More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_03378 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_03378  Putative signal protein with GGDEF domain  100 
 
 		 510 aa  1010    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3754  diguanylate cyclase  57.78 
 
 		 512 aa  489  1e-137  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0787  GGDEF  42.03 
 
 		 585 aa  313  3.9999999999999997e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109099  hitchhiker  0.00379197 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1589  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 538 aa  291  2e-77  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 614 aa  288  2e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0005  diguanylate cyclase  41.78 
 
 		 520 aa  278  2e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.379493  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  36.78 
 
 		 599 aa  263  6e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  37.6 
 
 		 516 aa  258  2e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  35.58 
 
 		 521 aa  257  3e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3864  diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 448 aa  256  9e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.315138  normal  0.244588 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3978  diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 448 aa  256  9e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3868  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 517 aa  250  3e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 507 aa  238  1e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 507 aa  237  4e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5031  diguanylate cyclase  32.85 
 
 		 532 aa  179  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2716  diguanylate cyclase  31.41 
 
 		 636 aa  173  5e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0179449 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2856  GGDEF domain-containing protein  33.92 
 
 		 568 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.592717 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.37 
 
 		 572 aa  144  3e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0567  diguanylate cyclase  43.33 
 
 		 377 aa  138  2e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  40.38 
 
 		 411 aa  134  6e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 569 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  33.18 
 
 		 340 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  35.04 
 
 		 696 aa  128  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 355 aa  128  3e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1264  diguanylate cyclase  36 
 
 		 512 aa  128  3e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417106 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 361 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  38.69 
 
 		 413 aa  127  5e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 308 aa  127  6e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 308 aa  127  6e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  39.19 
 
 		 583 aa  127  7e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 382 aa  126  9e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  36.4 
 
 		 492 aa  126  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 362 aa  124  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0556  diguanylate cyclase  45.22 
 
 		 314 aa  124  3e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303867 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  32.96 
 
 		 464 aa  124  3e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 559 aa  124  5e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 307 aa  123  7e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  45.78 
 
 		 1000 aa  123  8e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 523 aa  123  8e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.25 
 
 		 353 aa  123  9e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 405 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 382 aa  122  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.04 
 
 		 820 aa  122  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  36.54 
 
 		 485 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.49 
 
 		 698 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  42.04 
 
 		 681 aa  121  3e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3384  diguanylate cyclase  43.59 
 
 		 563 aa  121  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1301  two component regulator propeller domain protein  44.51 
 
 		 1008 aa  120  3.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.503431  normal  0.30236 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4837  response regulator  37.97 
 
 		 551 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.978785  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 422 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 461 aa  120  3.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  32.05 
 
 		 565 aa  120  4.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  43.31 
 
 		 680 aa  120  4.9999999999999996e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  39.62 
 
 		 1774 aa  120  7e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 612 aa  120  7.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  37.18 
 
 		 485 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1128  diguanylate cyclase  42.95 
 
 		 563 aa  120  7.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.716574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 370 aa  120  7.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 369 aa  120  7.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  35.82 
 
 		 372 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 917 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 432 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 559 aa  119  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0697  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 264 aa  119  9.999999999999999e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.184616  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  29.34 
 
 		 460 aa  119  1.9999999999999998e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 387 aa  118  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  38.15 
 
 		 247 aa  119  1.9999999999999998e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  40 
 
 		 559 aa  119  1.9999999999999998e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.58 
 
 		 675 aa  117  3e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.68 
 
 		 301 aa  118  3e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 419 aa  118  3e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.88 
 
 		 730 aa  118  3e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.21 
 
 		 710 aa  118  3e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  35.9 
 
 		 485 aa  118  3e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  36.54 
 
 		 485 aa  118  3e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 381 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  35.11 
 
 		 778 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3400  GGDEF  38.3 
 
 		 584 aa  117  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.884579  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  34.56 
 
 		 578 aa  117  6e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 1004 aa  117  6e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 378 aa  117  6e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 578 aa  117  6e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 432 aa  117  6.9999999999999995e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.25 
 
 		 531 aa  117  6.9999999999999995e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.21 
 
 		 916 aa  117  6.9999999999999995e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  34.32 
 
 		 645 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0884  diguanylate cyclase  36.78 
 
 		 285 aa  116  7.999999999999999e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.576242  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 578 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  33.75 
 
 		 690 aa  116  8.999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6176  diguanylate cyclase  35.82 
 
 		 466 aa  116  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  44.87 
 
 		 642 aa  116  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1926  diguanylate cyclase  35.82 
 
 		 466 aa  116  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1903  diguanylate cyclase  35.82 
 
 		 466 aa  116  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  34.32 
 
 		 645 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  32.24 
 
 		 349 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  35.84 
 
 		 659 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 388 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.03 
 
 		 444 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 486 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  40.83 
 
 		 320 aa  116  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>