More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3728 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3728  diguanylate cyclase  100 
 
 		 341 aa  684    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.183496 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2220  diguanylate cyclase  47.89 
 
 		 362 aa  286  4e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.33 
 
 		 345 aa  187  3e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  35.03 
 
 		 345 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  33.83 
 
 		 345 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 343 aa  176  6e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  32.35 
 
 		 341 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.37 
 
 		 367 aa  166  5.9999999999999996e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.13 
 
 		 319 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.82 
 
 		 348 aa  163  3e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.82 
 
 		 348 aa  163  3e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2826  hypothetical protein  27.47 
 
 		 314 aa  156  6e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  31.82 
 
 		 316 aa  155  1e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.22 
 
 		 737 aa  149  5e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.54 
 
 		 326 aa  149  6e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.57 
 
 		 323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  28.88 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.54 
 
 		 321 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  32.44 
 
 		 325 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 323 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  28.26 
 
 		 323 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.91 
 
 		 327 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.4 
 
 		 323 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0167  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.99 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.354796  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.94 
 
 		 326 aa  144  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  29.31 
 
 		 320 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  29.25 
 
 		 417 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  32.12 
 
 		 327 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.3 
 
 		 323 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.05 
 
 		 318 aa  138  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.08 
 
 		 323 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2011  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.66 
 
 		 321 aa  135  8e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0323841  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3759  GGDEF domain-containing protein  27.02 
 
 		 324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  29.61 
 
 		 417 aa  133  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  37.13 
 
 		 892 aa  132  6e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  28.23 
 
 		 321 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5481  sensory box/GGDEF family protein  36.75 
 
 		 735 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0242915  hitchhiker  1.94028e-17 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4177  hypothetical protein  32.21 
 
 		 344 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.878015 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.4 
 
 		 322 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1405  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.72 
 
 		 879 aa  129  6e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5471  sensory box/GGDEF family protein  36.75 
 
 		 814 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00599956  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1712  diguanylate cyclase, putative  41.72 
 
 		 665 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1229  diguanylate cyclase  31.52 
 
 		 356 aa  127  3e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586021  normal  0.0822929 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1509  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 571 aa  127  4.0000000000000003e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.44121  normal  0.0349148 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  35.16 
 
 		 768 aa  126  5e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1170  hypothetical protein  35.16 
 
 		 768 aa  126  6e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4032  diguanylate cyclase  40.4 
 
 		 561 aa  126  6e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.211058 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5527  sensory box/GGDEF family protein  35.93 
 
 		 604 aa  126  6e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1077  sensory box/GGDEF family protein  40.12 
 
 		 808 aa  126  6e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4402  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.4 
 
 		 563 aa  125  7e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.377329 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5048  sensory box/GGDEF family protein  35.33 
 
 		 892 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5197  sensory box/GGDEF family protein  34.73 
 
 		 892 aa  125  9e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.619616  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5441  sensory box/GGDEF family protein  34.73 
 
 		 735 aa  125  9e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5593  sensory box/GGDEF family protein  34.73 
 
 		 892 aa  125  9e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1933  sensory box protein  38.65 
 
 		 692 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0364295  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5032  hypothetical protein  34.73 
 
 		 892 aa  125  1e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.24 
 
 		 884 aa  125  1e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.39821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2203  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.4 
 
 		 554 aa  125  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0309516  normal  0.310474 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  41.75 
 
 		 701 aa  124  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.34 
 
 		 892 aa  124  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2517  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.58 
 
 		 614 aa  124  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.655073  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0529  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.43 
 
 		 575 aa  124  3e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2656  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.13 
 
 		 696 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3448  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.13 
 
 		 696 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1806  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.18 
 
 		 574 aa  123  5e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.55767  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2186  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 604 aa  123  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.419483  normal  0.336027 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.67 
 
 		 568 aa  122  6e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2828  diguanylate cyclase  37.17 
 
 		 400 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.238138  normal  0.24996 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.36 
 
 		 574 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.221149 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.41 
 
 		 712 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  35.78 
 
 		 721 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.52 
 
 		 698 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.330245  normal  0.58075 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.92 
 
 		 1665 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2057  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.12 
 
 		 699 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4876  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.88 
 
 		 730 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.735464 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5656  GGDEF domain-containing protein  39.36 
 
 		 629 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.84 
 
 		 715 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.74 
 
 		 722 aa  120  3e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4654  sensory box protein  39.2 
 
 		 762 aa  120  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.787491  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1680  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.47 
 
 		 1524 aa  120  3e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.482461  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1356  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.25 
 
 		 399 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.305567 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3711  sensory box protein  40.12 
 
 		 503 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0503901 
 
 
-
 
NC_003296  RS05432  hypothetical protein  35.79 
 
 		 915 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2039  diguanylate cyclase  35.93 
 
 		 432 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000319282  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1542  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.92 
 
 		 1006 aa  120  4.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.101137 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.48 
 
 		 743 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4871  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.71 
 
 		 684 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3902  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.12 
 
 		 990 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0233  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  39.88 
 
 		 513 aa  119  6e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0220  diguanylate cyclase  33.62 
 
 		 495 aa  119  6e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.76 
 
 		 1212 aa  119  6e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2589  hypothetical protein  38.32 
 
 		 759 aa  119  6e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.394973  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2269  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.02 
 
 		 659 aa  119  7e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.15 
 
 		 501 aa  119  7e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5522  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  40.62 
 
 		 1076 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0818  EAL and GGDEF domain-containing protein  34.47 
 
 		 976 aa  119  7.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.58 
 
 		 965 aa  119  7.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.928447  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0066  GGDEF domain-containing protein  34.48 
 
 		 743 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928161  normal  0.0154172 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0397  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 555 aa  119  9e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>