57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0767 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_3359  GGDEF domain-containing protein  93.47 
 
 		 337 aa  659    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3256  GGDEF domain-containing protein  97.33 
 
 		 337 aa  681    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0767  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 337 aa  700    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0925  GGDEF domain-containing protein  81.9 
 
 		 335 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3477  putative diguanylate cyclase  76.7 
 
 		 338 aa  544  1e-154  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3546  putative diguanylate cyclase  76.11 
 
 		 338 aa  541  1e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3668  putative diguanylate cyclase  76.11 
 
 		 338 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.151579 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0771  GGDEF domain-containing protein  75.22 
 
 		 326 aa  526  1e-148  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0869  diguanylate cyclase  58.65 
 
 		 330 aa  394  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2764  GGDEF domain-containing protein  61.51 
 
 		 325 aa  391  1e-107  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0747  GGDEF domain-containing protein  61.34 
 
 		 318 aa  390  1e-107  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0866  GGDEF domain-containing protein  61.11 
 
 		 336 aa  383  1e-105  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0778  diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 315 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.471594  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0865  diguanylate cyclase  30.82 
 
 		 314 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0868  putative diguanylate cyclase  30.28 
 
 		 319 aa  161  1e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2765  hypothetical protein  32.72 
 
 		 304 aa  157  3e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0746  diguanylate cyclase  31.75 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4068  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.09 
 
 		 324 aa  100  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3341  diguanylate cyclase with GAF sensor  22.04 
 
 		 326 aa  87  4e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.326656 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2820  hypothetical protein  22.87 
 
 		 332 aa  83.2  0.000000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1520  GGDEF domain-containing protein  23.18 
 
 		 323 aa  82  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1202  GGDEF domain-containing protein  23.67 
 
 		 324 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.952705 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.6 
 
 		 323 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3131  diguanylate cyclase  21.68 
 
 		 328 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388366 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3260  diguanylate cyclase with GAF sensor  24.89 
 
 		 327 aa  62  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0006  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  24.3 
 
 		 557 aa  60.8  0.00000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0241  diguanylate cyclase  26.67 
 
 		 450 aa  57.8  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2356  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.62 
 
 		 319 aa  55.8  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.10775 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.81 
 
 		 869 aa  53.5  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1708  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.29 
 
 		 869 aa  52.4  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2176  diguanylate cyclase with GAF sensor  24.17 
 
 		 321 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.59733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3037  GGDEF domain-containing protein  22.97 
 
 		 320 aa  49.7  0.00007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  25.19 
 
 		 521 aa  49.7  0.00008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  24.86 
 
 		 316 aa  47.8  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2886  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.39 
 
 		 326 aa  46.6  0.0006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.322967 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0492  diguanylate cyclase  27.27 
 
 		 351 aa  45.4  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.874932  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3158  diguanylate cyclase  20.98 
 
 		 325 aa  45.4  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0640866 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0918  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.67 
 
 		 323 aa  45.1  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  29.36 
 
 		 446 aa  44.3  0.003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0689  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.27 
 
 		 356 aa  44.3  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3085  diguanylate cyclase  27.97 
 
 		 323 aa  44.3  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0928  diguanylate cyclase  26.67 
 
 		 323 aa  44.3  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  24.59 
 
 		 320 aa  43.9  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3444  diguanylate cyclase  26.42 
 
 		 323 aa  43.9  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  22.93 
 
 		 471 aa  43.9  0.004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.32 
 
 		 737 aa  43.9  0.004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0894  diguanylate cyclase  26.04 
 
 		 323 aa  43.9  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.499341  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0175  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.47 
 
 		 352 aa  43.5  0.005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.14726  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1225  GGDEF domain-containing protein  22.58 
 
 		 517 aa  43.5  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.489016  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5747  diguanylate cyclase  25.54 
 
 		 261 aa  43.1  0.007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2118  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.47 
 
 		 546 aa  42.7  0.008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0179  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.17 
 
 		 750 aa  43.1  0.008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.102862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1721  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.44 
 
 		 294 aa  43.1  0.008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2104  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.47 
 
 		 546 aa  42.7  0.009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0835719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2358  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.47 
 
 		 546 aa  42.7  0.009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2241  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.47 
 
 		 546 aa  42.7  0.009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.195601  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02407  GGDEF domain protein  27 
 
 		 503 aa  42.7  0.01  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>