More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1396 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1396  diguanylate cyclase  100 
 
 		 356 aa  714    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.75781 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3263  diguanylate cyclase with GAF sensor  53.33 
 
 		 368 aa  382  1e-105  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2858  diguanylate cyclase with GAF sensor  53.33 
 
 		 368 aa  382  1e-105  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0640037  hitchhiker  0.00351788 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0689  diguanylate cyclase with GAF sensor  49.72 
 
 		 356 aa  368  1e-101  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4515  diguanylate cyclase  54.94 
 
 		 363 aa  345  5e-94  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  53.31 
 
 		 565 aa  249  4e-65  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2478  hypothetical protein  55.36 
 
 		 299 aa  247  2e-64  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3437  sensory box histidine kinase  66.67 
 
 		 533 aa  240  2.9999999999999997e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2742  sensory box histidine kinase  66.91 
 
 		 363 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.507187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4109  signal transduction histidine kinase  52.63 
 
 		 384 aa  197  3e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0421223  normal  0.437508 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3620  GAF sensor signal transduction histidine kinase  48.76 
 
 		 401 aa  178  1e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3532  GAF sensor signal transduction histidine kinase  48.1 
 
 		 401 aa  178  1e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4430  GAF sensor hybrid histidine kinase  42.13 
 
 		 571 aa  160  3e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.62 
 
 		 1022 aa  154  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5176  GAF sensor signal transduction histidine kinase  44.65 
 
 		 570 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3912  GAF domain protein  45.51 
 
 		 170 aa  137  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.200638  normal  0.0774828 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3629  GAF domain-containing protein  45.21 
 
 		 265 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3922  putative GAF sensor protein  45.21 
 
 		 172 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4246  GAF domain-containing protein  46.67 
 
 		 202 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.141587 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0006  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.6 
 
 		 557 aa  125  1e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.38 
 
 		 319 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  31.68 
 
 		 1637 aa  123  5e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  44.52 
 
 		 323 aa  122  9e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.56 
 
 		 356 aa  120  3e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  29.78 
 
 		 1643 aa  119  7.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.21 
 
 		 321 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.23 
 
 		 323 aa  116  6e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  30.73 
 
 		 1726 aa  115  7.999999999999999e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  43.23 
 
 		 323 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0241  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 450 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3853  diguanylate cyclase  39 
 
 		 482 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0518051 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5313  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 361 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  43.51 
 
 		 323 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  42.58 
 
 		 323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  32.51 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.57 
 
 		 757 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3340  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.17 
 
 		 607 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.489198 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  26.74 
 
 		 462 aa  113  5e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.77 
 
 		 323 aa  113  6e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2828  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 400 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.238138  normal  0.24996 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3175  sensory box protein  31.09 
 
 		 627 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.77 
 
 		 323 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  32.65 
 
 		 1636 aa  111  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.95 
 
 		 769 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  28.22 
 
 		 462 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3543  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.14 
 
 		 659 aa  110  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4642  serine/threonine protein kinase  30.06 
 
 		 1629 aa  110  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  41.86 
 
 		 493 aa  110  5e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2826  hypothetical protein  34.59 
 
 		 314 aa  110  5e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0407  GGDEF domain-containing protein  36.63 
 
 		 873 aa  110  5e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0669941  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.7 
 
 		 323 aa  110  5e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3459  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.02 
 
 		 503 aa  109  9.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0823  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.26 
 
 		 755 aa  108  1e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.87 
 
 		 743 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.116694  normal  0.658047 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.36 
 
 		 797 aa  108  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3306  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.05 
 
 		 883 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.660449  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 493 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  30 
 
 		 321 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3012  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 428 aa  108  2e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000172152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1834  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.61 
 
 		 571 aa  107  3e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000228382  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.72 
 
 		 884 aa  107  3e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.39821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  38.65 
 
 		 320 aa  107  3e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0759  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.01 
 
 		 718 aa  107  3e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  41.76 
 
 		 1076 aa  107  3e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.16 
 
 		 322 aa  107  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0564  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.91 
 
 		 342 aa  106  6e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3659  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.07 
 
 		 362 aa  106  6e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.33 
 
 		 1072 aa  106  7e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  38.28 
 
 		 614 aa  106  8e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4105  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  35.86 
 
 		 882 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  37.37 
 
 		 624 aa  105  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1075  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.56 
 
 		 758 aa  105  1e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.469487  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  35.86 
 
 		 882 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1202  GGDEF domain-containing protein  38.2 
 
 		 324 aa  105  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.952705 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.15 
 
 		 648 aa  105  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4550  serine/threonine protein kinase  31.25 
 
 		 1649 aa  105  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.773527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0429  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  40.1 
 
 		 874 aa  105  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  41.52 
 
 		 1093 aa  105  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.75 
 
 		 796 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4324  GGDEF domain-containing protein  36.41 
 
 		 876 aa  104  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  38.27 
 
 		 796 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.36 
 
 		 1212 aa  105  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3989  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  35.86 
 
 		 882 aa  105  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.42 
 
 		 550 aa  104  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 493 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.67 
 
 		 772 aa  104  2e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.47 
 
 		 869 aa  104  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  36.97 
 
 		 599 aa  104  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.99 
 
 		 416 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  32.11 
 
 		 548 aa  104  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 628 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1708  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.47 
 
 		 869 aa  103  3e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  40 
 
 		 1004 aa  103  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0211  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.77 
 
 		 638 aa  103  3e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0884  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 285 aa  103  3e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.576242  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 620 aa  103  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.96 
 
 		 327 aa  104  3e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 621 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  37.95 
 
 		 323 aa  103  4e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1265  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.79 
 
 		 758 aa  103  4e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>