More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_32350 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_32350  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  100 
 
 		 628 aa  1247    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.32989 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0658  diguanylate cyclase  54.55 
 
 		 547 aa  559  1e-158  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1665  diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 530 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.772741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 696 aa  128  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  44.72 
 
 		 642 aa  128  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  37.37 
 
 		 518 aa  127  5e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  42.86 
 
 		 668 aa  127  5e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1657  diguanylate cyclase  31.87 
 
 		 530 aa  127  6e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.22349 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0096  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 555 aa  127  8.000000000000001e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 559 aa  126  1e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  43.12 
 
 		 690 aa  125  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.83 
 
 		 448 aa  125  2e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  41.03 
 
 		 457 aa  125  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 645 aa  125  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  42.24 
 
 		 671 aa  125  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  42.08 
 
 		 460 aa  124  4e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  40 
 
 		 355 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.45 
 
 		 890 aa  124  7e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  41.11 
 
 		 418 aa  124  7e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.45 
 
 		 890 aa  124  7e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  43.48 
 
 		 645 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  37.19 
 
 		 355 aa  123  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 614 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  38.5 
 
 		 461 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 615 aa  122  3e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 352 aa  122  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 461 aa  121  3e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  42.19 
 
 		 608 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 354 aa  120  6e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 355 aa  120  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  38.12 
 
 		 457 aa  120  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0261  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 463 aa  120  7.999999999999999e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.3078  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  39.56 
 
 		 355 aa  120  9e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 354 aa  119  9.999999999999999e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  43.56 
 
 		 306 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  35.6 
 
 		 530 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.37 
 
 		 728 aa  119  1.9999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 555 aa  119  1.9999999999999998e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  36.79 
 
 		 298 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  43.56 
 
 		 307 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.06 
 
 		 519 aa  118  3e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 653 aa  118  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.54 
 
 		 843 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 314 aa  117  3.9999999999999997e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 343 aa  117  5e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.46 
 
 		 716 aa  117  6e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  38 
 
 		 461 aa  117  6.9999999999999995e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 532 aa  117  6.9999999999999995e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 521 aa  117  6.9999999999999995e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  41.07 
 
 		 448 aa  117  6.9999999999999995e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  38 
 
 		 456 aa  117  6.9999999999999995e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  37.57 
 
 		 457 aa  117  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.71 
 
 		 901 aa  117  7.999999999999999e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  40.48 
 
 		 457 aa  117  8.999999999999998e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  38.34 
 
 		 351 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  39.41 
 
 		 328 aa  116  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 486 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 322 aa  116  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 486 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0005  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 520 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.379493  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  36.55 
 
 		 342 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  36.55 
 
 		 342 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2249  response regulator/GGDEF domain-containing protein  41.38 
 
 		 400 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 753 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  37.02 
 
 		 457 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 486 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 554 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 486 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.04 
 
 		 772 aa  115  2.0000000000000002e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.71 
 
 		 557 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 718 aa  115  3e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  37.93 
 
 		 1073 aa  115  3e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 353 aa  115  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  36.55 
 
 		 342 aa  115  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  38.54 
 
 		 466 aa  115  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 485 aa  115  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  38.89 
 
 		 425 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.37 
 
 		 905 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 504 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 342 aa  114  4.0000000000000004e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 382 aa  114  5e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  43.03 
 
 		 308 aa  114  5e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.77 
 
 		 324 aa  114  5e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 360 aa  114  5e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2619  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 471 aa  114  5e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.912775  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 354 aa  114  5e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 471 aa  114  5e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 342 aa  114  5e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 536 aa  114  5e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1658  putative sensory box-containing diguanylate cyclase  44.07 
 
 		 693 aa  114  6e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000881395  normal  0.485091 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 794 aa  114  6e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2856  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 568 aa  114  6e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.592717 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4028  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 447 aa  114  6e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 532 aa  114  6e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2470  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.07 
 
 		 693 aa  114  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000343207  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2374  putative sensory box-containing diguanylate cyclase  44.07 
 
 		 693 aa  114  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000185954  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  41.09 
 
 		 381 aa  114  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  38.75 
 
 		 565 aa  114  7.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  38.3 
 
 		 457 aa  114  7.000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 278 aa  113  9e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>