More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A3776 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A3776  hypothetical protein  100 
 
 		 347 aa  692    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00306006 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  43.67 
 
 		 343 aa  245  9e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.71 
 
 		 367 aa  227  3e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.33 
 
 		 325 aa  204  2e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  32.75 
 
 		 417 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.92 
 
 		 348 aa  176  7e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.92 
 
 		 348 aa  176  7e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.38 
 
 		 326 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 325 aa  170  3e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0329  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.93 
 
 		 336 aa  166  4e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.832493  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1974  diguanylate cyclase  35.93 
 
 		 336 aa  166  4e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.588528 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1229  diguanylate cyclase  32.85 
 
 		 356 aa  166  5e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586021  normal  0.0822929 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4177  hypothetical protein  33.54 
 
 		 344 aa  166  5e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.878015 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1643  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.63 
 
 		 506 aa  165  1.0000000000000001e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.65001 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0966  diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 334 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  34.3 
 
 		 417 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  34.64 
 
 		 341 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.93 
 
 		 323 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.03 
 
 		 345 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.16 
 
 		 319 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  33.92 
 
 		 345 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  33.92 
 
 		 345 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.61 
 
 		 737 aa  150  4e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.69 
 
 		 327 aa  149  7e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.07 
 
 		 322 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.07 
 
 		 323 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  33.65 
 
 		 323 aa  146  5e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 323 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.65 
 
 		 323 aa  145  9e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2826  hypothetical protein  30.17 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.96 
 
 		 323 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  37.2 
 
 		 327 aa  144  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  34.93 
 
 		 323 aa  144  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  44.44 
 
 		 542 aa  142  7e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.73 
 
 		 1550 aa  142  9.999999999999999e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  34.38 
 
 		 320 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  34.32 
 
 		 316 aa  140  3e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.46 
 
 		 321 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2310  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  42.33 
 
 		 400 aa  139  6e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.40578 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  32.52 
 
 		 321 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.42 
 
 		 326 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  35.82 
 
 		 323 aa  137  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3759  GGDEF domain-containing protein  32.92 
 
 		 324 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  44.24 
 
 		 401 aa  132  6.999999999999999e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1130  signal transduction histidine kinase  48.17 
 
 		 1002 aa  132  9e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02127  sensor histidine kinase  46.2 
 
 		 398 aa  130  3e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.147572  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3828  putative GAF sensor protein  40.24 
 
 		 226 aa  130  4.0000000000000003e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.673739 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2985  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  44.16 
 
 		 321 aa  130  4.0000000000000003e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2072  signal transduction histidine kinase  42.6 
 
 		 829 aa  129  6e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2220  diguanylate cyclase  28.21 
 
 		 362 aa  129  6e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  35.32 
 
 		 374 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15351  GAF domain-containing protein  36.98 
 
 		 238 aa  128  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.581628  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  42.61 
 
 		 311 aa  127  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 339 aa  127  3e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4387  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.17 
 
 		 946 aa  127  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2011  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.12 
 
 		 321 aa  126  4.0000000000000003e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0323841  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 312 aa  126  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.85 
 
 		 351 aa  125  7e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15571  GAF domain-containing protein  34.87 
 
 		 249 aa  125  1e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0414818  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0063  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.95 
 
 		 837 aa  125  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.13 
 
 		 312 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2479  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.58 
 
 		 531 aa  125  1e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.838154  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1466  GAF domain-containing protein  35.38 
 
 		 249 aa  124  2e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.105134  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 322 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 322 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0961  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.39 
 
 		 465 aa  124  3e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.75 
 
 		 318 aa  124  3e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15721  GAF domain-containing protein  34.87 
 
 		 249 aa  123  4e-27  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 308 aa  122  6e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 308 aa  122  6e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 311 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 311 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  42.61 
 
 		 311 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 311 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 311 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  42.61 
 
 		 311 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 311 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4368  signal transduction histidine kinase  46.88 
 
 		 934 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.523014 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.88 
 
 		 642 aa  121  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.29 
 
 		 312 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0167  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.65 
 
 		 320 aa  121  1.9999999999999998e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.354796  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.14 
 
 		 324 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17911  GAF domain-containing protein  35 
 
 		 253 aa  120  3e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.305194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0934  hypothetical protein  35 
 
 		 253 aa  120  3e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 680 aa  120  3e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 631 aa  120  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  39.31 
 
 		 451 aa  119  4.9999999999999996e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  34.91 
 
 		 659 aa  120  4.9999999999999996e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0621  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.03 
 
 		 1309 aa  119  6e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.288255 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.57 
 
 		 326 aa  119  6e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  42.95 
 
 		 764 aa  119  7e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0094  signal transduction histidine kinase  43.11 
 
 		 929 aa  119  7e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  42.95 
 
 		 764 aa  119  7e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.8 
 
 		 550 aa  119  9e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  41.29 
 
 		 464 aa  119  9e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4113  diguanylate cyclase  33.57 
 
 		 349 aa  119  9.999999999999999e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0357706 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  42.95 
 
 		 764 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 736 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3728  diguanylate cyclase  29.35 
 
 		 341 aa  118  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.183496 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 583 aa  119  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>