More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_2489 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  59.15 
 
 		 833 aa  965    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2489  diguanylate cyclase  100 
 
 		 836 aa  1707    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3190  diguanylate cyclase  42.72 
 
 		 852 aa  640    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.43423  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3012  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.06 
 
 		 833 aa  509  1e-143  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0335  PAS sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.13 
 
 		 979 aa  125  3e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000621491  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.95 
 
 		 424 aa  124  6e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  29.73 
 
 		 425 aa  122  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.34 
 
 		 730 aa  122  3e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 432 aa  122  3.9999999999999996e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  40.51 
 
 		 368 aa  121  6e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.37 
 
 		 419 aa  121  6e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  28.27 
 
 		 659 aa  120  7e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 432 aa  120  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.08 
 
 		 301 aa  119  3e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  42.95 
 
 		 443 aa  118  5e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.64 
 
 		 505 aa  117  6e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  32.36 
 
 		 418 aa  117  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  32.99 
 
 		 420 aa  116  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1358  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.43 
 
 		 685 aa  116  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000161  GGDEF family protein  28.44 
 
 		 652 aa  116  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.46573  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.87 
 
 		 772 aa  116  2.0000000000000002e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  37.33 
 
 		 455 aa  115  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.78 
 
 		 612 aa  115  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  41.34 
 
 		 492 aa  115  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  36.82 
 
 		 307 aa  115  4.0000000000000004e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  41.34 
 
 		 492 aa  115  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4789  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  37.29 
 
 		 795 aa  114  6e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0663494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  33.94 
 
 		 689 aa  114  6e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 494 aa  114  7.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 494 aa  114  8.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1137  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 721 aa  114  8.000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0306516  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.51 
 
 		 791 aa  114  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  39.34 
 
 		 494 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  40.72 
 
 		 457 aa  113  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2629  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.66 
 
 		 607 aa  113  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  44.3 
 
 		 301 aa  113  1.0000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  26.72 
 
 		 649 aa  113  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3727  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.53 
 
 		 748 aa  113  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2447  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.44 
 
 		 409 aa  113  2.0000000000000002e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.83 
 
 		 469 aa  112  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 611 aa  112  3e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  41.67 
 
 		 1644 aa  112  3e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 378 aa  112  3e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  33.83 
 
 		 637 aa  112  3e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  40 
 
 		 738 aa  112  4.0000000000000004e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.57 
 
 		 817 aa  111  5e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.11 
 
 		 769 aa  111  5e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.43 
 
 		 610 aa  111  6e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 459 aa  111  6e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  30.92 
 
 		 368 aa  111  6e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 620 aa  111  6e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 650 aa  111  6e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  36.76 
 
 		 457 aa  110  8.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 342 aa  110  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 327 aa  110  9.000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  43.05 
 
 		 559 aa  110  9.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 342 aa  110  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.42 
 
 		 1000 aa  110  1e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3954  PAS:GGDEF:hemerythrin HHE cation binding region  34.43 
 
 		 667 aa  110  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.567366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 510 aa  110  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  37.43 
 
 		 316 aa  110  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.89 
 
 		 1072 aa  109  2e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 492 aa  110  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0634  response regulator  42.21 
 
 		 470 aa  109  2e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00145352  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 492 aa  109  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  36.71 
 
 		 492 aa  109  2e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 732 aa  110  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1183  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.48 
 
 		 722 aa  109  2e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 342 aa  109  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 510 aa  110  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 492 aa  109  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  25.6 
 
 		 768 aa  110  2e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  32.88 
 
 		 237 aa  109  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1579  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.47 
 
 		 324 aa  109  2e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 492 aa  109  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 510 aa  110  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  29.58 
 
 		 1006 aa  109  2e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 476 aa  109  2e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4930  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.21 
 
 		 887 aa  108  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.221023 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3853  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.21 
 
 		 902 aa  108  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.769639  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.24 
 
 		 803 aa  108  4e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2008  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.89 
 
 		 491 aa  108  4e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.635303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.11 
 
 		 457 aa  108  4e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  34.13 
 
 		 342 aa  108  4e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3722  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.47 
 
 		 727 aa  108  4e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1382  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.44 
 
 		 889 aa  108  4e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.231857  normal  0.133175 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 342 aa  108  4e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  36.76 
 
 		 1076 aa  108  5e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 539 aa  108  5e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 227 aa  108  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2220  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.47 
 
 		 971 aa  108  5e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00060546  normal  0.0976665 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0437  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.29 
 
 		 659 aa  108  6e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  36.75 
 
 		 510 aa  108  6e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5143  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.74 
 
 		 643 aa  107  7e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.248831  normal  0.87155 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.49 
 
 		 975 aa  107  7e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0954  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 502 aa  107  7e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0641916  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 680 aa  107  7e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5027  diguanylate cyclase  32.5 
 
 		 511 aa  107  7e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00146461  normal  0.392171 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0530  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  35.97 
 
 		 795 aa  107  7e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 465 aa  107  8e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>