More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_0996 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013889  TK90_0996  diguanylate cyclase with GAF sensor  100 
 
 		 324 aa  662    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.728582 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0280  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.74 
 
 		 314 aa  234  2.0000000000000002e-60  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0265413 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3231  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.95 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.458607 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  38.95 
 
 		 750 aa  149  4e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.102862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.74 
 
 		 367 aa  117  3e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.58 
 
 		 326 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  39.41 
 
 		 323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  32.21 
 
 		 325 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2332  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  36.63 
 
 		 960 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.69 
 
 		 1078 aa  111  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4113  diguanylate cyclase  32.33 
 
 		 349 aa  110  3e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0357706 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1003  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.42 
 
 		 538 aa  109  7.000000000000001e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.63 
 
 		 355 aa  108  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 377 aa  108  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  30.08 
 
 		 320 aa  107  3e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 387 aa  105  1e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1469  HD-GYP domain-containing protein  36.76 
 
 		 803 aa  105  1e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0689  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.48 
 
 		 356 aa  104  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  33.91 
 
 		 323 aa  104  3e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2858  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.71 
 
 		 368 aa  103  4e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0640037  hitchhiker  0.00351788 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3263  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.71 
 
 		 368 aa  103  4e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  32.79 
 
 		 342 aa  103  4e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  29.55 
 
 		 374 aa  103  5e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  29.23 
 
 		 316 aa  103  5e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 321 aa  102  6e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1520  GGDEF domain-containing protein  27.65 
 
 		 323 aa  102  8e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3012  diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 428 aa  102  8e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000172152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1382  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  38.12 
 
 		 868 aa  102  8e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0126588  normal  0.259783 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3953  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  36.02 
 
 		 474 aa  102  9e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000778513 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1797  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.28 
 
 		 324 aa  102  9e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.504833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  33.5 
 
 		 316 aa  102  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.48 
 
 		 419 aa  102  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.89 
 
 		 319 aa  101  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  37.72 
 
 		 273 aa  101  2e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.64 
 
 		 424 aa  101  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.13 
 
 		 353 aa  101  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 259 aa  101  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 237 aa  101  2e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 332 aa  101  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2483  putative PAS/PAC sensor protein  35.23 
 
 		 619 aa  101  2e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  38.12 
 
 		 634 aa  100  3e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0210  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  37.5 
 
 		 465 aa  100  3e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.74546  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  37.13 
 
 		 563 aa  100  3e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 368 aa  100  3e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  32.24 
 
 		 342 aa  100  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  27.88 
 
 		 343 aa  100  4e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3217  signal transduction protein  30.17 
 
 		 951 aa  100  4e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00711667  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.28 
 
 		 722 aa  100  4e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  33.14 
 
 		 324 aa  100  5e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  30 
 
 		 234 aa  100  5e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3563  cyclic nucleotide-binding protein  35.22 
 
 		 312 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  34.1 
 
 		 319 aa  99.8  6e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2820  hypothetical protein  28.73 
 
 		 332 aa  99.4  7e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  32.21 
 
 		 650 aa  99.4  7e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  31.69 
 
 		 319 aa  99.8  7e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  37.13 
 
 		 565 aa  99.4  7e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  36.02 
 
 		 568 aa  99.4  8e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1557  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.49 
 
 		 741 aa  99  9e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00814898 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36 
 
 		 550 aa  98.6  1e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5313  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 361 aa  98.6  1e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0327  diguanylate cyclase  36.2 
 
 		 295 aa  98.6  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28640  cyclic di-GMP signal transduction protein  35.93 
 
 		 834 aa  99  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1892  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.37 
 
 		 771 aa  98.6  1e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1067  diguanylate cyclase  31.14 
 
 		 490 aa  98.2  1e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1656  sensory box/response regulator  38.82 
 
 		 420 aa  98.2  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  32.61 
 
 		 377 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3988  two component response regulator  31.6 
 
 		 296 aa  98.2  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0541  diguanylate cyclase  30.22 
 
 		 285 aa  97.8  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.750858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0412  diguanylate cyclase AdrA  29.95 
 
 		 371 aa  98.2  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0453  diguanylate cyclase AdrA  29.95 
 
 		 371 aa  98.2  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  34.21 
 
 		 351 aa  97.8  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1193  diguanylate cyclase  30.71 
 
 		 353 aa  97.8  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 375 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3131  diguanylate cyclase  27.27 
 
 		 328 aa  98.2  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388366 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.93 
 
 		 772 aa  98.2  2e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0302  diguanylate cyclase AdrA  29.95 
 
 		 366 aa  98.2  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0524  diguanylate cyclase  30.22 
 
 		 285 aa  97.4  3e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.87 
 
 		 425 aa  97.4  3e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.141244  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 454 aa  97.4  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  33.19 
 
 		 681 aa  97.4  3e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.16 
 
 		 348 aa  97.4  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  34.88 
 
 		 569 aa  97.4  3e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.16 
 
 		 348 aa  97.4  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  30.6 
 
 		 342 aa  97.4  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 318 aa  97.4  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 328 aa  97.4  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  30.6 
 
 		 342 aa  97.4  3e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0542  diguanylate cyclase  32.66 
 
 		 285 aa  97.4  3e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.41 
 
 		 715 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  34.22 
 
 		 583 aa  97.1  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  31.66 
 
 		 356 aa  97.1  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.24 
 
 		 407 aa  97.1  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  29.95 
 
 		 775 aa  96.7  4e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  34.85 
 
 		 318 aa  97.1  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  37.35 
 
 		 525 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  30.94 
 
 		 611 aa  97.1  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  32.61 
 
 		 381 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0417  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.17 
 
 		 853 aa  96.7  5e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1146  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  34.73 
 
 		 909 aa  96.7  5e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  32.98 
 
 		 439 aa  96.7  5e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>