More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_0167 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_0167  diguanylate cyclase with GAF sensor  100 
 
 		 320 aa  632  1e-180  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.354796  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3728  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 341 aa  149  5e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.183496 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  32.67 
 
 		 345 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 345 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.63 
 
 		 325 aa  137  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  31.5 
 
 		 343 aa  136  4e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.43 
 
 		 326 aa  136  5e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.89 
 
 		 345 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  31.43 
 
 		 325 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  31.7 
 
 		 341 aa  134  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2220  diguanylate cyclase  32.36 
 
 		 362 aa  132  7.999999999999999e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.85 
 
 		 322 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.67 
 
 		 323 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  29.87 
 
 		 327 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.75 
 
 		 323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.94 
 
 		 321 aa  125  6e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1229  diguanylate cyclase  30.79 
 
 		 356 aa  125  6e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586021  normal  0.0822929 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  28.75 
 
 		 323 aa  126  6e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.38 
 
 		 737 aa  125  9e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.51 
 
 		 327 aa  125  9e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.06 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.7 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  29.06 
 
 		 323 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  29.06 
 
 		 323 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  31.31 
 
 		 417 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  28.39 
 
 		 316 aa  124  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3759  GGDEF domain-containing protein  29.32 
 
 		 324 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  28.44 
 
 		 323 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.23 
 
 		 367 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3776  hypothetical protein  32.65 
 
 		 347 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00306006 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  32.07 
 
 		 417 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2826  hypothetical protein  25.47 
 
 		 314 aa  119  7e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  28.39 
 
 		 320 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.45 
 
 		 319 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4113  diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 349 aa  117  3e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0357706 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4177  hypothetical protein  28.43 
 
 		 344 aa  117  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.878015 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.31 
 
 		 326 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0574  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.53 
 
 		 772 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122166  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0329  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.39 
 
 		 336 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.832493  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1974  diguanylate cyclase  31.39 
 
 		 336 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.588528 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3547  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 314 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.928319  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.05 
 
 		 348 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.05 
 
 		 348 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0966  diguanylate cyclase  30.84 
 
 		 334 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4550  diguanylate cyclase  30.18 
 
 		 496 aa  106  6e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 384 aa  106  6e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2024  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30 
 
 		 665 aa  105  9e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  35.15 
 
 		 508 aa  105  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.58 
 
 		 800 aa  105  1e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1659  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.65 
 
 		 342 aa  105  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  35.23 
 
 		 614 aa  104  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0773  diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 323 aa  104  2e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0397  diguanylate cyclase  36.75 
 
 		 555 aa  103  3e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.18 
 
 		 826 aa  103  4e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0536  diguanylate cyclase  30.33 
 
 		 369 aa  103  5e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.190341  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 642 aa  102  8e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  32.6 
 
 		 340 aa  102  8e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  26.96 
 
 		 321 aa  102  8e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0197  diguanylate cyclase  35.12 
 
 		 507 aa  102  9e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2171  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  39.41 
 
 		 730 aa  101  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4534  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 423 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0836312  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0817  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 560 aa  102  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1993  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.38 
 
 		 1034 aa  101  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.717773  normal  0.933886 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.08 
 
 		 318 aa  101  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1592  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.59 
 
 		 823 aa  101  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000214692  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4670  GGDEF domain-containing protein  40.12 
 
 		 423 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.406009 
 
 
-
 
NC_003296  RS00808  hypothetical protein  37.13 
 
 		 578 aa  101  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0304  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.6 
 
 		 806 aa  101  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.318704  normal  0.0663849 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  37.68 
 
 		 565 aa  100  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2469  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 351 aa  101  2e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7031  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.14 
 
 		 1327 aa  101  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.153977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0408  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.84 
 
 		 862 aa  101  2e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01262  modulator of Rnase II stability  38.92 
 
 		 661 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.56782  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2018  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  33.18 
 
 		 384 aa  100  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000229251  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1398  RNase II stability modulator  38.92 
 
 		 661 aa  100  3e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000044388  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01273  hypothetical protein  38.92 
 
 		 661 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.475584  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0645  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 330 aa  100  3e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.669847  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3334  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 321 aa  100  3e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.798372  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.31 
 
 		 778 aa  100  3e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.479414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2340  RNase II stability modulator  38.92 
 
 		 661 aa  100  3e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000293911 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0076  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.88 
 
 		 898 aa  100  3e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.695831  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1397  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  33.18 
 
 		 341 aa  100  4e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.210623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1842  RNase II stability modulator  38.92 
 
 		 661 aa  100  4e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0112439  hitchhiker  0.00000000000000244061 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2518  GAF domain/diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  33.18 
 
 		 384 aa  100  4e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1880  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  33.18 
 
 		 384 aa  100  4e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1849  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.18 
 
 		 341 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4668  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 423 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.665798  normal  0.140275 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.04 
 
 		 781 aa  100  5e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1447  RNase II stability modulator  39.02 
 
 		 663 aa  99.8  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00630627  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1839  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.18 
 
 		 341 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.730013  normal  0.326474 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2786  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.79 
 
 		 828 aa  99.8  6e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.532868  normal  0.92327 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0732  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.35 
 
 		 446 aa  99.8  6e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.93 
 
 		 652 aa  99.4  7e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.864277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4752  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.93 
 
 		 652 aa  99.4  7e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.724915 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.6 
 
 		 830 aa  98.6  1e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1981  PAS:GGDEF  36.09 
 
 		 730 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0548345 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3445  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.41 
 
 		 1094 aa  99  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2186  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 604 aa  99  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.419483  normal  0.336027 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1517  RNase II stability modulator  38.32 
 
 		 661 aa  98.2  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.677881  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1779  diguanylate cyclase  31.37 
 
 		 215 aa  99  1e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000143574  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>