More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0005 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0005  diguanylate cyclase  100 
 
 		 520 aa  1051    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.379493  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  58.46 
 
 		 516 aa  593  1e-168  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  57.31 
 
 		 507 aa  569  1e-161  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  57.5 
 
 		 507 aa  570  1e-161  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3868  diguanylate cyclase  53.76 
 
 		 517 aa  550  1e-155  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3978  diguanylate cyclase  52.85 
 
 		 448 aa  388  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3864  diguanylate cyclase  52.85 
 
 		 448 aa  388  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.315138  normal  0.244588 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0787  GGDEF  40.92 
 
 		 585 aa  383  1e-105  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109099  hitchhiker  0.00379197 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  49.57 
 
 		 614 aa  311  2e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5031  diguanylate cyclase  36 
 
 		 532 aa  304  2.0000000000000002e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1589  diguanylate cyclase  36.77 
 
 		 538 aa  278  2e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03378  Putative signal protein with GGDEF domain  41.78 
 
 		 510 aa  267  4e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 599 aa  265  1e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  33.21 
 
 		 521 aa  257  4e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3754  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 512 aa  226  8e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2856  GGDEF domain-containing protein  35.87 
 
 		 568 aa  195  2e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.592717 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2716  diguanylate cyclase  32.52 
 
 		 636 aa  194  4e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0179449 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  35.71 
 
 		 668 aa  144  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 460 aa  140  7.999999999999999e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  28.98 
 
 		 464 aa  139  8.999999999999999e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 559 aa  137  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  39.78 
 
 		 671 aa  137  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  32.44 
 
 		 353 aa  136  9.999999999999999e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  33.45 
 
 		 677 aa  134  5e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  39.57 
 
 		 559 aa  134  5e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  36.98 
 
 		 530 aa  133  9e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.62 
 
 		 916 aa  132  1.0000000000000001e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 696 aa  131  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  33.85 
 
 		 349 aa  131  3e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.56 
 
 		 572 aa  130  6e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  38 
 
 		 355 aa  129  9.000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  37.63 
 
 		 690 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 314 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1663  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 491 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0556  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 314 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303867 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 307 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3843  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.62 
 
 		 407 aa  128  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000804532 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.2 
 
 		 901 aa  128  3e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 559 aa  128  3e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0686  GGDEF/HAMP domain-containing protein  38.86 
 
 		 427 aa  127  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 569 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 314 aa  127  6e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 381 aa  127  7e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  34.85 
 
 		 237 aa  126  8.000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  28.63 
 
 		 342 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  28.63 
 
 		 342 aa  126  9e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  28.63 
 
 		 342 aa  126  9e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  29.01 
 
 		 319 aa  125  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2884  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 316 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000365079 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  28.63 
 
 		 342 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  28.63 
 
 		 342 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  29.01 
 
 		 342 aa  126  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1410  diguanylate cyclase  33.84 
 
 		 497 aa  126  1e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  32.83 
 
 		 347 aa  125  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  35.39 
 
 		 674 aa  125  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  35.2 
 
 		 565 aa  125  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.43 
 
 		 324 aa  125  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  38.36 
 
 		 485 aa  124  3e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  35.16 
 
 		 353 aa  124  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  39.87 
 
 		 413 aa  125  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  37.34 
 
 		 411 aa  124  3e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  35.26 
 
 		 518 aa  125  3e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  33.91 
 
 		 461 aa  124  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.85 
 
 		 791 aa  125  3e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.39 
 
 		 772 aa  124  4e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 485 aa  124  4e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  32.74 
 
 		 355 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  32.41 
 
 		 352 aa  124  5e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  39.62 
 
 		 486 aa  123  6e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  40.51 
 
 		 418 aa  123  6e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1814  diguanylate cyclase  37.99 
 
 		 267 aa  123  6e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.03 
 
 		 728 aa  124  6e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 387 aa  123  7e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 459 aa  123  7e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 306 aa  123  7e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  35.64 
 
 		 614 aa  123  7e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 362 aa  123  8e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 308 aa  123  8e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  34.07 
 
 		 650 aa  123  9e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  37.5 
 
 		 459 aa  123  9e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0567  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 377 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  37.5 
 
 		 722 aa  123  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  36 
 
 		 334 aa  123  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3384  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 563 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 405 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1903  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 466 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  40.93 
 
 		 721 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 362 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1926  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 466 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0712  diguanylate cyclase  24.06 
 
 		 523 aa  122  1.9999999999999998e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  35.09 
 
 		 381 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6176  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 466 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  32.93 
 
 		 351 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 345 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.29 
 
 		 505 aa  121  3e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 351 aa  121  3e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  28.52 
 
 		 355 aa  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 306 aa  121  3e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  34.9 
 
 		 518 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 485 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>