89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0746 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0746  diguanylate cyclase  100 
 
 		 314 aa  650    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0865  diguanylate cyclase  51.13 
 
 		 314 aa  332  4e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0868  putative diguanylate cyclase  52.63 
 
 		 319 aa  318  6e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0778  diguanylate cyclase  48.11 
 
 		 315 aa  289  4e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.471594  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2765  hypothetical protein  37.97 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0869  diguanylate cyclase  33.01 
 
 		 330 aa  172  5e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0866  GGDEF domain-containing protein  31.97 
 
 		 336 aa  157  3e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3359  GGDEF domain-containing protein  32.48 
 
 		 337 aa  152  5e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2764  GGDEF domain-containing protein  31.37 
 
 		 325 aa  152  5e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0747  GGDEF domain-containing protein  30.84 
 
 		 318 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3256  GGDEF domain-containing protein  32.38 
 
 		 337 aa  150  4e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3668  putative diguanylate cyclase  29.69 
 
 		 338 aa  149  4e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.151579 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3546  putative diguanylate cyclase  29.69 
 
 		 338 aa  149  6e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3477  putative diguanylate cyclase  30 
 
 		 338 aa  149  7e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0767  GGDEF domain-containing protein  31.75 
 
 		 337 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0771  GGDEF domain-containing protein  29.06 
 
 		 326 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0925  GGDEF domain-containing protein  30.82 
 
 		 335 aa  144  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4068  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.64 
 
 		 324 aa  102  8e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3341  diguanylate cyclase with GAF sensor  25 
 
 		 326 aa  89.4  8e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.326656 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1520  GGDEF domain-containing protein  21.69 
 
 		 323 aa  88.6  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2820  hypothetical protein  22.03 
 
 		 332 aa  77.4  0.0000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1202  GGDEF domain-containing protein  22.77 
 
 		 324 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.952705 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3131  diguanylate cyclase  23.11 
 
 		 328 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388366 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  20.93 
 
 		 323 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7668  GAF sensor hybrid histidine kinase  26.32 
 
 		 571 aa  55.8  0.0000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.836623 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3976  GAF domain-containing protein  26.88 
 
 		 259 aa  53.5  0.000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1211  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.5 
 
 		 587 aa  53.5  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0242812 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0280  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.74 
 
 		 314 aa  53.5  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0265413 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3597  diguanylate cyclase  22.4 
 
 		 385 aa  52.8  0.000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3531  diguanylate cyclase  23.78 
 
 		 385 aa  52  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0659  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  23.67 
 
 		 646 aa  51.6  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.172911 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  23.19 
 
 		 323 aa  51.2  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  23.67 
 
 		 644 aa  50.8  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.793092  normal  0.542598 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  24.39 
 
 		 498 aa  50.8  0.00003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  23.67 
 
 		 644 aa  50.8  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0290676 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  25.61 
 
 		 323 aa  50.4  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.75 
 
 		 323 aa  50.4  0.00004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  25.61 
 
 		 323 aa  50.1  0.00005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.61 
 
 		 323 aa  49.7  0.00006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.68 
 
 		 792 aa  49.3  0.00008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3329  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  28.97 
 
 		 643 aa  49.3  0.00009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4216  diguanylate cyclase  26.11 
 
 		 717 aa  49.3  0.00009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3607  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  23.57 
 
 		 620 aa  48.9  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3263  diguanylate cyclase with GAF sensor  20.12 
 
 		 368 aa  48.5  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2866  diguanylate cyclase with GAF sensor  19.63 
 
 		 448 aa  48.5  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0488494  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2858  diguanylate cyclase with GAF sensor  20.12 
 
 		 368 aa  48.5  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0640037  hitchhiker  0.00351788 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  25.61 
 
 		 323 aa  48.5  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  24.84 
 
 		 650 aa  47.8  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0294  putative signaling protein  25.35 
 
 		 630 aa  48.1  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.106919  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1635  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  21.56 
 
 		 643 aa  47.8  0.0002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1569  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  21.56 
 
 		 643 aa  47.8  0.0002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  28.74 
 
 		 354 aa  48.5  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0693  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  24.84 
 
 		 646 aa  47.8  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  24.18 
 
 		 646 aa  47.4  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3284  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  22.62 
 
 		 645 aa  47.8  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000411961 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  22.94 
 
 		 319 aa  47.4  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0701  diguanylate cyclase  26.92 
 
 		 650 aa  47  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.291224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  24.62 
 
 		 797 aa  47  0.0005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.61 
 
 		 323 aa  46.2  0.0006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0703  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  22.22 
 
 		 646 aa  46.2  0.0007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.879487 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.47 
 
 		 769 aa  45.8  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3328  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 		 573 aa  45.4  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  22.71 
 
 		 320 aa  45.4  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  19.14 
 
 		 483 aa  44.7  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  25.74 
 
 		 732 aa  44.3  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3086  diguanylate cyclase  21.43 
 
 		 593 aa  45.1  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3161  response regulator  26.06 
 
 		 576 aa  44.7  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.35 
 
 		 1070 aa  44.7  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.467753 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2249  response regulator/GGDEF domain-containing protein  23.49 
 
 		 400 aa  44.7  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3676  diguanylate cyclase  26.74 
 
 		 371 aa  43.9  0.003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000048428  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.74 
 
 		 994 aa  43.5  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  26.29 
 
 		 341 aa  43.5  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  26.06 
 
 		 322 aa  43.5  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  27.69 
 
 		 568 aa  43.5  0.005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0634  response regulator  25.81 
 
 		 470 aa  43.1  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00145352  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  25 
 
 		 345 aa  43.1  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2805  diguanylate cyclase  23.21 
 
 		 236 aa  43.1  0.006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.726204  normal  0.387546 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0211  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  24.6 
 
 		 638 aa  43.1  0.007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3236  hypothetical protein  25.88 
 
 		 423 aa  42.7  0.008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0104131  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3412  hypothetical protein  25.88 
 
 		 423 aa  42.7  0.008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0269335  normal  0.473348 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  20.28 
 
 		 1073 aa  42.7  0.008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  23.46 
 
 		 316 aa  42.7  0.008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.32 
 
 		 572 aa  42.7  0.008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3764  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.32 
 
 		 577 aa  42.7  0.009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3946  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.32 
 
 		 577 aa  42.7  0.009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3820  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.32 
 
 		 577 aa  42.7  0.009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0504  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.32 
 
 		 577 aa  42.7  0.009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0545  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.32 
 
 		 572 aa  42.7  0.009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3485  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.32 
 
 		 572 aa  42.4  0.01  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>