More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_0567 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011830  Dhaf_0567  diguanylate cyclase  100 
 
 
280 aa  577  1e-164  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000656533  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0210  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  36.22 
 
 
465 aa  115  6e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.74546  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3459  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.23 
 
 
503 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01100  sensory box/GGDEF family protein  30.97 
 
 
798 aa  112  5e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0996  sensory box protein  35.42 
 
 
599 aa  112  6e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.133788  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2408  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  43.03 
 
 
623 aa  111  1.0000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2483  putative PAS/PAC sensor protein  39.26 
 
 
619 aa  111  1.0000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3953  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  39.05 
 
 
474 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000778513 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1469  HD-GYP domain-containing protein  36.78 
 
 
803 aa  110  2.0000000000000002e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1146  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  40.34 
 
 
909 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1227  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.18 
 
 
434 aa  108  7.000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3190  diguanylate cyclase  35.48 
 
 
852 aa  107  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.43423  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0011  putative PAS/PAC sensor protein  34.83 
 
 
526 aa  106  3e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.140902  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1797  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.71 
 
 
324 aa  106  3e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.504833  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0823  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.75 
 
 
755 aa  106  5e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1164  putative sensory box-containing diguanylate cyclase  39.36 
 
 
599 aa  106  5e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0260621  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0493  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.63 
 
 
431 aa  105  6e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000431095 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02671  predicted signal transduction protein containing a membrane domain, an EAL and a GGDEF domain  34.94 
 
 
531 aa  105  8e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2332  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  36.21 
 
 
960 aa  105  9e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2447  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.8 
 
 
409 aa  105  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1653  guanylate cyclase  38.69 
 
 
433 aa  103  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.181095  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1552  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.96 
 
 
971 aa  104  2e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  39.38 
 
 
443 aa  103  3e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0476  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.87 
 
 
431 aa  103  3e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0429  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.93 
 
 
431 aa  103  3e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.320682  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.81 
 
 
646 aa  102  5e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.16 
 
 
425 aa  102  5e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.141244  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5027  diguanylate cyclase  29.03 
 
 
511 aa  102  7e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00146461  normal  0.392171 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1899  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.27 
 
 
616 aa  102  7e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.764058  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.71 
 
 
438 aa  102  9e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000169909  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1892  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.02 
 
 
771 aa  102  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2835  diguanylate cyclase  38.24 
 
 
231 aa  101  1e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.95 
 
 
821 aa  101  1e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1656  sensory box/response regulator  35.26 
 
 
420 aa  100  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0780  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.92 
 
 
520 aa  100  2e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0195559  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.44 
 
 
708 aa  100  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0245048  normal  0.0798721 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1917  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  36.21 
 
 
419 aa  100  3e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0589316 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0417  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.64 
 
 
853 aa  100  3e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0169  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  38.51 
 
 
681 aa  100  3e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4425  GGDEF family protein  37.42 
 
 
435 aa  99.8  4e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7005  GGDEF family protein  34.78 
 
 
568 aa  100  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1920  diguanylate cyclase  34.52 
 
 
893 aa  99.8  5e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2187  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  34.08 
 
 
593 aa  99.8  5e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.1316 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2110  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  35.71 
 
 
814 aa  99  7e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.406671  normal  0.904687 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0538  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.67 
 
 
860 aa  99  7e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.883741  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5454  RNase II stability modulator  30.42 
 
 
689 aa  99.4  7e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0771  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.67 
 
 
880 aa  99  7e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.23 
 
 
772 aa  99  7e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3791  diguanylate cyclase  38.32 
 
 
572 aa  99.4  7e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24270  PAS domain S-box/diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  32.16 
 
 
292 aa  99  8e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1006  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.71 
 
 
730 aa  99  8e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.43603  normal  0.0272546 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  35.44 
 
 
532 aa  99  8e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1153  diguanylate cyclase  34.57 
 
 
299 aa  98.6  9e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00439515  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0964  diguanylate cyclase  38.41 
 
 
778 aa  98.2  1e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5279  RNase II stability modulator  28.57 
 
 
666 aa  98.6  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.164085  normal  0.0978812 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3660  hypothetical protein  33.93 
 
 
491 aa  98.6  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.165778 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0006  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.67 
 
 
557 aa  98.6  1e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.73 
 
 
416 aa  98.6  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1137  diguanylate cyclase  30.58 
 
 
721 aa  98.2  1e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0306516  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2269  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.74 
 
 
659 aa  97.8  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.86 
 
 
469 aa  97.8  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1166  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.55 
 
 
780 aa  97.8  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.06 
 
 
416 aa  97.4  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1152  RNase II stability modulator  28.9 
 
 
667 aa  97.4  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.584939 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1840  metal dependent phosphohydrolase  35.64 
 
 
540 aa  97.4  2e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.04 
 
 
1078 aa  97.4  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.71 
 
 
833 aa  97.8  2e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.83 
 
 
610 aa  97.1  3e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.52 
 
 
730 aa  97.1  3e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  34.68 
 
 
569 aa  96.7  3e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.42 
 
 
319 aa  97.1  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.25 
 
 
457 aa  97.1  3e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6137  diguanylate cyclase  34.94 
 
 
551 aa  96.7  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11555  normal  0.0857113 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  35.71 
 
 
362 aa  96.7  4e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0017  diguanylate cyclase  39.1 
 
 
376 aa  96.7  4e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156955  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2151  diguanylate cyclase  36.54 
 
 
275 aa  96.7  4e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0517711 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2883  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.8 
 
 
849 aa  96.7  4e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.483333  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.85 
 
 
550 aa  96.3  5e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0138  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.3 
 
 
1338 aa  95.9  6e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0918  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 
297 aa  95.9  6e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0046e-32 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.7 
 
 
512 aa  96.3  6e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  37.04 
 
 
439 aa  95.9  7e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3328  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.59 
 
 
297 aa  95.9  7e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.27 
 
 
531 aa  95.5  9e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0383  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.87 
 
 
746 aa  95.5  9e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  33.54 
 
 
340 aa  94.7  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2443  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  36.75 
 
 
912 aa  95.1  1e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1694  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  35.84 
 
 
579 aa  95.1  1e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1269  diguanylate cyclase  34.19 
 
 
287 aa  95.1  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0289  diguanylate cyclase  33.74 
 
 
389 aa  94.7  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1783  diguanylate cyclase  36.02 
 
 
253 aa  94.7  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.203678  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000161  GGDEF family protein  27.99 
 
 
652 aa  95.1  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.46573  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  35.67 
 
 
527 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.93 
 
 
312 aa  94.4  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3344  PAS sensor diguanylate cyclase  32.14 
 
 
490 aa  94.4  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_2995  diguanylate cyclase  32.14 
 
 
490 aa  94.4  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.894435  normal  0.267254 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  33.72 
 
 
1637 aa  94.4  2e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2489  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
836 aa  94  2e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0147  membrane associated GGDEF protein  37.5 
 
 
487 aa  94.4  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.317347  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2203  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.39 
 
 
554 aa  94  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0309516  normal  0.310474 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>