64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0747 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0747  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 318 aa  659    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0866  GGDEF domain-containing protein  68.51 
 
 		 336 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0869  diguanylate cyclase  67.52 
 
 		 330 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2764  GGDEF domain-containing protein  62.34 
 
 		 325 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3668  putative diguanylate cyclase  61.74 
 
 		 338 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.151579 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3359  GGDEF domain-containing protein  62.3 
 
 		 337 aa  394  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3256  GGDEF domain-containing protein  61.66 
 
 		 337 aa  391  1e-108  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3546  putative diguanylate cyclase  61.41 
 
 		 338 aa  390  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3477  putative diguanylate cyclase  61.09 
 
 		 338 aa  389  1e-107  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0771  GGDEF domain-containing protein  61.09 
 
 		 326 aa  389  1e-107  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0767  GGDEF domain-containing protein  61.34 
 
 		 337 aa  390  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0925  GGDEF domain-containing protein  61.89 
 
 		 335 aa  378  1e-104  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0865  diguanylate cyclase  34.85 
 
 		 314 aa  195  9e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0778  diguanylate cyclase  31.91 
 
 		 315 aa  177  2e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.471594  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0868  putative diguanylate cyclase  30.03 
 
 		 319 aa  162  6e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0746  diguanylate cyclase  30.84 
 
 		 314 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2765  hypothetical protein  30.51 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4068  diguanylate cyclase with GAF sensor  24.19 
 
 		 324 aa  113  5e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3341  diguanylate cyclase with GAF sensor  24.69 
 
 		 326 aa  102  7e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.326656 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2820  hypothetical protein  26.72 
 
 		 332 aa  95.1  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1520  GGDEF domain-containing protein  25.58 
 
 		 323 aa  94.7  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1202  GGDEF domain-containing protein  24.35 
 
 		 324 aa  86.7  5e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.952705 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3131  diguanylate cyclase  23.15 
 
 		 328 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388366 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0006  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.96 
 
 		 557 aa  66.6  0.0000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.59 
 
 		 323 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  25 
 
 		 327 aa  62.8  0.000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0241  diguanylate cyclase  27.78 
 
 		 450 aa  58.9  0.0000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.74 
 
 		 869 aa  50.1  0.00005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1708  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.01 
 
 		 869 aa  49.7  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0530  diguanylate cyclase  30 
 
 		 558 aa  49.3  0.00008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000155935  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  23.96 
 
 		 323 aa  48.1  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.98 
 
 		 323 aa  47.8  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  24.76 
 
 		 323 aa  47.4  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  27.27 
 
 		 521 aa  47.4  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  23.98 
 
 		 323 aa  47.4  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  20.61 
 
 		 326 aa  47  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0175  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.53 
 
 		 352 aa  47  0.0004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.14726  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2140  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.17 
 
 		 318 aa  47  0.0004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  23.47 
 
 		 323 aa  46.6  0.0006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  25.17 
 
 		 316 aa  46.2  0.0008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1225  GGDEF domain-containing protein  23.53 
 
 		 517 aa  46.2  0.0008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.489016  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3678  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.31 
 
 		 418 aa  45.8  0.0009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.313961 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  21.43 
 
 		 321 aa  45.8  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.49 
 
 		 326 aa  45.8  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  23.49 
 
 		 325 aa  45.8  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1914  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  21 
 
 		 459 aa  45.8  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.943888  hitchhiker  0.00021307 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  21.43 
 
 		 319 aa  45.8  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  22.61 
 
 		 320 aa  44.7  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6003  diguanylate cyclase  24 
 
 		 371 aa  44.3  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.753958  normal  0.321238 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2118  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.75 
 
 		 546 aa  43.9  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2104  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.75 
 
 		 546 aa  43.9  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0835719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.23 
 
 		 901 aa  43.5  0.005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2358  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.75 
 
 		 546 aa  43.5  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2241  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.75 
 
 		 546 aa  43.5  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.195601  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  22.3 
 
 		 321 aa  43.5  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1166  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  24.68 
 
 		 780 aa  43.1  0.006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  20.67 
 
 		 316 aa  43.1  0.006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2011  diguanylate cyclase with GAF sensor  22.52 
 
 		 321 aa  43.1  0.006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0323841  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1034  diguanylate cyclase  23.97 
 
 		 283 aa  43.1  0.006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2826  hypothetical protein  20.78 
 
 		 314 aa  43.1  0.007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0689  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.32 
 
 		 356 aa  42.7  0.008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0492  diguanylate cyclase  29.06 
 
 		 351 aa  42.4  0.009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.874932  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  24.02 
 
 		 663 aa  42.4  0.01  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00808  hypothetical protein  26.2 
 
 		 578 aa  42.4  0.01  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>