More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0179 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_0179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  100 
 
 
750 aa  1434    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.102862  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  47.99 
 
 
454 aa  312  1e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  43.39 
 
 
425 aa  288  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  43.63 
 
 
413 aa  268  4e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0137  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  41.42 
 
 
407 aa  266  1e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116698  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  40.27 
 
 
409 aa  258  2e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0172  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  41.28 
 
 
419 aa  258  2e-67  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0212595  normal  0.381945 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0227  diguanylate phosphodiesterase  39.43 
 
 
429 aa  256  1.0000000000000001e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0177  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  41.24 
 
 
419 aa  256  1.0000000000000001e-66  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.44 
 
 
703 aa  244  6e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2139  diguanylate phosphodiesterase  40.67 
 
 
403 aa  242  2e-62  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.067843  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40 
 
 
710 aa  232  2e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0378  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  38.78 
 
 
475 aa  227  6e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.150373  normal  0.0425607 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2421  diguanylate phosphodiesterase  38.87 
 
 
432 aa  224  4e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0356024  normal  0.0553373 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4968  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  41.64 
 
 
447 aa  221  3e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49831  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  54.42 
 
 
402 aa  209  1e-52  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3883  diguanylate phosphodiesterase  41.53 
 
 
442 aa  202  3e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.385825  decreased coverage  0.00073239 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0280  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.74 
 
 
314 aa  199  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0265413 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4110  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  39.68 
 
 
411 aa  199  2.0000000000000003e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  46.52 
 
 
485 aa  183  1e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3231  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.23 
 
 
313 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.458607 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  44.72 
 
 
385 aa  173  7.999999999999999e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  48.37 
 
 
475 aa  171  3e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2526  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  35.71 
 
 
422 aa  166  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0996  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.78 
 
 
324 aa  162  3e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.728582 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4571  diguanylate phosphodiesterase  43.78 
 
 
447 aa  160  6e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.300583 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  42.36 
 
 
410 aa  160  8e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1691  diguanylate phosphodiesterase  48.61 
 
 
366 aa  157  7e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000214274 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3854  diguanylate phosphodiesterase  45.37 
 
 
375 aa  150  1.0000000000000001e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0232  diguanylate phosphodiesterase  39.83 
 
 
352 aa  140  7e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.66 
 
 
883 aa  137  6.0000000000000005e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.24 
 
 
766 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1097  diguanylate phosphodiesterase  40.65 
 
 
456 aa  134  7.999999999999999e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.91 
 
 
753 aa  134  7.999999999999999e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.06 
 
 
773 aa  133  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1731  diguanylate phosphodiesterase  44.7 
 
 
378 aa  133  1.0000000000000001e-29  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.5 
 
 
797 aa  132  3e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.06 
 
 
786 aa  130  6e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3633  diguanylate phosphodiesterase  41.12 
 
 
453 aa  131  6e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  37.4 
 
 
475 aa  130  9.000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2441  diguanylate phosphodiesterase  42.4 
 
 
443 aa  130  1.0000000000000001e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0300  diguanylate phosphodiesterase  43.81 
 
 
362 aa  130  1.0000000000000001e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.907769  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1402  diguanylate phosphodiesterase  42.11 
 
 
372 aa  128  4.0000000000000003e-28  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.281797  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.82 
 
 
590 aa  126  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0529  diguanylate phosphodiesterase  42.06 
 
 
378 aa  126  1e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.907499  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.3 
 
 
611 aa  126  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4614  diguanylate phosphodiesterase  39.55 
 
 
378 aa  125  3e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.24 
 
 
605 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.67 
 
 
632 aa  121  3.9999999999999996e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  37.44 
 
 
306 aa  118  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1803  diguanylate phosphodiesterase  37.74 
 
 
382 aa  118  3e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.507868 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  36.07 
 
 
582 aa  118  5e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  36.32 
 
 
379 aa  117  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.4 
 
 
596 aa  117  6e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  35.66 
 
 
601 aa  117  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  36.67 
 
 
590 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  35.9 
 
 
357 aa  116  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  37.6 
 
 
590 aa  115  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.12 
 
 
584 aa  115  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  37.76 
 
 
592 aa  115  3e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  35.19 
 
 
239 aa  115  3e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.34 
 
 
583 aa  115  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  32.34 
 
 
584 aa  114  5e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.34 
 
 
584 aa  114  5e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.34 
 
 
583 aa  114  6e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.91 
 
 
584 aa  114  7.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.2 
 
 
585 aa  114  9e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5253  diguanylate phosphodiesterase  35.94 
 
 
392 aa  114  9e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.550971 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.34 
 
 
585 aa  114  9e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.34 
 
 
585 aa  114  9e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.34 
 
 
585 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1358  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.72 
 
 
723 aa  113  1.0000000000000001e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.48099  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.97 
 
 
598 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.33 
 
 
943 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0503799  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.02 
 
 
637 aa  111  5e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.36 
 
 
627 aa  110  7.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.09 
 
 
606 aa  110  7.000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.56 
 
 
766 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0330  diguanylate cyclase  25.11 
 
 
433 aa  110  8.000000000000001e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.1 
 
 
612 aa  110  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  39.53 
 
 
332 aa  110  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1774  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.83 
 
 
426 aa  110  1e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  36.52 
 
 
283 aa  110  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  29.46 
 
 
437 aa  109  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5435  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.72 
 
 
675 aa  109  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.620529  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  32.44 
 
 
256 aa  109  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.1 
 
 
612 aa  109  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  31.88 
 
 
409 aa  109  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.68 
 
 
616 aa  108  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.02 
 
 
580 aa  108  3e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0883  diguanylate phosphodiesterase  35.56 
 
 
262 aa  108  3e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.61 
 
 
581 aa  108  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37 
 
 
613 aa  108  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.68 
 
 
616 aa  108  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1941  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.9 
 
 
861 aa  108  5e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1624  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  33.63 
 
 
673 aa  108  5e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0984  response regulator receiver/GGDEF/EAL domain-containing protein  30.22 
 
 
564 aa  107  6e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.56 
 
 
613 aa  107  6e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.35 
 
 
610 aa  107  6e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.56 
 
 
613 aa  107  6e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>