More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_24270 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013165  Shel_24270  PAS domain S-box/diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  100 
 
 
292 aa  607  1e-173  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1917  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  28.31 
 
 
419 aa  125  1e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0589316 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4876  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.78 
 
 
730 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.735464 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  27.37 
 
 
451 aa  120  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1164  putative sensory box-containing diguanylate cyclase  28.42 
 
 
599 aa  120  3e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0260621  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0476  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.22 
 
 
431 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.09 
 
 
324 aa  119  9e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1656  sensory box/response regulator  27.27 
 
 
420 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3843  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.87 
 
 
407 aa  116  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000804532 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0493  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.5 
 
 
431 aa  115  8.999999999999998e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000431095 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  25.27 
 
 
548 aa  112  8.000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1510  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  28.28 
 
 
581 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.865852  normal  0.193576 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0783  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  30.7 
 
 
483 aa  110  4.0000000000000004e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00290712 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  24.57 
 
 
843 aa  109  5e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0210  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  29.05 
 
 
465 aa  109  5e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.74546  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0538  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.53 
 
 
860 aa  108  9.000000000000001e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.883741  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  26.35 
 
 
579 aa  108  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  28.5 
 
 
332 aa  107  3e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0996  sensory box protein  28.03 
 
 
599 aa  106  5e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.133788  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1421  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31 
 
 
724 aa  106  6e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.402676  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.05 
 
 
425 aa  105  8e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.141244  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0780  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36 
 
 
520 aa  105  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0195559  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32 
 
 
646 aa  104  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  26.07 
 
 
321 aa  105  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  24.65 
 
 
424 aa  105  1e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0771  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.53 
 
 
880 aa  104  2e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3459  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.69 
 
 
503 aa  104  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  26.91 
 
 
1037 aa  103  3e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3153  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.68 
 
 
842 aa  103  3e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.256561  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0417  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.09 
 
 
853 aa  102  5e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1260  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.16 
 
 
423 aa  102  7e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  22.5 
 
 
419 aa  102  7e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2462  PAS:GGDEF  36.42 
 
 
489 aa  102  8e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  26.04 
 
 
492 aa  102  8e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0312  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.77 
 
 
454 aa  101  1e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  24.12 
 
 
416 aa  101  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4265  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  28.7 
 
 
539 aa  101  1e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  26.51 
 
 
425 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  28.57 
 
 
420 aa  100  2e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3370  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.02 
 
 
860 aa  100  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.742202  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1343  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.12 
 
 
859 aa  101  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0844288  hitchhiker  0.00464954 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0138  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.23 
 
 
1338 aa  100  3e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1840  metal dependent phosphohydrolase  34.27 
 
 
540 aa  100  3e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  28.37 
 
 
415 aa  100  4e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1834  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.09 
 
 
571 aa  100  4e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000228382  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.1 
 
 
438 aa  100  4e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000169909  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0327  diguanylate cyclase  29.83 
 
 
295 aa  99.8  5e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0429  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.22 
 
 
431 aa  99.4  6e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.320682  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1469  HD-GYP domain-containing protein  32.45 
 
 
803 aa  99.4  6e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.81 
 
 
352 aa  99  8e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0536  diguanylate cyclase  34.94 
 
 
369 aa  99  9e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.190341  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0567  diguanylate cyclase  32.16 
 
 
280 aa  99  9e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000656533  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2224  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  25.82 
 
 
500 aa  98.6  1e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000178543  decreased coverage  1.10821e-21 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  34.18 
 
 
485 aa  98.6  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0823  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.85 
 
 
755 aa  98.2  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3905  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.91 
 
 
893 aa  97.8  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.801054  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  32.12 
 
 
486 aa  97.8  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0926  sensory box protein  28.31 
 
 
1063 aa  98.2  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3792  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.91 
 
 
893 aa  97.8  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.226695 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.16 
 
 
568 aa  97.1  3e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  34.25 
 
 
486 aa  97.4  3e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2187  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  30 
 
 
593 aa  97.1  3e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.1316 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  33.15 
 
 
485 aa  97.1  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  30.29 
 
 
237 aa  97.1  3e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  26.21 
 
 
418 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2443  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  27.78 
 
 
912 aa  96.3  5e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  23.68 
 
 
416 aa  96.3  5e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  31.52 
 
 
486 aa  96.7  5e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  31.52 
 
 
486 aa  96.7  5e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  31.52 
 
 
486 aa  96.3  6e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.96 
 
 
407 aa  95.9  6e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
443 aa  95.9  7e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  24.63 
 
 
791 aa  95.9  7e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0666  sensory box-containing diguanylate cyclase  30.65 
 
 
855 aa  95.9  7e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  30.99 
 
 
357 aa  95.5  8e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0732  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.11 
 
 
446 aa  95.5  9e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0225  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.16 
 
 
325 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6160  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.78 
 
 
1007 aa  94.7  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1899  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.53 
 
 
616 aa  95.1  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.764058  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.61 
 
 
482 aa  95.1  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1797  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.27 
 
 
324 aa  95.1  1e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.504833  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1857  diguanylate cyclase  28.69 
 
 
490 aa  94.7  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0867  diguanylate cyclase  35.12 
 
 
492 aa  94.7  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.77 
 
 
743 aa  95.1  1e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  30.9 
 
 
485 aa  95.1  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0737  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.96 
 
 
855 aa  94.4  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  31.52 
 
 
485 aa  94.7  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  29.63 
 
 
336 aa  94  2e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1917  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.26 
 
 
1028 aa  94.4  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  30.94 
 
 
485 aa  94.7  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.73 
 
 
312 aa  94.7  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28640  cyclic di-GMP signal transduction protein  32.77 
 
 
834 aa  94  3e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.13 
 
 
512 aa  93.6  3e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3248  diguanylate cyclase  32.93 
 
 
420 aa  94  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.56 
 
 
594 aa  93.6  3e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1146  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  31.91 
 
 
909 aa  94  3e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0537  sensory box/GGDEF family protein  27.18 
 
 
682 aa  93.2  4e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2526  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.35 
 
 
715 aa  93.2  4e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.263284  normal  0.0502692 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  27.81 
 
 
532 aa  93.6  4e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0466  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.38 
 
 
878 aa  93.2  4e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.373706  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>