More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_0773 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_0773  diguanylate cyclase  100 
 
 		 323 aa  647    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0536  diguanylate cyclase  32.27 
 
 		 369 aa  158  1e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.190341  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0645  diguanylate cyclase  33.1 
 
 		 330 aa  157  3e-37  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.669847  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 601 aa  119  7e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3408  GGDEF family protein  37.5 
 
 		 449 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.31 
 
 		 947 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.82 
 
 		 905 aa  117  3e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.05 
 
 		 703 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0892  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.5 
 
 		 693 aa  115  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.914859  decreased coverage  0.000000172581 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0894  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  33.49 
 
 		 482 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.156047 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.92 
 
 		 652 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.864277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4752  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.92 
 
 		 652 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.724915 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3508  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 358 aa  113  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00123099  normal  0.413 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0817  diguanylate cyclase  34.91 
 
 		 560 aa  114  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2186  diguanylate cyclase  29.04 
 
 		 604 aa  114  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.419483  normal  0.336027 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2183  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.38 
 
 		 336 aa  114  3e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00645275 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2828  diguanylate cyclase  38.96 
 
 		 400 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.238138  normal  0.24996 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3406  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  31.75 
 
 		 493 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3481  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.75 
 
 		 488 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4280  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.11 
 
 		 796 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2763  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.57 
 
 		 751 aa  113  5e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.256566 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3369  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 459 aa  112  7.000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.1 
 
 		 557 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  31.23 
 
 		 342 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5950  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 604 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.97 
 
 		 716 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0474  sensory box/GGDEF family protein  34.81 
 
 		 792 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0881  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.28 
 
 		 498 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00808  hypothetical protein  38.32 
 
 		 578 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3604  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.28 
 
 		 498 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.352008 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1116  hypothetical protein  36.42 
 
 		 435 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.09 
 
 		 830 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3043  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.75 
 
 		 480 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.339991  normal  0.187596 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3012  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 428 aa  111  2.0000000000000002e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000172152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0929  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.75 
 
 		 464 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.240329 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5430  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 603 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.406809  normal  0.544805 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2517  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.71 
 
 		 614 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.655073  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.76 
 
 		 754 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0820  GGDEF domain-containing protein  32.67 
 
 		 433 aa  110  4.0000000000000004e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.5 
 
 		 754 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.268415  normal  0.0126902 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3616  diguanylate cyclase  32.67 
 
 		 436 aa  109  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1144  GGDEF domain-containing protein  35.76 
 
 		 754 aa  110  5e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.252885 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3711  sensory box protein  34.39 
 
 		 503 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0503901 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0397  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 555 aa  109  5e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3487  GGDEF domain-containing protein  32.67 
 
 		 425 aa  110  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3959  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.38 
 
 		 855 aa  109  6e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0128  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 636 aa  109  6e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.308364  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2057  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.39 
 
 		 699 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.25 
 
 		 890 aa  109  7.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1806  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.4 
 
 		 574 aa  108  9.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.55767  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 		 898 aa  108  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1706  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.11 
 
 		 324 aa  108  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1034  diguanylate cyclase  34.34 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2039  diguanylate cyclase  34.83 
 
 		 432 aa  108  1e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000319282  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0693  diguanylate cyclase  39.1 
 
 		 389 aa  108  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.08 
 
 		 793 aa  108  1e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1148  diguanylate cyclase  29.03 
 
 		 634 aa  108  1e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0203006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01021  sensory box/GGDEF/EAL domain protein  37.34 
 
 		 1392 aa  108  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2237  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.68 
 
 		 556 aa  108  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05220  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 501 aa  107  2e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.141837  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1178  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.15 
 
 		 754 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.578414 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2205  diguanylate cyclase  24.51 
 
 		 400 aa  107  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.13158 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04999  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.2 
 
 		 775 aa  108  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37690  putative sensory box protein  36.6 
 
 		 864 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0535605 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1538  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.74 
 
 		 789 aa  107  2e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.76 
 
 		 698 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.330245  normal  0.58075 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3395  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.43 
 
 		 834 aa  107  3e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0233  cyclic nucleotide-binding protein  34.57 
 
 		 592 aa  107  3e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000891781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0285  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 293 aa  107  3e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.126336 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2231  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.12 
 
 		 699 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  34.18 
 
 		 523 aa  107  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0638  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 737 aa  107  3e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1077  sensory box/GGDEF family protein  32.54 
 
 		 808 aa  107  3e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3018  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.81 
 
 		 475 aa  107  3e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.1 
 
 		 953 aa  107  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1499  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  34.18 
 
 		 854 aa  107  3e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0164548  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0391  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.42 
 
 		 1040 aa  107  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519884  normal  0.119604 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3089  sensory box protein  38.46 
 
 		 858 aa  106  4e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.168178  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0561  diguanylate cyclase  35.63 
 
 		 546 aa  106  4e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0616  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.63 
 
 		 674 aa  106  4e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.17381 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.4 
 
 		 826 aa  107  4e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0437  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.9 
 
 		 659 aa  106  4e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3547  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 314 aa  107  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.928319  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  35.62 
 
 		 1006 aa  107  4e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1933  sensory box protein  34.32 
 
 		 692 aa  106  5e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0364295  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1078  diguanylate cyclase  36.14 
 
 		 283 aa  106  5e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.239628  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0703  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.95 
 
 		 703 aa  106  5e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3052  GGDEF  37.74 
 
 		 523 aa  106  5e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.927179  normal  0.0159246 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2897  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.06 
 
 		 950 aa  106  5e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.491225 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2736  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.57 
 
 		 748 aa  106  5e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  32.52 
 
 		 701 aa  106  6e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2774  diguanylate cyclase  35.85 
 
 		 954 aa  106  6e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.158121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0663  putative sensory box/response regulator  32.29 
 
 		 717 aa  106  6e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1028  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 421 aa  106  6e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3001  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.85 
 
 		 954 aa  106  6e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.140152 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1680  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.52 
 
 		 1524 aa  106  6e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.482461  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1829  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.48 
 
 		 754 aa  106  6e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000110456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.8 
 
 		 1036 aa  106  7e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4032  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.8 
 
 		 1036 aa  105  7e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.661545 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1888  GGDEF domain-containing protein  32.48 
 
 		 930 aa  105  7e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133848  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>