More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_2995 on replicon NC_009050
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009050  Rsph17029_2995  diguanylate cyclase  100 
 
 
490 aa  1006    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.894435  normal  0.267254 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3344  PAS sensor diguanylate cyclase  99.39 
 
 
490 aa  999    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3660  hypothetical protein  84.66 
 
 
491 aa  863    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.165778 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3313  diguanylate cyclase  62.02 
 
 
481 aa  614  1e-175  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.64418  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1745  diguanylate cyclase  61.21 
 
 
495 aa  589  1e-167  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0113833  normal  0.32782 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4938  diguanylate cyclase  60.63 
 
 
492 aa  590  1e-167  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0911189  normal  0.262265 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1857  diguanylate cyclase  59.74 
 
 
490 aa  570  1e-161  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3602  diguanylate cyclase  56.09 
 
 
490 aa  541  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.926489  normal  0.921669 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4679  diguanylate cyclase  56.09 
 
 
490 aa  541  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.882516  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2462  PAS:GGDEF  56.12 
 
 
489 aa  521  1e-146  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0867  diguanylate cyclase  55.72 
 
 
492 aa  504  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6017  diguanylate cyclase  52.41 
 
 
487 aa  488  1e-136  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.817208  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1895  diguanylate cyclase  51.39 
 
 
515 aa  483  1e-135  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.175233  normal  0.282875 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5335  diguanylate cyclase  52.19 
 
 
489 aa  481  1e-134  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1631  diguanylate cyclase  35.35 
 
 
509 aa  271  2e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.646113  normal  0.429495 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0493  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.46 
 
 
431 aa  151  3e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000431095 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0476  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.9 
 
 
431 aa  144  3e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1656  sensory box/response regulator  37.99 
 
 
420 aa  137  4e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0689  putative PAS/PAC sensor protein  39.06 
 
 
836 aa  136  9.999999999999999e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000235898 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1917  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  37.23 
 
 
419 aa  134  3e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0589316 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0417  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.21 
 
 
853 aa  133  6e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1146  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  39.88 
 
 
909 aa  133  9e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0210  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  43.03 
 
 
465 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.74546  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2483  putative PAS/PAC sensor protein  40.36 
 
 
619 aa  131  3e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3459  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.01 
 
 
503 aa  127  3e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.3 
 
 
425 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.141244  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0823  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.48 
 
 
755 aa  127  6e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0011  putative PAS/PAC sensor protein  38.1 
 
 
526 aa  122  9.999999999999999e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.140902  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0771  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.85 
 
 
880 aa  120  4.9999999999999996e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0538  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.85 
 
 
860 aa  120  4.9999999999999996e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.883741  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2051  diguanylate cyclase  39.05 
 
 
307 aa  119  9e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1892  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.92 
 
 
771 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.45 
 
 
438 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000169909  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2332  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  39.51 
 
 
960 aa  117  6e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1552  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36 
 
 
971 aa  117  6e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2110  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  35.12 
 
 
814 aa  115  2.0000000000000002e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.406671  normal  0.904687 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2264  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  38.85 
 
 
719 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000689674  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2203  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  33.77 
 
 
434 aa  114  3e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0783  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  37.35 
 
 
483 aa  114  3e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00290712 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.99 
 
 
686 aa  112  1.0000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3953  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  36.31 
 
 
474 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000778513 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2408  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  39.88 
 
 
623 aa  111  3e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1469  HD-GYP domain-containing protein  36.53 
 
 
803 aa  111  3e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1899  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.68 
 
 
616 aa  110  5e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.764058  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0383  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.92 
 
 
746 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2213  GGDEF domain-containing protein  36.61 
 
 
641 aa  108  3e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.658691  normal  0.864608 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2443  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  36.2 
 
 
912 aa  107  5e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0689  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40 
 
 
723 aa  107  6e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.452404 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2187  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  34.34 
 
 
593 aa  107  7e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.1316 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.98 
 
 
712 aa  106  8e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2835  diguanylate cyclase  40.12 
 
 
231 aa  106  8e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0138  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.89 
 
 
1338 aa  106  9e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0327  diguanylate cyclase  37.58 
 
 
295 aa  105  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0780  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.5 
 
 
520 aa  106  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0195559  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2450  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  35.03 
 
 
617 aa  105  2e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.85 
 
 
1248 aa  105  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4565  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  35.26 
 
 
833 aa  104  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0183003  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0665  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.35 
 
 
727 aa  103  6e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.545647  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1166  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.88 
 
 
780 aa  103  8e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  37.18 
 
 
332 aa  102  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2883  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.08 
 
 
849 aa  102  1e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.483333  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0429  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.39 
 
 
431 aa  102  1e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.320682  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1840  metal dependent phosphohydrolase  32.98 
 
 
540 aa  102  2e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0996  sensory box protein  32.72 
 
 
599 aa  102  2e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.133788  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.32 
 
 
1078 aa  102  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3356  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  36.09 
 
 
533 aa  101  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.204674  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.76 
 
 
772 aa  100  4e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1475  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 
471 aa  100  4e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0169  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  33.93 
 
 
681 aa  100  5e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1694  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  26.94 
 
 
579 aa  100  5e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.14 
 
 
1965 aa  100  5e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2407  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  35.33 
 
 
758 aa  100  6e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5207  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.31 
 
 
822 aa  98.6  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.097356 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.06 
 
 
1212 aa  98.6  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.76 
 
 
646 aa  98.6  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0028  diguanylate cyclase  35.84 
 
 
434 aa  99  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.94 
 
 
610 aa  99  2e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.57 
 
 
768 aa  99  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1137  diguanylate cyclase  35.58 
 
 
721 aa  98.6  2e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0306516  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01021  sensory box/GGDEF/EAL domain protein  28.38 
 
 
1392 aa  98.2  3e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1593  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.2 
 
 
706 aa  98.6  3e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1688  diguanylate cyclase  33.65 
 
 
546 aa  98.2  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3854  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.17 
 
 
516 aa  98.2  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.353141  normal  0.927825 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1797  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.58 
 
 
324 aa  98.2  3e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.504833  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  33.53 
 
 
424 aa  98.2  3e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  32.98 
 
 
398 aa  97.8  4e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2203  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.21 
 
 
554 aa  97.8  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0309516  normal  0.310474 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5214  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.13 
 
 
1039 aa  97.4  5e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.52 
 
 
457 aa  97.4  5e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3629  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.71 
 
 
850 aa  97.4  5e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.739626 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.25 
 
 
516 aa  97.4  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.44489 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  32.52 
 
 
305 aa  97.4  5e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4265  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  34.91 
 
 
539 aa  97.1  6e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.12 
 
 
823 aa  97.1  6e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.655002 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3722  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.59 
 
 
727 aa  97.1  6e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.65 
 
 
715 aa  97.1  7e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4259  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.89 
 
 
819 aa  96.7  8e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.784351  normal  0.958202 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4198  diguanylate cyclase  30.48 
 
 
514 aa  96.7  9e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0953262  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3923  sensory box protein  30.8 
 
 
297 aa  96.3  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37050  PAS domain S-box/diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  35.14 
 
 
919 aa  95.9  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.790153  normal  0.0286025 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>