More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_3516 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_3516  diguanylate cyclase  100 
 
 		 370 aa  714    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0489  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 361 aa  178  1e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.534535  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3547  diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.928319  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3406  diguanylate cyclase  40 
 
 		 388 aa  117  3e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1170  hypothetical protein  30.35 
 
 		 768 aa  116  6.9999999999999995e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0658  diguanylate cyclase  49.68 
 
 		 547 aa  115  8.999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  30.35 
 
 		 768 aa  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 432 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 381 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2310  diguanylate cyclase  40.3 
 
 		 555 aa  113  6e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000248825 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 388 aa  112  7.000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0233  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  42 
 
 		 513 aa  112  7.000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32350  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  50 
 
 		 628 aa  112  9e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.32989 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  40.84 
 
 		 381 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  39.8 
 
 		 377 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7783  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 592 aa  112  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.466824 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1137  diguanylate cyclase  48.1 
 
 		 721 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0306516  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1123  diguanylate cyclase  28.06 
 
 		 357 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0998424  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  39.64 
 
 		 493 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.45 
 
 		 1050 aa  110  3e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.251418  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2157  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 372 aa  110  3e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000200238  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1325  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.06 
 
 		 843 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000657328  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 611 aa  110  4.0000000000000004e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 493 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  40 
 
 		 690 aa  110  5e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  27.37 
 
 		 623 aa  110  5e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2550  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.39 
 
 		 412 aa  110  5e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.665651  normal  0.63887 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2700  diguanylate cyclase  39.8 
 
 		 555 aa  110  6e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  38.82 
 
 		 415 aa  109  7.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 388 aa  109  7.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  43.12 
 
 		 332 aa  109  8.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  40.51 
 
 		 302 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1723  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.57 
 
 		 674 aa  109  1e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.716751 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0187  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.17 
 
 		 784 aa  108  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.12 
 
 		 811 aa  109  1e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000191442 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2092  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.78 
 
 		 545 aa  108  1e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.403433  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  41.57 
 
 		 375 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 466 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  41.04 
 
 		 921 aa  108  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  41.01 
 
 		 466 aa  108  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  42.17 
 
 		 375 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  41.01 
 
 		 466 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.71 
 
 		 772 aa  108  2e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.84 
 
 		 636 aa  107  2e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  41.01 
 
 		 454 aa  108  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  41.01 
 
 		 466 aa  108  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1999  diguanylate cyclase  44.3 
 
 		 612 aa  108  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  41.01 
 
 		 454 aa  108  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 466 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0437  diguanylate cyclase  54.55 
 
 		 494 aa  107  3e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.781691  normal  0.313669 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.52 
 
 		 901 aa  107  3e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  41.01 
 
 		 628 aa  107  3e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 351 aa  107  3e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 432 aa  107  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 402 aa  107  3e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.79 
 
 		 419 aa  107  3e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.34 
 
 		 710 aa  107  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  42.95 
 
 		 373 aa  107  4e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1225  GGDEF domain-containing protein  40.51 
 
 		 517 aa  107  4e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.489016  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  45.96 
 
 		 614 aa  107  4e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 308 aa  106  5e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 557 aa  106  6e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1227  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 554 aa  106  6e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.594022  normal  0.072002 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 493 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3082  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.62 
 
 		 517 aa  106  6e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.720655  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3623  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.57 
 
 		 583 aa  106  7e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0877329 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2249  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  42.41 
 
 		 908 aa  106  7e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1368  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.38 
 
 		 818 aa  106  7e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.567434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  40.12 
 
 		 498 aa  106  8e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.88 
 
 		 890 aa  105  9e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  37.27 
 
 		 477 aa  105  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2353  GGDEF domain-containing protein  40.72 
 
 		 288 aa  105  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.803943 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  38.1 
 
 		 424 aa  105  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3308  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 476 aa  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 519 aa  105  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5028  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.76 
 
 		 637 aa  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00518109  normal  0.939284 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.03 
 
 		 762 aa  105  1e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1747  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.4 
 
 		 792 aa  105  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.68507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.57 
 
 		 803 aa  105  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 375 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0542  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 285 aa  104  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  41.61 
 
 		 523 aa  105  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  40.93 
 
 		 517 aa  104  2e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.84 
 
 		 610 aa  104  2e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.94 
 
 		 777 aa  104  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.36212 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0508  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.62 
 
 		 917 aa  105  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0729931 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.97 
 
 		 793 aa  105  2e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0392  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.53 
 
 		 888 aa  104  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.301142  normal  0.0507788 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0076  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  50 
 
 		 898 aa  104  2e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.695831  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  41.9 
 
 		 385 aa  105  2e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4161  diguanylate cyclase  32.61 
 
 		 366 aa  104  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.61051  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0588  hypothetical protein  45.06 
 
 		 903 aa  103  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4314  diguanylate cyclase  32.71 
 
 		 379 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 696 aa  104  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.27 
 
 		 891 aa  104  3e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1723  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.9 
 
 		 733 aa  104  3e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0254567  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  35.86 
 
 		 413 aa  103  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2763  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.93 
 
 		 820 aa  103  4e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  42.16 
 
 		 446 aa  103  4e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.79 
 
 		 689 aa  103  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>