More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2805 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2805  diguanylate cyclase  100 
 
 		 236 aa  471  1e-132  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.726204  normal  0.387546 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0652  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 280 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  42.59 
 
 		 425 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 490 aa  117  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  39.51 
 
 		 1073 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2291  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.57 
 
 		 338 aa  116  3e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.61 
 
 		 808 aa  116  3e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.0000289521  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.73 
 
 		 482 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2710  diguanylate cyclase  40.33 
 
 		 632 aa  116  3.9999999999999997e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0279303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0211  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.92 
 
 		 638 aa  115  6e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  36 
 
 		 398 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 732 aa  114  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3234  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.38 
 
 		 769 aa  113  2.0000000000000002e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6847  diguanylate cyclase  40 
 
 		 242 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1237  diguanylate cyclase  37.81 
 
 		 227 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 263 aa  112  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 574 aa  112  3e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.85 
 
 		 572 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  39.91 
 
 		 429 aa  112  5e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 539 aa  112  6e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.677434  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 486 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 490 aa  111  8.000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 486 aa  111  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 486 aa  111  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3754  diguanylate cyclase  35.74 
 
 		 512 aa  111  8.000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.64 
 
 		 1294 aa  111  8.000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 486 aa  111  9e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2017  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.83 
 
 		 1299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0450581  normal  0.783142 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.74 
 
 		 407 aa  110  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 490 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  36.05 
 
 		 234 aa  111  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 354 aa  110  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 320 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  36.88 
 
 		 485 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 547 aa  110  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1211  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.64 
 
 		 587 aa  110  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0242812 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  39.51 
 
 		 418 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 360 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 259 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1760  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 473 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.554911  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  44.03 
 
 		 493 aa  109  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  36.88 
 
 		 485 aa  110  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  36.25 
 
 		 756 aa  109  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0796  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.74 
 
 		 765 aa  109  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.341606 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 611 aa  110  3e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.11 
 
 		 668 aa  109  3e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  40.11 
 
 		 1093 aa  109  3e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1934  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 937 aa  109  3e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0766434  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 764 aa  109  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  33.5 
 
 		 431 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0619  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.03 
 
 		 574 aa  109  4.0000000000000004e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2568  diguanylate cyclase  34.03 
 
 		 254 aa  109  4.0000000000000004e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  36.2 
 
 		 477 aa  109  5e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.11 
 
 		 668 aa  108  5e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 486 aa  108  5e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 764 aa  108  5e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1829  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.22 
 
 		 754 aa  108  5e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000110456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.99 
 
 		 317 aa  108  6e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0541  diguanylate cyclase  33.74 
 
 		 285 aa  108  6e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.750858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1557  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.94 
 
 		 741 aa  108  6e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00814898 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.99 
 
 		 317 aa  108  6e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 493 aa  108  6e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2409  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.26 
 
 		 729 aa  108  7.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.798311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.02 
 
 		 499 aa  108  7.000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 381 aa  108  8.000000000000001e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 764 aa  108  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  36.25 
 
 		 485 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.15 
 
 		 464 aa  108  9.000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1897  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 937 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0415273 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1264  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 512 aa  108  9.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417106 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  38.56 
 
 		 609 aa  107  1e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  40.45 
 
 		 555 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 937 aa  107  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 373 aa  107  1e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0081  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.12 
 
 		 804 aa  107  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1448  diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 252 aa  107  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3082  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.18 
 
 		 517 aa  107  1e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.720655  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 565 aa  108  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 599 aa  107  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1144  signal transduction protein  39.57 
 
 		 571 aa  108  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 491 aa  106  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  37.43 
 
 		 709 aa  107  2e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 390 aa  107  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  36.65 
 
 		 820 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0556  diguanylate cyclase  34.84 
 
 		 314 aa  107  2e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303867 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0905  diguanylate cyclase  31.75 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0585872 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 401 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0060  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.48 
 
 		 815 aa  106  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2081  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 937 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0379355  normal  0.0338945 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  36.25 
 
 		 485 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 493 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2185  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 941 aa  107  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.260855  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 494 aa  106  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.11 
 
 		 928 aa  106  3e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.575219 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 631 aa  106  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1184  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.08 
 
 		 738 aa  106  3e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4644  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.24 
 
 		 904 aa  106  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.374969  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 718 aa  106  3e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  36.88 
 
 		 485 aa  106  3e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>