65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_3256 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_3359  GGDEF domain-containing protein  94.36 
 
 		 337 aa  663    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0767  GGDEF domain-containing protein  97.33 
 
 		 337 aa  681    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3256  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 337 aa  699    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0925  GGDEF domain-containing protein  82.2 
 
 		 335 aa  574  1.0000000000000001e-163  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3477  putative diguanylate cyclase  77.65 
 
 		 338 aa  549  1e-155  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3546  putative diguanylate cyclase  77.06 
 
 		 338 aa  546  1e-154  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3668  putative diguanylate cyclase  77.06 
 
 		 338 aa  545  1e-154  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.151579 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0771  GGDEF domain-containing protein  78.26 
 
 		 326 aa  528  1e-149  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0869  diguanylate cyclase  59.29 
 
 		 330 aa  396  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2764  GGDEF domain-containing protein  61.83 
 
 		 325 aa  392  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0747  GGDEF domain-containing protein  61.66 
 
 		 318 aa  391  1e-108  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0866  GGDEF domain-containing protein  61.44 
 
 		 336 aa  384  1e-105  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0865  diguanylate cyclase  31.55 
 
 		 314 aa  175  8e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0778  diguanylate cyclase  32.9 
 
 		 315 aa  172  5e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.471594  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0868  putative diguanylate cyclase  30.6 
 
 		 319 aa  162  7e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2765  hypothetical protein  32.62 
 
 		 304 aa  155  8e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0746  diguanylate cyclase  32.38 
 
 		 314 aa  150  4e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4068  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.09 
 
 		 324 aa  100  5e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3341  diguanylate cyclase with GAF sensor  22.04 
 
 		 326 aa  87.8  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.326656 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1520  GGDEF domain-containing protein  23.51 
 
 		 323 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2820  hypothetical protein  23.26 
 
 		 332 aa  83.6  0.000000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1202  GGDEF domain-containing protein  22.41 
 
 		 324 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.952705 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.08 
 
 		 323 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3131  diguanylate cyclase  21.36 
 
 		 328 aa  65.5  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388366 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  24.7 
 
 		 327 aa  60.8  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0006  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  23.58 
 
 		 557 aa  57  0.0000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.4 
 
 		 869 aa  56.6  0.0000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0241  diguanylate cyclase  27.03 
 
 		 450 aa  55.5  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1708  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.95 
 
 		 869 aa  55.1  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  22.11 
 
 		 319 aa  53.1  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.79 
 
 		 321 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  27.56 
 
 		 521 aa  48.5  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.39 
 
 		 326 aa  48.5  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  22.07 
 
 		 320 aa  48.1  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2104  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.36 
 
 		 546 aa  47.4  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0835719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2241  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.36 
 
 		 546 aa  47.4  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.195601  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2118  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.36 
 
 		 546 aa  47.4  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0492  diguanylate cyclase  24.06 
 
 		 351 aa  47.8  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.874932  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  24.29 
 
 		 316 aa  47.8  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2358  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.36 
 
 		 546 aa  47.4  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  21.46 
 
 		 325 aa  47.4  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  22.93 
 
 		 471 aa  46.2  0.0008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.93 
 
 		 353 aa  44.7  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.15 
 
 		 323 aa  44.7  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2087  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.36 
 
 		 544 aa  45.1  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1887  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.36 
 
 		 544 aa  45.1  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.374169 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2127  response regulator  27.36 
 
 		 544 aa  44.3  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2212  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.36 
 
 		 543 aa  44.3  0.003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3513  diguanylate cyclase with GAF sensor  20.39 
 
 		 326 aa  43.9  0.004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.668666  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0175  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.9 
 
 		 352 aa  43.9  0.004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.14726  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  23.77 
 
 		 320 aa  43.9  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  27.14 
 
 		 323 aa  43.9  0.004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.15 
 
 		 841 aa  43.9  0.004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  26.15 
 
 		 323 aa  43.9  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5747  diguanylate cyclase  25.26 
 
 		 261 aa  43.5  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  23.15 
 
 		 836 aa  43.5  0.005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  25.52 
 
 		 323 aa  43.5  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  23.15 
 
 		 792 aa  43.5  0.006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  28.44 
 
 		 446 aa  43.5  0.006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.32 
 
 		 737 aa  43.5  0.006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6003  diguanylate cyclase  24.27 
 
 		 371 aa  43.5  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.753958  normal  0.321238 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3266  diguanylate cyclase  24.04 
 
 		 355 aa  43.5  0.006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  24.49 
 
 		 432 aa  43.1  0.007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02407  GGDEF domain protein  27 
 
 		 503 aa  43.1  0.007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  25.91 
 
 		 323 aa  43.1  0.007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>