More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1350 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_1350  diguanylate cyclase with GAF sensor  100 
 
 
348 aa  721    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1659  diguanylate cyclase with GAF sensor  50.58 
 
 
342 aa  346  4e-94  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2518  GAF domain/diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  49.25 
 
 
384 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1839  diguanylate cyclase with GAF sensor  49.25 
 
 
341 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.730013  normal  0.326474 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1397  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  49.25 
 
 
341 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.210623  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1849  diguanylate cyclase with GAF sensor  49.25 
 
 
341 aa  326  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01763  predicted diguanylate cyclase  48.96 
 
 
341 aa  325  6e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.623306  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01751  hypothetical protein  48.96 
 
 
341 aa  325  6e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.479957  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2018  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  48.96 
 
 
384 aa  324  1e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000229251  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1880  GAF domain/diguanylate cyclase domain-containing protein  48.96 
 
 
384 aa  325  1e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0071  diguanylate cyclase with GAF sensor  50.45 
 
 
336 aa  310  2.9999999999999997e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1599  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.73 
 
 
343 aa  281  1e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3840  putative diguanylate cyclase  42.77 
 
 
338 aa  263  3e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.93592  normal  0.905889 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0175  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.84 
 
 
352 aa  236  5.0000000000000005e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.14726  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.79 
 
 
715 aa  106  8e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3623  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.71 
 
 
583 aa  105  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0877329 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0280  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.04 
 
 
314 aa  104  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0265413 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4502  diguanylate cyclase  33.18 
 
 
523 aa  104  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2355  hypothetical protein  33.7 
 
 
293 aa  102  8e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0509  PAS:GGDEF  36.99 
 
 
719 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0588  hypothetical protein  38.67 
 
 
903 aa  101  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.63 
 
 
737 aa  101  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  36.67 
 
 
601 aa  100  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5014  response regulator/sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  36.42 
 
 
719 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1779  diguanylate cyclase  34.8 
 
 
215 aa  100  4e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000143574  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0767  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.05 
 
 
681 aa  99.8  6e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00808  hypothetical protein  35.67 
 
 
578 aa  99  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4752  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.59 
 
 
652 aa  99  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.724915 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.59 
 
 
652 aa  99  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.864277  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  28.73 
 
 
343 aa  98.6  1e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3580  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.6 
 
 
873 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2534  sensory box/response regulator  34.17 
 
 
452 aa  97.8  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2248  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.04 
 
 
664 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.626967 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1736  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.35 
 
 
663 aa  97.4  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0484456  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6413  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.46 
 
 
508 aa  97.8  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.905746 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2561  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.1 
 
 
836 aa  97.4  3e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3133  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.09 
 
 
658 aa  97.4  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1985  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.05 
 
 
639 aa  97.1  4e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.267533  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7783  diguanylate cyclase  33.67 
 
 
592 aa  96.7  5e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.466824 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.2 
 
 
326 aa  96.7  5e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.03 
 
 
872 aa  96.7  5e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  30.2 
 
 
325 aa  96.7  6e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3954  PAS:GGDEF:hemerythrin HHE cation binding region  34.41 
 
 
667 aa  96.3  7e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.567366  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0211  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.04 
 
 
638 aa  96.3  7e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4068  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.79 
 
 
324 aa  95.9  9e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0495  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.44 
 
 
907 aa  95.9  9e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.128556 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0508  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.44 
 
 
917 aa  95.5  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0729931 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0233  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  32.59 
 
 
513 aa  95.5  1e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5255  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.5 
 
 
707 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.864356  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0996  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.51 
 
 
829 aa  95.1  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.846195  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2778  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.96 
 
 
1010 aa  95.5  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0015  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.6 
 
 
847 aa  95.1  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3603  GGDEF domain-containing protein  34.41 
 
 
570 aa  95.5  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.65 
 
 
742 aa  94.7  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1227  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.65 
 
 
434 aa  95.1  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.9 
 
 
742 aa  94.7  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.47145e-25 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1036  diguanylate cyclase  31.23 
 
 
354 aa  95.1  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0336  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.59 
 
 
319 aa  94.7  2e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.208046  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.6 
 
 
461 aa  94.7  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2820  hypothetical protein  26.62 
 
 
332 aa  94.4  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3219  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.11 
 
 
554 aa  94.4  3e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.267477  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2343  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.61 
 
 
921 aa  94  4e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.762005  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4832  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.13 
 
 
708 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.21 
 
 
1030 aa  94  4e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3012  diguanylate cyclase  34.09 
 
 
428 aa  94  4e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000172152  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3437  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.08 
 
 
684 aa  93.6  4e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3319  sensory box protein  34.16 
 
 
733 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0669106 
 
 
-
 
NC_003296  RS05432  hypothetical protein  35.5 
 
 
915 aa  93.6  5e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3599  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  28.32 
 
 
944 aa  93.6  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.477673  normal  0.896375 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0954  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.87 
 
 
657 aa  93.6  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.552407  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4493  diguanylate cyclase  37.08 
 
 
404 aa  93.6  5e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.605021  normal  0.0319626 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2092  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.06 
 
 
545 aa  93.2  6e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.403433  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3182  GGDEF domain-containing protein  32.81 
 
 
754 aa  93.2  7e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1542  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.47 
 
 
1006 aa  92.8  7e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.101137 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0530  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.08 
 
 
784 aa  92.8  8e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  35.03 
 
 
429 aa  92.8  9e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0504  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.61 
 
 
577 aa  92.4  9e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4119  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.18 
 
 
543 aa  92.4  9e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.158695 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4959  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.59 
 
 
708 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.714982  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.44 
 
 
832 aa  92.4  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0977  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.98 
 
 
657 aa  92  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.411883  normal  0.0692156 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.88 
 
 
648 aa  92  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.2 
 
 
359 aa  92  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.454902  normal  0.027524 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.08 
 
 
793 aa  92  1e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0983  GGDEF family protein  36.94 
 
 
443 aa  92  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3946  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.61 
 
 
577 aa  92.4  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3033  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  31.43 
 
 
777 aa  92.4  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3764  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.61 
 
 
577 aa  92.4  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4114  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.13 
 
 
681 aa  92.4  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3820  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.61 
 
 
577 aa  92.4  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3468  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.54 
 
 
745 aa  91.7  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0436703 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2650  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.65 
 
 
1016 aa  91.3  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0326651 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0286  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.35 
 
 
707 aa  91.3  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1159  PAS:GGDEF  34.38 
 
 
748 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2291  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
651 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.140751 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4680  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.61 
 
 
657 aa  91.7  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.293747  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0202  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.41 
 
 
1054 aa  91.3  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2501  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.95 
 
 
452 aa  91.3  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.460244  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2534  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.81 
 
 
775 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1999  diguanylate cyclase  39.88 
 
 
612 aa  91.7  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>