More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1153 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1153  diguanylate cyclase  100 
 
 		 299 aa  606  9.999999999999999e-173  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00439515  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  43.31 
 
 		 443 aa  124  2e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1146  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  40 
 
 		 909 aa  106  6e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0530  diguanylate cyclase  39.07 
 
 		 558 aa  105  1e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000155935  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2483  putative PAS/PAC sensor protein  39.19 
 
 		 619 aa  103  2e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3231  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.16 
 
 		 313 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.458607 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3234  diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 295 aa  103  4e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2051  diguanylate cyclase  36.49 
 
 		 307 aa  102  5e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0327  diguanylate cyclase  35.1 
 
 		 295 aa  100  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0645  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 330 aa  101  2e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.669847  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02671  predicted signal transduction protein containing a membrane domain, an EAL and a GGDEF domain  34.5 
 
 		 531 aa  100  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  39.1 
 
 		 414 aa  101  2e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2332  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  34.19 
 
 		 960 aa  101  2e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0726  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 236 aa  100  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.914342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1554  GGDEF domain-containing protein  28.57 
 
 		 729 aa  99.8  4e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00526113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0567  diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 280 aa  98.6  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000656533  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3953  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  39.62 
 
 		 474 aa  98.6  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000778513 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0417  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.49 
 
 		 853 aa  98.6  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1552  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.58 
 
 		 971 aa  98.6  1e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  36.24 
 
 		 316 aa  98.6  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2110  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  36.56 
 
 		 814 aa  97.8  2e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.406671  normal  0.904687 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  34.36 
 
 		 569 aa  98.2  2e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2203  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  40.54 
 
 		 434 aa  97.1  3e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.76 
 
 		 355 aa  97.1  3e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1656  sensory box/response regulator  33.75 
 
 		 420 aa  97.1  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.24 
 
 		 367 aa  96.7  4e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04010  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 556 aa  96.7  4e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000479519  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32350  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  29.41 
 
 		 628 aa  96.7  4e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.32989 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  32.93 
 
 		 342 aa  96.7  4e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2527  diguanylate cyclase  30.97 
 
 		 381 aa  97.1  4e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.060153 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3356  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  31.14 
 
 		 533 aa  96.7  5e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.204674  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  30.63 
 
 		 645 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  32.16 
 
 		 323 aa  96.3  5e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1652  diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 490 aa  96.3  5e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.749875  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  29.41 
 
 		 650 aa  96.3  5e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 356 aa  96.3  5e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1840  metal dependent phosphohydrolase  33.97 
 
 		 540 aa  96.3  6e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6549  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 546 aa  96.3  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.530699 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0493  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.48 
 
 		 431 aa  95.9  7e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000431095 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6137  diguanylate cyclase  30.54 
 
 		 551 aa  95.9  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11555  normal  0.0857113 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0476  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.12 
 
 		 431 aa  95.9  7e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0760  diguanylate cyclase  31.03 
 
 		 495 aa  95.9  7e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.126237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 353 aa  95.9  8e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  33.75 
 
 		 355 aa  95.5  9e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  30.72 
 
 		 645 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0280  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.12 
 
 		 314 aa  95.1  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0265413 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 356 aa  95.5  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 355 aa  94.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  34.3 
 
 		 638 aa  94.4  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 640 aa  94.7  2e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0823  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.25 
 
 		 755 aa  94.7  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0028  diguanylate cyclase  32.37 
 
 		 434 aa  94.4  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.08 
 
 		 482 aa  94.7  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0783  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  37.25 
 
 		 483 aa  94.7  2e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00290712 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0716  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.95 
 
 		 801 aa  94.4  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.317239  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  32.73 
 
 		 493 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1586  diguanylate cyclase  34.87 
 
 		 491 aa  94  3e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  35.44 
 
 		 718 aa  93.6  3e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1034  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 283 aa  94  3e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1583  GGDEF domain-containing protein  36.42 
 
 		 472 aa  93.2  4e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  32.32 
 
 		 342 aa  93.2  4e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  32.32 
 
 		 342 aa  93.2  4e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1797  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.19 
 
 		 324 aa  93.6  4e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.504833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.33 
 
 		 792 aa  93.6  4e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  32.32 
 
 		 368 aa  93.2  5e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1139  GGDEF/GAF/EAL domain-containing protein  34.59 
 
 		 781 aa  93.2  5e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0850133  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  31.21 
 
 		 461 aa  93.2  5e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  34.13 
 
 		 794 aa  93.2  5e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.13 
 
 		 416 aa  93.2  5e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.76 
 
 		 322 aa  92.8  6e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0210  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  34.87 
 
 		 465 aa  92.8  6e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.74546  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1484  diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 615 aa  92.8  6e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2187  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  38 
 
 		 593 aa  92.8  6e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.1316 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  32.28 
 
 		 354 aa  92.8  6e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0627  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 1052 aa  92.8  6e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.256226  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.95 
 
 		 612 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  31.33 
 
 		 630 aa  92.8  6e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  33.96 
 
 		 351 aa  92.4  8e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  36.84 
 
 		 385 aa  92.4  8e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  38.85 
 
 		 1073 aa  92.4  8e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  32.74 
 
 		 340 aa  92.4  8e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1780  diguanylate cyclase  31.52 
 
 		 334 aa  92.4  8e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0780  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.29 
 
 		 520 aa  92.4  9e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0195559  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  32.24 
 
 		 775 aa  92.4  9e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  34.88 
 
 		 836 aa  92.4  9e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.72 
 
 		 716 aa  92  9e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1980  diguanylate cyclase  31.52 
 
 		 334 aa  92.4  9e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.664985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.11 
 
 		 332 aa  91.7  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  31.76 
 
 		 653 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0117  diguanylate cyclase  30.04 
 
 		 443 aa  91.7  1e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.35 
 
 		 531 aa  92  1e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0817  diguanylate cyclase  31.9 
 
 		 560 aa  92  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.76 
 
 		 438 aa  92  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000169909  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  32.32 
 
 		 342 aa  92  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1898  diguanylate cyclase  34.59 
 
 		 300 aa  91.7  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.693267 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0996  sensory box protein  34.68 
 
 		 599 aa  92  1e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.133788  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.22 
 
 		 728 aa  92  1e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  32.32 
 
 		 342 aa  92  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1892  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.78 
 
 		 771 aa  92  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0266  diguanylate cyclase  33.77 
 
 		 1195 aa  91.7  1e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>