49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0868 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0868  putative diguanylate cyclase  100 
 
 		 319 aa  658    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0865  diguanylate cyclase  66.13 
 
 		 314 aa  436  1e-121  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0746  diguanylate cyclase  52.96 
 
 		 314 aa  323  2e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0778  diguanylate cyclase  46.86 
 
 		 315 aa  295  9e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.471594  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3359  GGDEF domain-containing protein  32.04 
 
 		 337 aa  176  5e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2765  hypothetical protein  35.57 
 
 		 304 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0925  GGDEF domain-containing protein  33.56 
 
 		 335 aa  172  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3256  GGDEF domain-containing protein  31.97 
 
 		 337 aa  169  7e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0767  GGDEF domain-containing protein  31.43 
 
 		 337 aa  168  1e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0747  GGDEF domain-containing protein  30.03 
 
 		 318 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3668  putative diguanylate cyclase  31.55 
 
 		 338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.151579 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3477  putative diguanylate cyclase  31.55 
 
 		 338 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3546  putative diguanylate cyclase  31.55 
 
 		 338 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0869  diguanylate cyclase  31.85 
 
 		 330 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0771  GGDEF domain-containing protein  31.55 
 
 		 326 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0866  GGDEF domain-containing protein  30.91 
 
 		 336 aa  160  3e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2764  GGDEF domain-containing protein  30.79 
 
 		 325 aa  159  9e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4068  diguanylate cyclase with GAF sensor  25 
 
 		 324 aa  103  4e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3341  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.18 
 
 		 326 aa  86.3  6e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.326656 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2820  hypothetical protein  22.92 
 
 		 332 aa  78.2  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1520  GGDEF domain-containing protein  20.66 
 
 		 323 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3131  diguanylate cyclase  21.81 
 
 		 328 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388366 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1202  GGDEF domain-containing protein  20.07 
 
 		 324 aa  58.9  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.952705 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  26.01 
 
 		 323 aa  55.5  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  26.35 
 
 		 323 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.35 
 
 		 323 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  26.35 
 
 		 323 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0006  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  24.22 
 
 		 557 aa  53.1  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0241  diguanylate cyclase  23.27 
 
 		 450 aa  50.8  0.00003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  24.19 
 
 		 414 aa  49.3  0.00008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0726  GGDEF family protein  26.35 
 
 		 627 aa  49.3  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0254772  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  24.12 
 
 		 323 aa  48.9  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  23.95 
 
 		 323 aa  48.5  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3531  diguanylate cyclase  26.32 
 
 		 385 aa  48.5  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3597  diguanylate cyclase  27.59 
 
 		 385 aa  47.8  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3441  hypothetical protein  22.4 
 
 		 401 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  24.56 
 
 		 797 aa  46.2  0.0008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.71 
 
 		 869 aa  45.8  0.0009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2866  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.38 
 
 		 448 aa  45.4  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0488494  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0011  putative PAS/PAC sensor protein  24.28 
 
 		 526 aa  44.7  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.140902  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1708  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.85 
 
 		 869 aa  44.7  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.71 
 
 		 792 aa  45.1  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2982  diguanylate cyclase  27.1 
 
 		 342 aa  44.7  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02934  hypothetical protein  21.66 
 
 		 486 aa  44.7  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7668  GAF sensor hybrid histidine kinase  25.5 
 
 		 571 aa  43.5  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.836623 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  22.75 
 
 		 323 aa  43.1  0.007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40570  putative two-component response regulator  21.35 
 
 		 401 aa  42.7  0.007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916032  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1211  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  20.35 
 
 		 587 aa  42.7  0.008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0242812 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.08 
 
 		 1212 aa  42.7  0.009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.4231 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>