More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I2820 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011312  VSAL_I2820  hypothetical protein  100 
 
 
332 aa  693    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4068  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.31 
 
 
324 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3341  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.28 
 
 
326 aa  211  1e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.326656 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1202  GGDEF domain-containing protein  31.21 
 
 
324 aa  161  1e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.952705 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1520  GGDEF domain-containing protein  31.07 
 
 
323 aa  160  3e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3131  diguanylate cyclase  28.75 
 
 
328 aa  143  5e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00388366 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  33.21 
 
 
323 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  32.85 
 
 
323 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.07 
 
 
319 aa  134  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.49 
 
 
323 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  32.49 
 
 
323 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.86 
 
 
323 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.58 
 
 
321 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.05 
 
 
323 aa  125  7e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.44 
 
 
327 aa  125  7e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.05 
 
 
323 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  30.69 
 
 
323 aa  123  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.8 
 
 
326 aa  123  5e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.97 
 
 
326 aa  122  6e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  30.94 
 
 
325 aa  122  7e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1949  diguanylate cyclase, putative  30.62 
 
 
327 aa  119  9e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  30.8 
 
 
320 aa  119  9e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.92 
 
 
318 aa  117  3.9999999999999997e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0833  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.6 
 
 
322 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.63 
 
 
348 aa  116  6.9999999999999995e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.63 
 
 
348 aa  116  6.9999999999999995e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  29.13 
 
 
417 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  28.21 
 
 
417 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  30 
 
 
345 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3231  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.13 
 
 
313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.458607 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0280  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.45 
 
 
314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0265413 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0006  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.17 
 
 
557 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  30.19 
 
 
341 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.52 
 
 
353 aa  114  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  28.91 
 
 
321 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.5 
 
 
367 aa  112  9e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0175  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.83 
 
 
352 aa  111  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.14726  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  34.55 
 
 
316 aa  110  3e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  31.84 
 
 
343 aa  110  3e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0693  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  23.82 
 
 
646 aa  109  6e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  29.39 
 
 
342 aa  109  8.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  23.88 
 
 
646 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.78 
 
 
650 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3759  GGDEF domain-containing protein  29.66 
 
 
324 aa  108  1e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0703  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  23.88 
 
 
646 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.879487 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2220  diguanylate cyclase  27.69 
 
 
362 aa  108  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  27.56 
 
 
353 aa  108  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3728  diguanylate cyclase  29.89 
 
 
341 aa  108  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.183496 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1599  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.41 
 
 
343 aa  107  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2011  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.91 
 
 
321 aa  107  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0323841  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0689  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.12 
 
 
356 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0241  diguanylate cyclase  36.87 
 
 
450 aa  107  4e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.8 
 
 
737 aa  106  5e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.35 
 
 
325 aa  106  6e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  39.62 
 
 
493 aa  106  7e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  38.65 
 
 
493 aa  106  7e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  38.89 
 
 
526 aa  106  7e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4714  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  27.71 
 
 
684 aa  106  7e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3284  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  27.12 
 
 
645 aa  105  8e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000411961 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  34.65 
 
 
1073 aa  105  1e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3329  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.09 
 
 
643 aa  104  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  28.57 
 
 
356 aa  104  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3098  GGDEF family protein  27.03 
 
 
638 aa  104  3e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0791415 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  30.8 
 
 
345 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  30.8 
 
 
345 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.02 
 
 
1144 aa  103  5e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.851066  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  25.47 
 
 
513 aa  103  5e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3531  diguanylate cyclase  37.16 
 
 
385 aa  103  6e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  35.84 
 
 
582 aa  102  6e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.6 
 
 
644 aa  102  6e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.793092  normal  0.542598 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.6 
 
 
644 aa  102  6e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0290676 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1659  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.14 
 
 
342 aa  102  7e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  28.19 
 
 
356 aa  102  8e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  34.76 
 
 
487 aa  102  9e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  34.3 
 
 
384 aa  102  1e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2826  hypothetical protein  28.24 
 
 
314 aa  101  2e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  38.55 
 
 
523 aa  101  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  38.99 
 
 
493 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3840  putative diguanylate cyclase  27.61 
 
 
338 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.93592  normal  0.905889 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2518  GAF domain/diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  28.85 
 
 
384 aa  100  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0659  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.26 
 
 
646 aa  100  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.172911 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1880  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  28.85 
 
 
384 aa  100  3e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0966  diguanylate cyclase  26.25 
 
 
334 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2018  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  28.85 
 
 
384 aa  100  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000229251  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.28 
 
 
355 aa  100  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1849  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.85 
 
 
341 aa  100  4e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1397  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  28.85 
 
 
341 aa  100  4e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.210623  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3676  diguanylate cyclase  35.35 
 
 
371 aa  100  4e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000048428  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.96 
 
 
750 aa  100  4e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.102862  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4177  hypothetical protein  29.73 
 
 
344 aa  100  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.878015 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2111  diguanylate cyclase  36 
 
 
290 aa  100  4e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.672445  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1839  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.85 
 
 
341 aa  100  4e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.730013  normal  0.326474 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.62 
 
 
668 aa  100  4e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01763  predicted diguanylate cyclase  28.85 
 
 
341 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.623306  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01751  hypothetical protein  28.85 
 
 
341 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.479957  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  37.18 
 
 
508 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1148  diguanylate cyclase  39.18 
 
 
634 aa  99.8  6e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0203006  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3597  diguanylate cyclase  37.16 
 
 
385 aa  99  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  37.42 
 
 
432 aa  99  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.41 
 
 
564 aa  98.6  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>