62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_3359 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0767  GGDEF domain-containing protein  93.47 
 
 		 337 aa  659    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3359  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 337 aa  701    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3256  GGDEF domain-containing protein  94.36 
 
 		 337 aa  663    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0925  GGDEF domain-containing protein  81.31 
 
 		 335 aa  571  1.0000000000000001e-162  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3668  putative diguanylate cyclase  75.74 
 
 		 338 aa  536  1e-151  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.151579 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3546  putative diguanylate cyclase  75.74 
 
 		 338 aa  537  1e-151  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3477  putative diguanylate cyclase  75.74 
 
 		 338 aa  537  1e-151  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0771  GGDEF domain-containing protein  74.93 
 
 		 326 aa  519  1e-146  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2764  GGDEF domain-containing protein  62.46 
 
 		 325 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0869  diguanylate cyclase  58.86 
 
 		 330 aa  395  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0747  GGDEF domain-containing protein  62.3 
 
 		 318 aa  394  1e-108  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0866  GGDEF domain-containing protein  61.76 
 
 		 336 aa  386  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0778  diguanylate cyclase  33.88 
 
 		 315 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.471594  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0865  diguanylate cyclase  32.57 
 
 		 314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0868  putative diguanylate cyclase  30.74 
 
 		 319 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2765  hypothetical protein  32.72 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0746  diguanylate cyclase  32.48 
 
 		 314 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4068  diguanylate cyclase with GAF sensor  22.86 
 
 		 324 aa  97.1  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1520  GGDEF domain-containing protein  23.51 
 
 		 323 aa  86.3  7e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3341  diguanylate cyclase with GAF sensor  21.71 
 
 		 326 aa  86.3  7e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.326656 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2820  hypothetical protein  24.03 
 
 		 332 aa  85.1  0.000000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1202  GGDEF domain-containing protein  22.41 
 
 		 324 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.952705 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.6 
 
 		 323 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3131  diguanylate cyclase  21.17 
 
 		 328 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388366 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.19 
 
 		 327 aa  60.5  0.00000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0006  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  23.58 
 
 		 557 aa  57.8  0.0000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.37 
 
 		 869 aa  55.8  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1708  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.63 
 
 		 869 aa  55.1  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0241  diguanylate cyclase  26.35 
 
 		 450 aa  52.8  0.000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  24.19 
 
 		 319 aa  51.2  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  25.42 
 
 		 316 aa  51.2  0.00003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  25.4 
 
 		 521 aa  48.5  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  22.33 
 
 		 321 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  22.07 
 
 		 320 aa  47  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2358  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.42 
 
 		 546 aa  46.6  0.0005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0175  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.32 
 
 		 352 aa  47  0.0005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.14726  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2104  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.42 
 
 		 546 aa  47  0.0005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0835719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2241  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.42 
 
 		 546 aa  47  0.0005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.195601  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2118  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  26.42 
 
 		 546 aa  47  0.0005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  25.55 
 
 		 325 aa  47  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  24.35 
 
 		 326 aa  46.6  0.0006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0996  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.77 
 
 		 324 aa  45.8  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.728582 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.55 
 
 		 326 aa  45.8  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5747  diguanylate cyclase  25.64 
 
 		 261 aa  45.1  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  24.59 
 
 		 320 aa  44.7  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02407  GGDEF domain protein  27 
 
 		 503 aa  44.3  0.003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.89 
 
 		 323 aa  44.3  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  22.88 
 
 		 353 aa  44.3  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  23.67 
 
 		 316 aa  43.9  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.69 
 
 		 323 aa  43.9  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2051  diguanylate cyclase  25.47 
 
 		 307 aa  43.9  0.004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2011  diguanylate cyclase  21.64 
 
 		 321 aa  43.5  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0759816  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1887  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.47 
 
 		 544 aa  43.5  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.374169 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2087  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.47 
 
 		 544 aa  43.5  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0768  signal transduction histidine kinase  26.19 
 
 		 383 aa  43.1  0.006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0689  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.12 
 
 		 356 aa  43.1  0.007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2127  response regulator  25.47 
 
 		 544 aa  42.7  0.008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  21.95 
 
 		 471 aa  42.7  0.008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2212  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.47 
 
 		 543 aa  42.7  0.008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  25.5 
 
 		 323 aa  42.7  0.009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  27.59 
 
 		 446 aa  42.7  0.009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4260  diguanylate cyclase  23.45 
 
 		 360 aa  42.7  0.009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860912  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>