150  6e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0535292  normal  0.500981 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2826  hypothetical protein  42.24 
 
 
314 aa  150  7e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2510  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.17 
 
 
640 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.33 
 
 
820 aa  149  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  56.15 
 
 
1333 aa  149  2.0000000000000003e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000202305 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1643  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.13 
 
 
506 aa  147  4.0000000000000006e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.65001 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.92 
 
 
461 aa  147  5e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1930  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.9 
 
 
735 aa  146  1e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.737816 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4543  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain protein  39.5 
 
 
607 aa  145  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.38768  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.4 
 
 
1262 aa  145  2e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3120  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.25 
 
 
557 aa  145  3e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.501715  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.33 
 
 
722 aa  144  4e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02131  GGDEF domain-containing PAS signal transduction protein  43.56 
 
 
794 aa  144  4e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2846  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  28.41 
 
 
1043 aa  144  5e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.698632  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2985  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  46.75 
 
 
321 aa  144  5e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369432  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0375  hypothetical protein  33.44 
 
 
972 aa  144  6e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0361  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.73 
 
 
1254 aa  144  6e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3395  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.42 
 
 
1169 aa  144  6e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.856791  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2631  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.58 
 
 
467 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00523199  hitchhiker  0.0000140332 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0428  multi-sensor hybrid histidine kinase  26 
 
 
943 aa  143  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.94781  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0621  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.08 
 
 
1309 aa  142  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.288255 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5198  putative PAS/PAC sensor protein  36.16 
 
 
694 aa  142  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5219  signal transduction histidine kinase  32.83 
 
 
512 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.673975 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4442  multi-sensor signal transduction histidine kinase  49.34 
 
 
1267 aa  142  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0211  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.61 
 
 
1076 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0293553 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0066  GGDEF domain-containing protein  42.14 
 
 
743 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928161  normal  0.0154172 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  53.33 
 
 
514 aa  140  4.999999999999999e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  39.88 
 
 
341 aa  140  7e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  27.03 
 
 
960 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3096  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  47.59 
 
 
595 aa  139  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0665544  normal  0.285122 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3727  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.58 
 
 
748 aa  140  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10742  predicted protein  49.67 
 
 
153 aa  139  2e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.182467  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  50.38 
 
 
401 aa  138  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  41.11 
 
 
781 aa  139  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2071  hypothetical protein  51.88 
 
 
512 aa  137  4e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>