276 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2343 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2343  putative GAF sensor protein  100 
 
 		 165 aa  342  1e-93  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  48.08 
 
 		 323 aa  151  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.44 
 
 		 323 aa  149  1e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  47.44 
 
 		 323 aa  149  1e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  47.44 
 
 		 323 aa  149  1e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.79 
 
 		 323 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  47.06 
 
 		 320 aa  145  3e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  44.3 
 
 		 316 aa  140  5e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.36 
 
 		 327 aa  140  8e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.44 
 
 		 323 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  44.3 
 
 		 341 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.16 
 
 		 348 aa  138  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.16 
 
 		 348 aa  138  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 321 aa  138  3e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3759  GGDEF domain-containing protein  46.79 
 
 		 324 aa  138  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.71 
 
 		 321 aa  137  6e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.59 
 
 		 322 aa  137  7e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 323 aa  137  8.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  49.3 
 
 		 327 aa  136  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3672  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.95 
 
 		 681 aa  134  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497248  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.31 
 
 		 624 aa  133  8e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.533876  normal  0.201744 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.76 
 
 		 323 aa  133  9e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.16 
 
 		 326 aa  130  6e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  43.79 
 
 		 542 aa  129  1.0000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3825  GAF domain-containing protein  44.67 
 
 		 276 aa  129  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0507581  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01725  two-component hybrid sensor and regulator  59.57 
 
 		 100 aa  130  1.0000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4134  transcriptional regulator, XRE family  45.77 
 
 		 267 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2985  putative anti-sigma regulatory factor, serine/threonine protein kinase  44.6 
 
 		 321 aa  129  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.369432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.45 
 
 		 1550 aa  127  8.000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1392  putative sensory transduction histidine kinase  42.86 
 
 		 401 aa  127  9.000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.83 
 
 		 319 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.84 
 
 		 318 aa  125  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.24 
 
 		 345 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  44.6 
 
 		 1428 aa  125  3e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04155  Putative signal protein with GAF,PAS(PAC) and GGDEF domains  40.51 
 
 		 874 aa  124  4.0000000000000003e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.581833  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02131  GGDEF domain-containing PAS signal transduction protein  39.47 
 
 		 794 aa  123  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  42.95 
 
 		 732 aa  122  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1559  hypothetical protein  43.71 
 
 		 245 aa  120  6e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.35 
 
 		 878 aa  119  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2826  hypothetical protein  40.79 
 
 		 314 aa  120  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  37.04 
 
 		 345 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4543  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain protein  38.16 
 
 		 607 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.38768  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0800  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.42 
 
 		 781 aa  119  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15351  GAF domain-containing protein  43.75 
 
 		 238 aa  119  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.581628  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.82 
 
 		 326 aa  118  3e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1466  GAF domain-containing protein  45.32 
 
 		 249 aa  118  3e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.105134  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5198  putative PAS/PAC sensor protein  44.37 
 
 		 694 aa  118  3e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0812  Stage II sporulation E family protein  42.86 
 
 		 422 aa  118  3.9999999999999996e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  38.16 
 
 		 325 aa  118  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02127  sensor histidine kinase  41.22 
 
 		 398 aa  117  6e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.147572  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3263  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  42.22 
 
 		 669 aa  117  9e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2169  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.83 
 
 		 722 aa  117  9e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0648584  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.31 
 
 		 728 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0535292  normal  0.500981 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15571  GAF domain-containing protein  44.6 
 
 		 249 aa  116  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0414818  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15721  GAF domain-containing protein  44.6 
 
 		 249 aa  117  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1446  hypothetical protein  41.1 
 
 		 441 aa  116  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 345 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0934  hypothetical protein  42.36 
 
 		 253 aa  114  3.9999999999999997e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4177  hypothetical protein  40.43 
 
 		 344 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.878015 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10742  predicted protein  46.62 
 
 		 153 aa  115  3.9999999999999997e-25  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.182467  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17911  GAF domain-containing protein  42.36 
 
 		 253 aa  114  5e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.305194  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0288  signal transduction histidine kinase  42.11 
 
 		 514 aa  114  6e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.328365  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2479  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.16 
 
 		 531 aa  113  1.0000000000000001e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.838154  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5220  putative GAF sensor protein  38.67 
 
 		 182 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.583285  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3195  sensor histidine kinase  41.79 
 
 		 438 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.211172  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1538  hypothetical protein  39.73 
 
 		 431 aa  112  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0172  signal transduction histidine kinase  38 
 
 		 897 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3060  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  41.04 
 
 		 442 aa  112  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0792  hypothetical protein  37.97 
 
 		 240 aa  112  3e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.327217  normal  0.0268431 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1877  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.52 
 
 		 722 aa  112  3e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4535  putative GAF sensor protein  41.89 
 
 		 251 aa  112  3e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2149  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.18 
 
 		 680 aa  112  3e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3048  signal transduction histidine kinase  38.03 
 
 		 1001 aa  110  6e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.143163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2253  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.97 
 
 		 780 aa  111  6e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4812  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.75 
 
 		 1423 aa  110  7.000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.78 
 
 		 367 aa  110  8.000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4221  EAL:GAF  36.84 
 
 		 607 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.236568 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1190  PAS sensor protein  37.66 
 
 		 1041 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0314947 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1130  signal transduction histidine kinase  37.93 
 
 		 1002 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1350  signal transduction histidine kinase  39.74 
 
 		 1016 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.597121 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  40.29 
 
 		 343 aa  108  3e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.87 
 
 		 722 aa  108  4.0000000000000004e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0118  HWE histidine kinase  38.82 
 
 		 538 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4368  signal transduction histidine kinase  43.07 
 
 		 934 aa  108  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.523014 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3925  GAF sensor hybrid histidine kinase  44.19 
 
 		 662 aa  108  4.0000000000000004e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.150145  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00678  Putative signal protein with GAF, GGDEF and EAL domains  39.67 
 
 		 595 aa  108  4.0000000000000004e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0927231  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1643  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.7 
 
 		 506 aa  107  5e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.65001 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.26 
 
 		 740 aa  107  7.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3096  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor  42.31 
 
 		 595 aa  107  7.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0665544  normal  0.285122 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2209  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.99 
 
 		 399 aa  107  8.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.53 
 
 		 1965 aa  107  9.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  35.81 
 
 		 417 aa  106  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2494  signal transduction histidine kinase-like protein  36.71 
 
 		 1317 aa  106  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.206751 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0094  signal transduction histidine kinase  41.6 
 
 		 929 aa  105  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2010  diguanylate phosphodiesterase  33.54 
 
 		 454 aa  105  3e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.61 
 
 		 640 aa  105  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.4 
 
 		 1224 aa  104  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  38.57 
 
 		 497 aa  104  4e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4345  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  37.59 
 
 		 890 aa  104  5e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2109  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.58 
 
 		 599 aa  104  5e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.161845  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>