More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3231 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3231  diguanylate cyclase with GAF sensor  100 
 
 		 313 aa  644    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.458607 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0280  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.66 
 
 		 314 aa  246  4e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0265413 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0996  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.74 
 
 		 324 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.728582 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  34.83 
 
 		 750 aa  146  5e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.102862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1202  GGDEF domain-containing protein  29.11 
 
 		 324 aa  116  5e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.952705 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2820  hypothetical protein  31.13 
 
 		 332 aa  115  1.0000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5313  diguanylate cyclase  40.67 
 
 		 361 aa  109  6e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1599  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.68 
 
 		 343 aa  107  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1067  diguanylate cyclase  28.44 
 
 		 490 aa  107  2e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1153  diguanylate cyclase  38.16 
 
 		 299 aa  103  4e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00439515  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3840  putative diguanylate cyclase  27.58 
 
 		 338 aa  102  9e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.93592  normal  0.905889 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4113  diguanylate cyclase  26.92 
 
 		 349 aa  100  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0357706 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1659  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.88 
 
 		 342 aa  100  3e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  37.3 
 
 		 316 aa  100  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  35.29 
 
 		 568 aa  100  5e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.82 
 
 		 367 aa  97.8  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0356  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.18 
 
 		 667 aa  97.8  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.589026  normal  0.448313 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0175  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.66 
 
 		 352 aa  98.2  2e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.14726  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2518  GAF domain/diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  28.7 
 
 		 384 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0071  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.23 
 
 		 336 aa  97.1  4e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1397  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  28.7 
 
 		 341 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.210623  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1849  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.7 
 
 		 341 aa  96.7  5e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1880  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  28.7 
 
 		 384 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2018  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  28.7 
 
 		 384 aa  96.7  5e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000229251  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1839  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.7 
 
 		 341 aa  96.7  5e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.730013  normal  0.326474 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.67 
 
 		 704 aa  95.9  8e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  38.29 
 
 		 1093 aa  95.9  9e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1635  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.15 
 
 		 643 aa  95.5  9e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1569  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.15 
 
 		 643 aa  95.9  9e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01763  predicted diguanylate cyclase  28.26 
 
 		 341 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.623306  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01751  hypothetical protein  28.26 
 
 		 341 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.479957  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  29.44 
 
 		 291 aa  94.7  2e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.83 
 
 		 713 aa  94.7  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5014  response regulator/sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  38.36 
 
 		 719 aa  94  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2185  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.49 
 
 		 777 aa  93.6  3e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.290622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0509  PAS:GGDEF  38.36 
 
 		 719 aa  94  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.93 
 
 		 321 aa  94  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  36.42 
 
 		 688 aa  93.2  4e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3131  diguanylate cyclase  26.23 
 
 		 328 aa  93.6  4e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388366 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.74 
 
 		 505 aa  93.6  4e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1892  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.43 
 
 		 771 aa  93.6  4e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  29.56 
 
 		 341 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2203  PAS:GGDEF  32.79 
 
 		 673 aa  93.2  5e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.239318  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  35.95 
 
 		 323 aa  93.2  5e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  32.03 
 
 		 273 aa  92.8  6e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.4 
 
 		 737 aa  92.8  7e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.51 
 
 		 1107 aa  92.8  7e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.269581  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1078  diguanylate cyclase  38.57 
 
 		 329 aa  92.8  7e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5305  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.79 
 
 		 814 aa  92.4  8e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  31.6 
 
 		 565 aa  92.4  9e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.89 
 
 		 325 aa  92.4  9e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1539  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.06 
 
 		 681 aa  92  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0594257 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  33.65 
 
 		 650 aa  92.4  1e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  29.91 
 
 		 343 aa  92  1e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  32.7 
 
 		 722 aa  91.7  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2024  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.5 
 
 		 665 aa  91.3  2e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1350  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.16 
 
 		 348 aa  90.9  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1779  diguanylate cyclase  32.99 
 
 		 215 aa  91.7  2e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000143574  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3776  diguanylate cyclase  35.76 
 
 		 288 aa  91.3  2e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.369059  normal  0.505117 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1170  hypothetical protein  33.14 
 
 		 768 aa  90.5  3e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  33.14 
 
 		 768 aa  90.5  3e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2451  putative diguanylate cyclase  40 
 
 		 651 aa  90.5  3e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.20107  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3597  diguanylate cyclase  32.98 
 
 		 385 aa  90.9  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  33.5 
 
 		 507 aa  90.5  3e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  33.5 
 
 		 507 aa  90.5  3e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3902  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.2 
 
 		 990 aa  90.5  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3547  diguanylate cyclase  34.21 
 
 		 314 aa  90.5  3e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.928319  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  27.71 
 
 		 325 aa  90.9  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2220  diguanylate cyclase  29.86 
 
 		 362 aa  90.5  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3356  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  37.04 
 
 		 533 aa  90.1  4e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.204674  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0327  diguanylate cyclase  31.94 
 
 		 295 aa  90.1  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.11 
 
 		 326 aa  90.1  4e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  33.56 
 
 		 251 aa  90.1  4e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1014  diguanylate cyclase  32.13 
 
 		 552 aa  89.7  5e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.737518 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1520  GGDEF domain-containing protein  26.2 
 
 		 323 aa  90.1  5e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.83 
 
 		 568 aa  89.7  5e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1075  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.51 
 
 		 758 aa  90.1  5e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.469487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 259 aa  89.7  5e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1227  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.67 
 
 		 434 aa  90.1  5e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1797  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.37 
 
 		 324 aa  90.1  5e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.504833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.5 
 
 		 928 aa  89.7  6e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.575219 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.15 
 
 		 669 aa  89.7  6e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.96 
 
 		 557 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4550  diguanylate cyclase  35.11 
 
 		 496 aa  89.4  7e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3334  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 321 aa  89.4  8e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.798372  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.87 
 
 		 821 aa  89.4  8e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000585262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  27.49 
 
 		 487 aa  89.4  8e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0241  diguanylate cyclase  28.96 
 
 		 450 aa  89  9e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1616  GGDEF domain protein  41.9 
 
 		 358 aa  89  9e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.515769  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  32.67 
 
 		 319 aa  89  9e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4141  diguanylate cyclase  38.03 
 
 		 312 aa  89  9e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274749 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.64 
 
 		 1072 aa  89  9e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.54 
 
 		 523 aa  88.6  1e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03713  hypothetical protein  38.57 
 
 		 816 aa  88.6  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.235814 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2276  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 257 aa  89  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40422  normal  0.360858 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2868  diguanylate cyclase  32.37 
 
 		 293 aa  88.6  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.901439  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2682  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  35.85 
 
 		 596 aa  89  1e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0186  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.67 
 
 		 740 aa  88.6  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.789311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  31.89 
 
 		 764 aa  88.6  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2203  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  31.69 
 
 		 434 aa  88.6  1e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>