More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3131 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_3131  diguanylate cyclase  100 
 
 
328 aa  681    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00388366 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1520  GGDEF domain-containing protein  56.91 
 
 
323 aa  373  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1202  GGDEF domain-containing protein  43.85 
 
 
324 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.952705 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3341  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.76 
 
 
326 aa  187  2e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.326656 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4068  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.12 
 
 
324 aa  168  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.46 
 
 
323 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2820  hypothetical protein  28.75 
 
 
332 aa  143  5e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  30.72 
 
 
316 aa  137  2e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  31.2 
 
 
321 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.84 
 
 
321 aa  122  7e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.76 
 
 
319 aa  122  7e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  29.19 
 
 
323 aa  122  7e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  29.54 
 
 
327 aa  122  8e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  28.88 
 
 
323 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.88 
 
 
323 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  28.88 
 
 
323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.52 
 
 
323 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.47 
 
 
323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2826  hypothetical protein  28.39 
 
 
314 aa  117  3.9999999999999997e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3329  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.14 
 
 
643 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0006  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.21 
 
 
557 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.78 
 
 
737 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  27.39 
 
 
320 aa  116  6e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3759  GGDEF domain-containing protein  30.65 
 
 
324 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  28.75 
 
 
323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  39.1 
 
 
378 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.19 
 
 
318 aa  112  7.000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  24.67 
 
 
644 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.793092  normal  0.542598 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  24.67 
 
 
644 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0290676 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0659  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  24.32 
 
 
646 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.172911 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1659  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.59 
 
 
342 aa  111  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.04 
 
 
322 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  26.4 
 
 
646 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.55 
 
 
327 aa  110  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.61 
 
 
772 aa  110  3e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0241  diguanylate cyclase  40.24 
 
 
450 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.71 
 
 
424 aa  110  5e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  33.92 
 
 
432 aa  108  9.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0693  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.74 
 
 
646 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0703  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  26.07 
 
 
646 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.879487 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.74 
 
 
650 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  36.09 
 
 
574 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.32 
 
 
348 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1365  diguanylate cyclase  33.17 
 
 
276 aa  107  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.134313  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.53 
 
 
345 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.32 
 
 
348 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.58 
 
 
415 aa  107  3e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1569  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.54 
 
 
643 aa  106  6e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1635  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.54 
 
 
643 aa  106  6e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  30.86 
 
 
554 aa  105  7e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2011  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.82 
 
 
321 aa  105  9e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0323841  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.3 
 
 
367 aa  105  9e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  32.75 
 
 
432 aa  105  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  29.01 
 
 
343 aa  105  1e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3037  7TM domain sensor diguanylate cyclase  36.59 
 
 
506 aa  105  2e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3756  diguanylate cyclase  37.27 
 
 
577 aa  104  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40748  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  30.17 
 
 
615 aa  104  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  35.76 
 
 
457 aa  104  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  40.26 
 
 
495 aa  103  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.37 
 
 
325 aa  103  3e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0530  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.56 
 
 
961 aa  103  3e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.639569  normal  0.653911 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0355  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 
464 aa  103  4e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  32.48 
 
 
536 aa  103  5e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  34.76 
 
 
294 aa  103  6e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2842  diguanylate cyclase  30.14 
 
 
785 aa  102  8e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2470  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.88 
 
 
756 aa  102  8e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.578353  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.9 
 
 
610 aa  101  1e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0525  diguanylate cyclase  34.81 
 
 
585 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0757  diguanylate cyclase  36.25 
 
 
489 aa  102  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.371772  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  37.34 
 
 
373 aa  102  1e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0536  diguanylate cyclase  28.04 
 
 
369 aa  102  1e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.190341  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  27.48 
 
 
345 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1586  diguanylate cyclase  32.97 
 
 
491 aa  101  2e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2518  GAF domain/diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  27.31 
 
 
384 aa  100  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  35.58 
 
 
302 aa  100  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.97 
 
 
757 aa  101  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.16 
 
 
419 aa  101  2e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1849  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.31 
 
 
341 aa  100  3e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1880  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  27.31 
 
 
384 aa  100  3e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  29.29 
 
 
449 aa  100  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2650  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.76 
 
 
1016 aa  100  3e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0326651 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0773  diguanylate cyclase  27.88 
 
 
323 aa  100  3e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  32.73 
 
 
369 aa  100  3e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1397  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  27.31 
 
 
341 aa  100  3e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.210623  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2018  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  27.31 
 
 
384 aa  100  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000229251  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1839  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.31 
 
 
341 aa  100  3e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.730013  normal  0.326474 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.89 
 
 
646 aa  100  4e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3236  hypothetical protein  31.13 
 
 
423 aa  100  4e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0104131  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1291  sensory box protein  34.88 
 
 
284 aa  100  4e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3412  hypothetical protein  31.13 
 
 
423 aa  100  4e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0269335  normal  0.473348 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.17 
 
 
586 aa  99.8  5e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.78 
 
 
416 aa  100  5e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  32.82 
 
 
1073 aa  99.8  5e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  28 
 
 
356 aa  99.4  7e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1652  diguanylate cyclase  32.78 
 
 
490 aa  99.4  7e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.749875  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  28.9 
 
 
345 aa  99.4  7e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  25.49 
 
 
325 aa  99.4  7e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0689  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.33 
 
 
356 aa  99.4  7e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05804  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.32 
 
 
636 aa  99.4  8e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01763  predicted diguanylate cyclase  26.94 
 
 
341 aa  99  9e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.623306  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>