More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_4113 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_4113  diguanylate cyclase  100 
 
 		 349 aa  682    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0357706 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  36.89 
 
 		 343 aa  160  3e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 417 aa  160  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.87 
 
 		 348 aa  159  8e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.87 
 
 		 348 aa  159  8e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  34.17 
 
 		 417 aa  152  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 325 aa  150  5e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.39 
 
 		 326 aa  149  7e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2826  hypothetical protein  28.15 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.41 
 
 		 323 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.97 
 
 		 325 aa  138  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  30.17 
 
 		 320 aa  137  2e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  30.55 
 
 		 323 aa  136  5e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  30.23 
 
 		 316 aa  135  9.999999999999999e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.57 
 
 		 322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.45 
 
 		 737 aa  134  3e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.1 
 
 		 323 aa  134  3e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  30.97 
 
 		 327 aa  133  5e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.66 
 
 		 321 aa  133  5e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4177  hypothetical protein  33.67 
 
 		 344 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.878015 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3991  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41.25 
 
 		 441 aa  130  3e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3759  GGDEF domain-containing protein  29.24 
 
 		 324 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4084  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41.25 
 
 		 441 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.59 
 
 		 319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1229  diguanylate cyclase  33.75 
 
 		 356 aa  128  2.0000000000000002e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586021  normal  0.0822929 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  47.56 
 
 		 464 aa  127  3e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.33 
 
 		 318 aa  127  3e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.97 
 
 		 345 aa  126  6e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0265  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 456 aa  126  7e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  29.39 
 
 		 323 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.32 
 
 		 323 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  28.32 
 
 		 323 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3776  hypothetical protein  33.44 
 
 		 347 aa  123  4e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00306006 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0451  anti-sigma-factor antagonist  38.67 
 
 		 312 aa  123  5e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 336 aa  122  6e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.77 
 
 		 367 aa  123  6e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  31.7 
 
 		 353 aa  122  7e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  44.72 
 
 		 354 aa  122  7e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 360 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 917 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.67 
 
 		 326 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.29 
 
 		 407 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  41.83 
 
 		 373 aa  121  1.9999999999999998e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.67 
 
 		 313 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.27 
 
 		 309 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  28.03 
 
 		 323 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2534  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.84 
 
 		 421 aa  120  3e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.657544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0280  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.22 
 
 		 314 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0265413 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  42.51 
 
 		 588 aa  120  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2371  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.22 
 
 		 1171 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.516834  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 660 aa  119  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 381 aa  119  6e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.67 
 
 		 312 aa  119  6e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.67 
 
 		 313 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.67 
 
 		 313 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 660 aa  119  7e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  43.21 
 
 		 311 aa  119  7e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  45.73 
 
 		 637 aa  119  7.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.83 
 
 		 312 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  32.19 
 
 		 341 aa  119  9e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 369 aa  118  9.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 753 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.47 
 
 		 327 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.92 
 
 		 353 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  33.98 
 
 		 387 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 355 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3851  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 380 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.344739 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.48 
 
 		 324 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.38 
 
 		 323 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.88 
 
 		 315 aa  117  3e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  47.88 
 
 		 532 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.35 
 
 		 585 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1753  sensor histidine kinase  38.89 
 
 		 364 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.405521 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  27.83 
 
 		 321 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  34.94 
 
 		 312 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  35.34 
 
 		 1637 aa  117  3.9999999999999997e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.67 
 
 		 564 aa  117  3.9999999999999997e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  30.97 
 
 		 345 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.2 
 
 		 301 aa  116  5e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  30.97 
 
 		 345 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.26 
 
 		 519 aa  116  6e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3341  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.62 
 
 		 326 aa  116  6e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.326656 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  30.43 
 
 		 374 aa  116  6e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  38.34 
 
 		 381 aa  116  6.9999999999999995e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4714  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  37.33 
 
 		 684 aa  116  6.9999999999999995e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.83 
 
 		 312 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  32.31 
 
 		 443 aa  116  6.9999999999999995e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 437 aa  116  6.9999999999999995e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  40.86 
 
 		 569 aa  116  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  35.55 
 
 		 327 aa  115  7.999999999999999e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.5 
 
 		 751 aa  115  8.999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  40.91 
 
 		 671 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  34.13 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.1 
 
 		 794 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0634  response regulator  31.89 
 
 		 470 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00145352  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  38.42 
 
 		 346 aa  115  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 621 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  42.16 
 
 		 565 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  38.62 
 
 		 458 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  41.83 
 
 		 603 aa  114  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>