More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_1078 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_1078  diguanylate cyclase  100 
 
 		 329 aa  650    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3516  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 370 aa  98.6  1e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  30.95 
 
 		 426 aa  97.1  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4831  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 392 aa  95.5  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0006  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.94 
 
 		 557 aa  94.4  2e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0996  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.1 
 
 		 324 aa  94.7  2e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.728582 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0312  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.54 
 
 		 454 aa  93.2  6e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3231  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.57 
 
 		 313 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.458607 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1080  diguanylate cyclase  33.17 
 
 		 356 aa  92.4  9e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5313  diguanylate cyclase  38.26 
 
 		 361 aa  92  1e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1917  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  37.28 
 
 		 419 aa  92  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0589316 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.24 
 
 		 1021 aa  91.7  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0327  diguanylate cyclase  35.37 
 
 		 295 aa  90.1  5e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3016  GGDEF domain-containing protein  32.47 
 
 		 385 aa  90.1  5e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0864603  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0351  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 374 aa  89.7  6e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0147  membrane associated GGDEF protein  29.51 
 
 		 487 aa  89  1e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.317347  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1656  sensory box/response regulator  37.04 
 
 		 420 aa  87.8  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.67 
 
 		 457 aa  88.2  2e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2109  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.3 
 
 		 599 aa  88.2  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.161845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0196  diguanylate cyclase  33.77 
 
 		 356 aa  87.4  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  32.89 
 
 		 387 aa  87.4  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1520  GGDEF domain-containing protein  36.08 
 
 		 323 aa  86.7  5e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3537  GGDEF family protein  32.95 
 
 		 393 aa  86.7  5e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1682  diguanylate cyclase  29.57 
 
 		 560 aa  86.3  6e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0280  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.03 
 
 		 314 aa  85.9  8e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0265413 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  36.6 
 
 		 323 aa  85.9  8e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.99 
 
 		 769 aa  85.9  9e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3108  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.95 
 
 		 323 aa  85.9  9e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3356  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  38.06 
 
 		 533 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.204674  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  34.71 
 
 		 341 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0689  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.01 
 
 		 356 aa  85.9  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2691  diguanylate cyclase  35.86 
 
 		 296 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000361168 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2568  diguanylate cyclase  33.7 
 
 		 254 aa  85.9  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  35.95 
 
 		 323 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  35.76 
 
 		 582 aa  85.5  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2826  hypothetical protein  34.25 
 
 		 314 aa  84.7  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1324  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36 
 
 		 437 aa  84.7  0.000000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.799769  normal  0.369504 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.68 
 
 		 441 aa  84.7  0.000000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.73 
 
 		 367 aa  84.7  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2363  diguanylate cyclase  33.14 
 
 		 214 aa  84.3  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.630601  normal  0.137832 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0864  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.6 
 
 		 323 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3408  GGDEF family protein  40 
 
 		 449 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.93 
 
 		 594 aa  84  0.000000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  34.46 
 
 		 409 aa  84  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1569  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31 
 
 		 643 aa  84  0.000000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2798  diguanylate cyclase  35.17 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.400651 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.95 
 
 		 323 aa  84  0.000000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0593  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 316 aa  83.6  0.000000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0983  GGDEF family protein  36.08 
 
 		 443 aa  83.6  0.000000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  35.95 
 
 		 323 aa  84  0.000000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1635  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31 
 
 		 643 aa  84  0.000000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3459  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.71 
 
 		 503 aa  83.6  0.000000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2624  diguanylate cyclase  35.17 
 
 		 296 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00868311 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.43 
 
 		 425 aa  83.6  0.000000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.141244  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3959  diguanylate cyclase  36.16 
 
 		 227 aa  83.2  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.269646  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  31.4 
 
 		 581 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3759  GGDEF domain-containing protein  34.64 
 
 		 324 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1797  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.88 
 
 		 324 aa  82.8  0.000000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.504833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1649  diguanylate cyclase  33.99 
 
 		 453 aa  82.8  0.000000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.103879  normal  0.646228 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3400  GGDEF  34.36 
 
 		 584 aa  82.8  0.000000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.884579  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  35.95 
 
 		 323 aa  82  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1156  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.41 
 
 		 859 aa  82  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0136706  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3822  diguanylate cyclase  32.61 
 
 		 358 aa  82  0.00000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.36093 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 281 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  36.47 
 
 		 611 aa  82  0.00000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3384  diguanylate cyclase  38.16 
 
 		 563 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4554  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.89 
 
 		 331 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01583  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  32.7 
 
 		 477 aa  82.4  0.00000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3173  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.57 
 
 		 696 aa  82  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000648957 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2174  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.65 
 
 		 467 aa  81.6  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0868971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0345  diguanylate cyclase  37.33 
 
 		 361 aa  81.6  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.16 
 
 		 994 aa  81.6  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  29.61 
 
 		 402 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 401 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  33.8 
 
 		 381 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0366  diguanylate cyclase  37.33 
 
 		 361 aa  81.6  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  29.61 
 
 		 469 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 559 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  32.89 
 
 		 320 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0563  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.57 
 
 		 846 aa  81.6  0.00000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1365  diguanylate cyclase  32.47 
 
 		 292 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3853  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 359 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0356  diguanylate cyclase  37.33 
 
 		 370 aa  81.6  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.174511  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2293  diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 467 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000112238  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1211  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.46 
 
 		 587 aa  80.9  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0242812 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.09 
 
 		 864 aa  80.9  0.00000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4679  diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 490 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.882516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  29.81 
 
 		 382 aa  80.5  0.00000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6847  diguanylate cyclase  36.16 
 
 		 242 aa  80.5  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3602  diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 490 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.926489  normal  0.921669 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2432  hypothetical protein  36.73 
 
 		 551 aa  80.5  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4684  GGDEF domain-containing protein  28.89 
 
 		 266 aa  80.1  0.00000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1467  diguanylate cyclase  33.1 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  35.37 
 
 		 587 aa  80.5  0.00000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2527  diguanylate cyclase  35 
 
 		 381 aa  80.5  0.00000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.060153 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2885  diguanylate cyclase  33.1 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.101841  normal  0.0224227 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3373  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.97 
 
 		 666 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2365  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 467 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0108211  normal  0.148457 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5060  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.02 
 
 		 838 aa  80.5  0.00000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  34.27 
 
 		 492 aa  80.1  0.00000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>