More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_0207 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 		 833 aa  1691    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2489  diguanylate cyclase  59.15 
 
 		 836 aa  985    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3190  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 852 aa  588  1e-166  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.43423  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3012  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.01 
 
 		 833 aa  479  1e-133  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.13 
 
 		 419 aa  120  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1137  diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 721 aa  118  3.9999999999999997e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0306516  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.84 
 
 		 686 aa  116  1.0000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 401 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 432 aa  115  3e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 432 aa  115  4.0000000000000004e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 227 aa  115  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 659 aa  114  5e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 476 aa  114  6e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  35.96 
 
 		 457 aa  114  7.000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  25.88 
 
 		 649 aa  114  9e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.27 
 
 		 424 aa  114  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.99 
 
 		 301 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 307 aa  113  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.44 
 
 		 751 aa  113  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  32.83 
 
 		 620 aa  113  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 378 aa  113  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.75 
 
 		 578 aa  112  3e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.9 
 
 		 302 aa  112  3e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.76 
 
 		 505 aa  112  3e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 459 aa  112  3e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 494 aa  112  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.76 
 
 		 531 aa  111  4.0000000000000004e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  34.62 
 
 		 368 aa  111  4.0000000000000004e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 310 aa  111  5e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  31.19 
 
 		 420 aa  111  5e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 373 aa  110  8.000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.16 
 
 		 564 aa  110  8.000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0219  hypothetical protein  29.88 
 
 		 292 aa  110  1e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0219  hypothetical protein  30.29 
 
 		 292 aa  110  1e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.2 
 
 		 791 aa  110  1e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.26 
 
 		 612 aa  110  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2527  diguanylate cyclase  40.13 
 
 		 381 aa  110  1e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.060153 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.21 
 
 		 796 aa  110  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 494 aa  110  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.95 
 
 		 663 aa  109  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  40 
 
 		 495 aa  109  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1747  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.69 
 
 		 792 aa  110  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.68507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0031  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 501 aa  109  3e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0530472  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0619  response regulator receiver protein  37.57 
 
 		 378 aa  109  3e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.61 
 
 		 1072 aa  108  4e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  37.84 
 
 		 332 aa  108  4e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 443 aa  108  4e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  36.1 
 
 		 455 aa  108  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  33.91 
 
 		 323 aa  108  5e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4789  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  35.09 
 
 		 795 aa  108  5e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0663494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  35.52 
 
 		 1037 aa  108  5e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  40.48 
 
 		 301 aa  108  5e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0701  diguanylate cyclase  44.07 
 
 		 650 aa  108  6e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.291224  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  35.58 
 
 		 273 aa  107  7e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.46 
 
 		 469 aa  107  7e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5213  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.81 
 
 		 813 aa  107  7e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000504339  normal  0.176333 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.41 
 
 		 730 aa  107  8e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 368 aa  107  8e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0335  PAS sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.33 
 
 		 979 aa  107  8e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000621491  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  33.69 
 
 		 471 aa  107  8e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  35.5 
 
 		 328 aa  107  9e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3581  GGDEF domain-containing protein  27.56 
 
 		 312 aa  107  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 237 aa  107  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3536  GGDEF domain-containing protein  36.97 
 
 		 536 aa  107  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  34.13 
 
 		 492 aa  107  1e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3791  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 572 aa  107  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  35.58 
 
 		 565 aa  107  1e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.85 
 
 		 312 aa  106  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1099  response regulator receiver domain-containing protein  37.95 
 
 		 390 aa  106  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.076371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  39.1 
 
 		 736 aa  107  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 465 aa  106  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  34.1 
 
 		 316 aa  106  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000161  GGDEF family protein  28.76 
 
 		 652 aa  106  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.46573  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 637 aa  106  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  36.76 
 
 		 335 aa  106  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 483 aa  106  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  35.84 
 
 		 620 aa  106  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.75 
 
 		 769 aa  106  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  40 
 
 		 603 aa  105  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.26 
 
 		 407 aa  106  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 680 aa  105  3e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.36 
 
 		 772 aa  105  3e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 532 aa  105  3e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 1099 aa  105  3e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  38.06 
 
 		 565 aa  105  3e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  37.58 
 
 		 346 aa  105  3e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2629  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.6 
 
 		 607 aa  105  3e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.66 
 
 		 916 aa  105  4e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0127578 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  46.72 
 
 		 1644 aa  105  4e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05432  hypothetical protein  39.11 
 
 		 915 aa  105  4e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  36.41 
 
 		 502 aa  105  4e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.33 
 
 		 803 aa  105  4e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2008  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.32 
 
 		 491 aa  105  4e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.635303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.66 
 
 		 916 aa  105  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.97 
 
 		 335 aa  105  4e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 498 aa  105  4e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.04 
 
 		 710 aa  105  4e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 555 aa  105  4e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.04 
 
 		 884 aa  105  5e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.39821  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 650 aa  104  5e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>